More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3785 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.5 
 
 		 734 aa  804    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  58.53 
 
 		 711 aa  802    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.93 
 
 		 703 aa  808    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.12 
 
 		 697 aa  758    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.35 
 
 		 701 aa  769    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 698 aa  664    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.7 
 
 		 701 aa  645    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.44 
 
 		 691 aa  800    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.1 
 
 		 757 aa  647    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.103984  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.49 
 
 		 717 aa  794    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.9 
 
 		 712 aa  656    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.51 
 
 		 705 aa  796    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.7 
 
 		 714 aa  953    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.08 
 
 		 702 aa  800    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.76 
 
 		 701 aa  773    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 712 aa  657    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 712 aa  659    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 712 aa  659    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.11 
 
 		 729 aa  767    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.23 
 
 		 729 aa  757    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.7 
 
 		 701 aa  775    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.06 
 
 		 700 aa  748    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.39 
 
 		 715 aa  770    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.76 
 
 		 727 aa  782    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.52 
 
 		 728 aa  801    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.34 
 
 		 796 aa  723    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.04 
 
 		 706 aa  787    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.54 
 
 		 718 aa  928    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.34 
 
 		 733 aa  937    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.5 
 
 		 695 aa  799    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.56 
 
 		 701 aa  784    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.16 
 
 		 716 aa  907    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.33 
 
 		 699 aa  734    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.22 
 
 		 715 aa  819    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.32 
 
 		 732 aa  680    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.31 
 
 		 703 aa  773    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.65 
 
 		 728 aa  650    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.88 
 
 		 758 aa  775    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.43 
 
 		 697 aa  785    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.22 
 
 		 750 aa  652    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.95 
 
 		 694 aa  758    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 712 aa  657    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.58 
 
 		 757 aa  746    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.04 
 
 		 701 aa  792    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 708 aa  1437    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 747 aa  663    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.74 
 
 		 713 aa  813    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.69 
 
 		 749 aa  726    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.25 
 
 		 736 aa  899    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.11 
 
 		 718 aa  934    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.77 
 
 		 772 aa  837    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.2 
 
 		 796 aa  727    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.57 
 
 		 706 aa  857    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.71 
 
 		 706 aa  775    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.02 
 
 		 722 aa  795    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.87 
 
 		 715 aa  935    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.32 
 
 		 714 aa  822    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.99 
 
 		 707 aa  782    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.58 
 
 		 716 aa  809    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.98 
 
 		 701 aa  798    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.24 
 
 		 722 aa  940    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.48 
 
 		 707 aa  779    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.57 
 
 		 748 aa  929    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.06 
 
 		 700 aa  731    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.95 
 
 		 725 aa  788    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.6 
 
 		 697 aa  738    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.58 
 
 		 815 aa  672    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 721 aa  659    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.46 
 
 		 711 aa  883    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.58 
 
 		 771 aa  844    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.63 
 
 		 715 aa  817    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.76 
 
 		 722 aa  764    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.9 
 
 		 702 aa  793    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.62 
 
 		 703 aa  760    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.18 
 
 		 715 aa  972    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.35 
 
 		 698 aa  786    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.48 
 
 		 699 aa  812    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.01 
 
 		 713 aa  796    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.16 
 
 		 716 aa  907    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.1 
 
 		 699 aa  797    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.25 
 
 		 699 aa  798    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.64 
 
 		 720 aa  810    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.47 
 
 		 698 aa  795    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.49 
 
 		 703 aa  656    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.07 
 
 		 710 aa  899    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.44 
 
 		 714 aa  819    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.27 
 
 		 701 aa  777    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.62 
 
 		 751 aa  771    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.89 
 
 		 713 aa  815    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.63 
 
 		 715 aa  817    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.26 
 
 		 699 aa  697    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.94 
 
 		 701 aa  804    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.96 
 
 		 699 aa  792    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.31 
 
 		 706 aa  752    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.24 
 
 		 732 aa  652    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>