More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_3029 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 734 aa  657    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.93 
 
 		 711 aa  657    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.66 
 
 		 696 aa  715    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.65 
 
 		 730 aa  664    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.16 
 
 		 697 aa  740    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.13 
 
 		 701 aa  635    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 		 717 aa  686    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 		 701 aa  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.11 
 
 		 691 aa  639    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.12 
 
 		 698 aa  639    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.07 
 
 		 714 aa  684    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 712 aa  658    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.26 
 
 		 705 aa  676    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 		 714 aa  681    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.81 
 
 		 702 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 710 aa  659    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 712 aa  659    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 712 aa  660    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 712 aa  660    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 		 700 aa  652    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 721 aa  1461    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 		 700 aa  639    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3592  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 705 aa  660    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.42208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 711 aa  657    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 		 711 aa  648    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.37 
 
 		 699 aa  657    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 706 aa  674    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 		 718 aa  702    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 		 740 aa  640    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 		 695 aa  668    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 		 701 aa  638    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.48 
 
 		 712 aa  654    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.57 
 
 		 699 aa  738    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.68 
 
 		 715 aa  638    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.73 
 
 		 713 aa  676    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.29 
 
 		 702 aa  671    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0164  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.82 
 
 		 704 aa  644    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.16 
 
 		 697 aa  745    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.38 
 
 		 750 aa  637    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 699 aa  657    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 712 aa  659    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 		 747 aa  641    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.2 
 
 		 701 aa  657    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 		 708 aa  667    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 		 747 aa  649    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.97 
 
 		 713 aa  637    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.17 
 
 		 749 aa  758    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.89 
 
 		 722 aa  742    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.81 
 
 		 718 aa  700    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.19 
 
 		 772 aa  640    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.09 
 
 		 710 aa  660    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 		 774 aa  652    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.54 
 
 		 706 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 		 722 aa  654    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.02 
 
 		 715 aa  688    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 		 714 aa  684    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 		 707 aa  642    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.36 
 
 		 716 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.63 
 
 		 701 aa  645    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 		 722 aa  694    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.56 
 
 		 707 aa  644    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.22 
 
 		 748 aa  678    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 728 aa  668    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.37 
 
 		 696 aa  669    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3275  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 700 aa  652    Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000261182  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.02 
 
 		 815 aa  661    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 		 714 aa  671    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 704 aa  651    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.86 
 
 		 771 aa  649    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 711 aa  657    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 733 aa  674    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.9 
 
 		 703 aa  638    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 		 715 aa  690    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.8 
 
 		 720 aa  693    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.7 
 
 		 711 aa  655    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.26 
 
 		 751 aa  645    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 705 aa  663    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 		 703 aa  652    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.96 
 
 		 699 aa  657    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.96 
 
 		 699 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.18 
 
 		 720 aa  683    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 698 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.42 
 
 		 703 aa  682    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.14 
 
 		 710 aa  659    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.29 
 
 		 714 aa  640    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.64 
 
 		 701 aa  637    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.46 
 
 		 703 aa  639    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.83 
 
 		 713 aa  635    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.37 
 
 		 704 aa  652    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.15 
 
 		 699 aa  765    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.73 
 
 		 701 aa  704    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.41 
 
 		 699 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 		 706 aa  728    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.09 
 
 		 732 aa  637    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>