More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6517 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.09 
 
 
734 aa  649    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.08 
 
 
743 aa  830    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.37 
 
 
713 aa  785    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  52.9 
 
 
741 aa  721    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.03 
 
 
732 aa  643    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.48 
 
 
728 aa  660    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.32 
 
 
728 aa  640    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.55 
 
 
714 aa  734    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  59.23 
 
 
716 aa  835    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.52 
 
 
735 aa  767    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.31 
 
 
736 aa  649    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.15 
 
 
717 aa  823    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
793 aa  1605    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.46 
 
 
713 aa  755    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.72 
 
 
708 aa  828    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.45 
 
 
772 aa  668    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.91 
 
 
732 aa  668    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.18 
 
 
734 aa  626  1e-178  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.81 
 
 
699 aa  626  1e-178  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.55 
 
 
706 aa  622  1e-177  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.63 
 
 
721 aa  619  1e-176  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
697 aa  615  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.86 
 
 
696 aa  618  1e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 
721 aa  618  1e-175  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
749 aa  617  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.82 
 
 
722 aa  615  9.999999999999999e-175  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.86 
 
 
696 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.18 
 
 
699 aa  610  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 
696 aa  612  1e-173  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.48 
 
 
714 aa  610  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.83 
 
 
697 aa  609  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.45 
 
 
703 aa  610  1e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3514  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.48 
 
 
772 aa  604  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.12 
 
 
715 aa  604  1.0000000000000001e-171  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.42 
 
 
718 aa  601  1e-170  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.54 
 
 
714 aa  599  1e-170  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
718 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
771 aa  597  1e-169  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.99 
 
 
758 aa  595  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.42 
 
 
722 aa  596  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.69 
 
 
730 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.59 
 
 
774 aa  594  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 
698 aa  592  1e-168  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 
715 aa  595  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.05 
 
 
728 aa  593  1e-168  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
715 aa  593  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.97 
 
 
703 aa  593  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.91 
 
 
714 aa  593  1e-168  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.74 
 
 
733 aa  595  1e-168  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 
712 aa  594  1e-168  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1896  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.69 
 
 
724 aa  595  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336767  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.43 
 
 
777 aa  592  1e-168  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.99 
 
 
722 aa  595  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 
715 aa  595  1e-168  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
727 aa  593  1e-168  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.34 
 
 
711 aa  593  1e-168  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.72 
 
 
715 aa  595  1e-168  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2219  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
724 aa  588  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.656626  normal  0.69654 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.71 
 
 
727 aa  591  1e-167  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.76 
 
 
714 aa  591  1e-167  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.72 
 
 
717 aa  590  1e-167  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.65 
 
 
712 aa  590  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.11 
 
 
718 aa  592  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0982499  normal  0.0498481 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.76 
 
 
728 aa  590  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0176906  hitchhiker  0.00320297 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
713 aa  590  1e-167  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
713 aa  590  1e-167  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.5 
 
 
714 aa  590  1e-167  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.81 
 
 
716 aa  591  1e-167  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
739 aa  589  1e-167  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.44 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
713 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.03 
 
 
751 aa  588  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.15 
 
 
720 aa  587  1e-166  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.68 
 
 
725 aa  588  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
725 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46 
 
 
703 aa  586  1e-166  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.06 
 
 
701 aa  587  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
745 aa  585  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
714 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.66 
 
 
714 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
712 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.67 
 
 
699 aa  588  1e-166  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
745 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.61 
 
 
717 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
752 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.99 
 
 
742 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.22 
 
 
710 aa  582  1.0000000000000001e-165  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.25 
 
 
707 aa  583  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.14 
 
 
715 aa  584  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.18 
 
 
714 aa  583  1.0000000000000001e-165  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.05 
 
 
725 aa  584  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.24 
 
 
746 aa  583  1.0000000000000001e-165  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.18 
 
 
729 aa  580  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.97 
 
 
712 aa  579  1e-164  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.45 
 
 
722 aa  579  1e-164  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>