More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3514 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.28 
 
 
734 aa  927    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.32 
 
 
711 aa  925    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1057    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1057    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.88 
 
 
697 aa  718    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.4 
 
 
701 aa  830    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.98 
 
 
699 aa  904    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.17 
 
 
711 aa  926    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.5 
 
 
701 aa  640    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.53 
 
 
691 aa  852    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.93 
 
 
702 aa  863    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.95 
 
 
717 aa  1048    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.56 
 
 
712 aa  655    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.58 
 
 
705 aa  901    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1058    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.27 
 
 
714 aa  769    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.29 
 
 
702 aa  887    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  60.55 
 
 
701 aa  835    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
712 aa  650    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
712 aa  650    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
712 aa  650    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1057    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.83 
 
 
729 aa  844    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.68 
 
 
729 aa  841    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.55 
 
 
701 aa  835    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.73 
 
 
700 aa  789    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.82 
 
 
715 aa  989    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1058    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.65 
 
 
733 aa  748    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.57 
 
 
728 aa  1026    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 
796 aa  643    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.16 
 
 
706 aa  1003    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.9 
 
 
718 aa  771    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  90.29 
 
 
758 aa  1293    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1058    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.7 
 
 
695 aa  885    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.98 
 
 
701 aa  836    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.77 
 
 
716 aa  772    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.51 
 
 
699 aa  692    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.47 
 
 
715 aa  1059    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.44 
 
 
732 aa  643    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  88.86 
 
 
727 aa  1279    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.25 
 
 
740 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.4 
 
 
703 aa  1200    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.7 
 
 
697 aa  726    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.19 
 
 
750 aa  644    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.23 
 
 
694 aa  847    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
712 aa  650    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.13 
 
 
751 aa  1168    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.17 
 
 
703 aa  880    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.97 
 
 
701 aa  969    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.2 
 
 
708 aa  769    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.91 
 
 
747 aa  646    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.59 
 
 
713 aa  1064    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.09 
 
 
749 aa  681    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.58 
 
 
722 aa  810    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.9 
 
 
718 aa  778    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.69 
 
 
772 aa  768    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.79 
 
 
796 aa  664    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.78 
 
 
706 aa  729    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  86.53 
 
 
706 aa  1245    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.96 
 
 
722 aa  877    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.53 
 
 
715 aa  781    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.79 
 
 
714 aa  987    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  85.13 
 
 
707 aa  1224    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.25 
 
 
716 aa  1046    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.95 
 
 
701 aa  885    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.9 
 
 
722 aa  778    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.14 
 
 
707 aa  838    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.39 
 
 
748 aa  781    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.58 
 
 
700 aa  784    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.28 
 
 
725 aa  1013    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  59.28 
 
 
697 aa  864    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.66 
 
 
815 aa  645    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.43 
 
 
740 aa  644    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.35 
 
 
711 aa  759    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.43 
 
 
771 aa  773    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.17 
 
 
715 aa  1055    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  81.36 
 
 
757 aa  1189    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.1 
 
 
703 aa  902    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.67 
 
 
715 aa  778    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.34 
 
 
713 aa  897    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.03 
 
 
713 aa  1057    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.95 
 
 
699 aa  887    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.09 
 
 
699 aa  889    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.13 
 
 
720 aa  907    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.68 
 
 
698 aa  874    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.67 
 
 
710 aa  752    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.47 
 
 
714 aa  1053    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.71 
 
 
701 aa  854    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.55 
 
 
700 aa  889    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.77 
 
 
716 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.17 
 
 
715 aa  1055    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.07 
 
 
699 aa  640    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.92 
 
 
701 aa  793    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.95 
 
 
699 aa  888    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.71 
 
 
706 aa  736    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.16 
 
 
722 aa  1044    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.63 
 
 
736 aa  769    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.93 
 
 
698 aa  884    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>