More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1786 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  59.15 
 
 
793 aa  825    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.63 
 
 
743 aa  865    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 
728 aa  666    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
696 aa  647    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.86 
 
 
713 aa  860    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.59 
 
 
721 aa  656    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.69 
 
 
732 aa  672    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  55.37 
 
 
741 aa  783    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
728 aa  678    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.69 
 
 
772 aa  680    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
734 aa  672    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.03 
 
 
711 aa  644    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.45 
 
 
749 aa  655    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.59 
 
 
721 aa  657    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  68.18 
 
 
708 aa  1003    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.38 
 
 
734 aa  674    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.45 
 
 
722 aa  652    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.98 
 
 
736 aa  680    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.84 
 
 
771 aa  637    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.85 
 
 
714 aa  747    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.31 
 
 
716 aa  938    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
717 aa  1468    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.42 
 
 
713 aa  960    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.37 
 
 
735 aa  807    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.52 
 
 
732 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
697 aa  634  1e-180  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 
697 aa  630  1e-179  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.27 
 
 
774 aa  630  1e-179  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 
698 aa  627  1e-178  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
696 aa  625  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
696 aa  624  1e-177  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.46 
 
 
703 aa  624  1e-177  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.28 
 
 
692 aa  624  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 
717 aa  619  1e-176  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.67 
 
 
690 aa  622  1e-176  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 
699 aa  615  1e-175  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
772 aa  616  1e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.75 
 
 
714 aa  617  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.4 
 
 
706 aa  616  1e-175  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
745 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.41 
 
 
715 aa  615  9.999999999999999e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
700 aa  612  9.999999999999999e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.1 
 
 
712 aa  609  1e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
712 aa  612  1e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
712 aa  612  1e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
712 aa  612  1e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
730 aa  610  1e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
712 aa  612  1e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.24 
 
 
712 aa  611  1e-173  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.24 
 
 
712 aa  609  1e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.1 
 
 
712 aa  608  1e-173  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.1 
 
 
712 aa  609  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.61 
 
 
698 aa  609  1e-173  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.97 
 
 
699 aa  610  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
728 aa  607  9.999999999999999e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.47 
 
 
722 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
718 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
745 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.13 
 
 
710 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.33 
 
 
815 aa  608  9.999999999999999e-173  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
752 aa  606  9.999999999999999e-173  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.91 
 
 
710 aa  606  9.999999999999999e-173  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2075  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.24 
 
 
712 aa  604  1.0000000000000001e-171  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.57561 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.1 
 
 
718 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.43 
 
 
721 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
722 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.92 
 
 
735 aa  604  1.0000000000000001e-171  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 
739 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.16 
 
 
712 aa  602  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.81 
 
 
717 aa  602  1e-170  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.83 
 
 
713 aa  599  1e-170  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.12 
 
 
695 aa  601  1e-170  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
714 aa  600  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.93 
 
 
725 aa  601  1e-170  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.25 
 
 
714 aa  599  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.66 
 
 
710 aa  599  1e-170  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.62 
 
 
729 aa  596  1e-169  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.82 
 
 
733 aa  597  1e-169  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.6 
 
 
721 aa  595  1e-169  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.32 
 
 
715 aa  597  1e-169  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.2 
 
 
702 aa  595  1e-169  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.45 
 
 
712 aa  592  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
714 aa  595  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.51 
 
 
712 aa  594  1e-168  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.48 
 
 
729 aa  592  1e-168  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 
700 aa  592  1e-168  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
700 aa  592  1e-168  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
736 aa  593  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.29 
 
 
720 aa  592  1e-168  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.85 
 
 
702 aa  593  1e-168  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0635  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.71 
 
 
716 aa  592  1e-167  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.81 
 
 
703 aa  588  1e-167  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.06 
 
 
706 aa  590  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
755 aa  592  1e-167  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
720 aa  590  1e-167  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.93 
 
 
714 aa  591  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.38 
 
 
748 aa  590  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
711 aa  589  1e-167  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.9 
 
 
725 aa  591  1e-167  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.56 
 
 
777 aa  592  1e-167  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>