More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0489 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.67 
 
 
734 aa  687    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  51.67 
 
 
711 aa  687    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.14 
 
 
733 aa  649    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 
713 aa  664    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.49 
 
 
697 aa  738    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.32 
 
 
701 aa  658    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.77 
 
 
698 aa  644    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.5 
 
 
747 aa  653    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.21 
 
 
691 aa  680    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.21 
 
 
720 aa  674    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.49 
 
 
717 aa  649    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
712 aa  674    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
705 aa  674    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.95 
 
 
702 aa  720    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.57 
 
 
714 aa  649    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
702 aa  664    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.66 
 
 
701 aa  652    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 
712 aa  669    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 
712 aa  669    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 
712 aa  669    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 
713 aa  664    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.69 
 
 
729 aa  692    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.54 
 
 
729 aa  685    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.51 
 
 
701 aa  651    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 
700 aa  660    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.08 
 
 
715 aa  657    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 
713 aa  663    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.66 
 
 
728 aa  640    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.18 
 
 
711 aa  676    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
706 aa  661    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
718 aa  674    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
718 aa  639    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 
713 aa  663    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.82 
 
 
695 aa  694    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.46 
 
 
701 aa  655    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
740 aa  690    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.74 
 
 
699 aa  719    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.85 
 
 
715 aa  654    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 
713 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.99 
 
 
700 aa  694    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 
758 aa  655    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.77 
 
 
712 aa  692    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.33 
 
 
697 aa  738    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.66 
 
 
750 aa  890    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.402315  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.27 
 
 
694 aa  654    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.98 
 
 
712 aa  669    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.03 
 
 
696 aa  739    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.14 
 
 
716 aa  658    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.74 
 
 
701 aa  674    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
708 aa  669    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
747 aa  656    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.15 
 
 
713 aa  668    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.22 
 
 
749 aa  738    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.85 
 
 
699 aa  670    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
718 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.75 
 
 
717 aa  671    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.22 
 
 
718 aa  645    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.02 
 
 
713 aa  663    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.01 
 
 
706 aa  658    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
722 aa  683    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.93 
 
 
715 aa  664    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.66 
 
 
714 aa  687    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.79 
 
 
707 aa  683    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.49 
 
 
716 aa  644    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
701 aa  669    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.85 
 
 
722 aa  665    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.28 
 
 
707 aa  694    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.29 
 
 
748 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 
700 aa  652    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.01 
 
 
714 aa  654    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.15 
 
 
697 aa  675    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.23 
 
 
815 aa  700    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
721 aa  649    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 
713 aa  664    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4573  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.32 
 
 
701 aa  660    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.348013  normal  0.924419 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
715 aa  643    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.88 
 
 
698 aa  686    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 
703 aa  692    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.93 
 
 
715 aa  674    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.58 
 
 
760 aa  863    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.365635  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50 
 
 
727 aa  655    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.08 
 
 
703 aa  669    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.62 
 
 
713 aa  683    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
699 aa  670    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.52 
 
 
699 aa  666    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.66 
 
 
699 aa  669    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.64 
 
 
720 aa  744    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.71 
 
 
698 aa  662    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
703 aa  676    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 
710 aa  654    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
714 aa  655    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.31 
 
 
701 aa  665    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
757 aa  636    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.28 
 
 
751 aa  662    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
715 aa  643    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.89 
 
 
699 aa  766    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
701 aa  676    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 
699 aa  665    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.19 
 
 
706 aa  728    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
703 aa  675    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>