More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1854 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.5 
 
 
697 aa  671    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0766  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.03 
 
 
743 aa  860    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.365254 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
703 aa  670    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.26 
 
 
721 aa  641    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1854  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
716 aa  1457    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.499435 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1444  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.67 
 
 
714 aa  776    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6517  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  59.23 
 
 
793 aa  837    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.433198  normal  0.175574 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12288  putative polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.02 
 
 
741 aa  813    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 
699 aa  638    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1986  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  67.46 
 
 
708 aa  950    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00363303  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.27 
 
 
732 aa  676    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.63 
 
 
728 aa  692    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1692  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  60.09 
 
 
735 aa  856    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.739915  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
697 aa  659    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 
736 aa  650    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 
749 aa  643    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.26 
 
 
721 aa  641    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.14 
 
 
772 aa  689    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.01 
 
 
722 aa  650    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2976  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 
696 aa  672    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.31401e-17 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
734 aa  672    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0506  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.74 
 
 
734 aa  654    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1786  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.31 
 
 
717 aa  937    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.062273 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.74 
 
 
713 aa  869    Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0666  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.37 
 
 
728 aa  659    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.1 
 
 
696 aa  682    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1308  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.01 
 
 
696 aa  672    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00697732  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.02 
 
 
713 aa  865    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.204835  normal  0.993933 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 
706 aa  653    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.95 
 
 
732 aa  657    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.12 
 
 
722 aa  629  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.18 
 
 
698 aa  624  1e-177  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 
717 aa  622  1e-177  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.21 
 
 
725 aa  619  1e-176  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.43 
 
 
692 aa  621  1e-176  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.42 
 
 
690 aa  618  1e-175  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3810  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 
774 aa  617  1e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0319705 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.71 
 
 
715 aa  616  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.21 
 
 
721 aa  615  1e-175  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 
725 aa  615  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 
752 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.63 
 
 
714 aa  614  9.999999999999999e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.93 
 
 
745 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
695 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.15 
 
 
735 aa  613  9.999999999999999e-175  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.07 
 
 
720 aa  612  9.999999999999999e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.42 
 
 
699 aa  612  9.999999999999999e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.74 
 
 
777 aa  611  1e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
701 aa  611  1e-173  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.47 
 
 
699 aa  610  1e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.46 
 
 
771 aa  612  1e-173  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3847  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.82 
 
 
711 aa  605  9.999999999999999e-173  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.147568  normal  0.116098 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2075  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
712 aa  605  9.999999999999999e-173  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.57561 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
745 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
714 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
739 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.55 
 
 
733 aa  603  1.0000000000000001e-171  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
701 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.13 
 
 
701 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.13 
 
 
701 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.88 
 
 
700 aa  605  1.0000000000000001e-171  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
701 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.67 
 
 
721 aa  604  1.0000000000000001e-171  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2017  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.37 
 
 
718 aa  602  1.0000000000000001e-171  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000536157  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.5 
 
 
702 aa  603  1.0000000000000001e-171  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.67 
 
 
698 aa  601  1e-170  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.84 
 
 
706 aa  599  1e-170  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.05 
 
 
698 aa  598  1e-170  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
701 aa  599  1e-170  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.52 
 
 
714 aa  600  1e-170  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.48 
 
 
718 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 
772 aa  601  1e-170  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.78 
 
 
701 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.181629  normal  0.111929 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.65 
 
 
722 aa  601  1e-170  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
700 aa  602  1e-170  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.44 
 
 
730 aa  601  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0725  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.78 
 
 
701 aa  601  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.959792  normal  0.0305384 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.67 
 
 
698 aa  601  1e-170  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.69 
 
 
720 aa  601  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.12 
 
 
736 aa  598  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.18 
 
 
710 aa  598  1e-169  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.15 
 
 
714 aa  595  1e-169  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.86 
 
 
725 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.43 
 
 
693 aa  596  1e-169  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.77 
 
 
758 aa  596  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.17 
 
 
718 aa  597  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.95 
 
 
710 aa  595  1e-169  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.73 
 
 
712 aa  597  1e-169  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.38 
 
 
702 aa  596  1e-169  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2997  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.1 
 
 
711 aa  596  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.41 
 
 
742 aa  597  1e-169  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.39 
 
 
707 aa  597  1e-169  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.26 
 
 
722 aa  597  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.46 
 
 
748 aa  597  1e-169  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.67 
 
 
703 aa  596  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
701 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.08 
 
 
703 aa  595  1e-169  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.58 
 
 
704 aa  597  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.14 
 
 
700 aa  593  1e-168  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.51 
 
 
729 aa  594  1e-168  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>