More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Clim_0599 on replicon NC_010803
Organism: Chlorobium limicola DSM 245



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.64 
 
 		 734 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.18 
 
 		 711 aa  647    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50 
 
 		 692 aa  670    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 702 aa  667    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.5 
 
 		 697 aa  669    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 703 aa  665    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.52 
 
 		 743 aa  674    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.21 
 
 		 720 aa  679    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 713 aa  673    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 		 691 aa  644    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.18 
 
 		 721 aa  673    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.88 
 
 		 730 aa  694    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 736 aa  1495    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 725 aa  666    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 		 700 aa  672    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.03 
 
 		 714 aa  682    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.22 
 
 		 702 aa  644    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 		 714 aa  685    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.21 
 
 		 704 aa  671    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 		 711 aa  646    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.33 
 
 		 705 aa  637    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.78 
 
 		 734 aa  1131    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.85 
 
 		 696 aa  679    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0602  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 		 718 aa  655    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 696 aa  665    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.32 
 
 		 711 aa  649    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.05 
 
 		 717 aa  657    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.37 
 
 		 699 aa  672    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.18 
 
 		 721 aa  672    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.91 
 
 		 739 aa  669    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.75 
 
 		 718 aa  673    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  86.36 
 
 		 728 aa  1306    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 		 712 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.74 
 
 		 695 aa  658    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.37 
 
 		 710 aa  637    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 		 716 aa  638    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.65 
 
 		 699 aa  694    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 711 aa  647    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.31 
 
 		 732 aa  1233    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.72 
 
 		 722 aa  687    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  80.93 
 
 		 728 aa  1234    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.04 
 
 		 758 aa  637    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.92 
 
 		 697 aa  682    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 		 716 aa  638    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.58 
 
 		 734 aa  1161    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 		 696 aa  637    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.48 
 
 		 733 aa  682    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 		 740 aa  638    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.65 
 
 		 701 aa  648    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.18 
 
 		 708 aa  637    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.75 
 
 		 714 aa  661    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50 
 
 		 690 aa  670    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.18 
 
 		 749 aa  676    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.62 
 
 		 718 aa  677    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 714 aa  643    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.7 
 
 		 725 aa  672    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 		 706 aa  637    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.55 
 
 		 728 aa  674    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.58 
 
 		 722 aa  647    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.77 
 
 		 715 aa  668    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.14 
 
 		 714 aa  650    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 		 696 aa  637    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 		 716 aa  637    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.95 
 
 		 701 aa  643    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.61 
 
 		 722 aa  673    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.89 
 
 		 700 aa  655    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.32 
 
 		 748 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.24 
 
 		 699 aa  654    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 711 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 711 aa  646    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 		 815 aa  659    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.03 
 
 		 722 aa  675    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2075  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.44 
 
 		 712 aa  636    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.57561 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 711 aa  647    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.18 
 
 		 711 aa  647    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 712 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 		 699 aa  640    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.49 
 
 		 715 aa  669    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.98 
 
 		 717 aa  667    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 704 aa  669    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.58 
 
 		 698 aa  649    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1133  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 		 699 aa  653    Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000984141  unclonable  0.0000000000121656 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.69 
 
 		 702 aa  650    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 		 699 aa  654    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 		 699 aa  654    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.11 
 
 		 720 aa  645    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.24 
 
 		 698 aa  643    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.94 
 
 		 714 aa  697    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.35 
 
 		 710 aa  646    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3412  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 		 700 aa  653    Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000844924  hitchhiker  0.000972679 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.69 
 
 		 715 aa  679    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.9 
 
 		 711 aa  643    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 		 703 aa  653    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.7 
 
 		 752 aa  674    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.84 
 
 		 745 aa  679    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.7 
 
 		 745 aa  674    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.51 
 
 		 699 aa  650    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.57 
 
 		 706 aa  659    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  84.56 
 
 		 732 aa  1271    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 736 aa  646    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>