More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0078 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.67 
 
 		 734 aa  763    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  56.81 
 
 		 711 aa  765    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.71 
 
 		 700 aa  772    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.14 
 
 		 757 aa  714    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.280342 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.46 
 
 		 697 aa  702    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4708  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.57 
 
 		 701 aa  749    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0102803 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  758    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1041  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.55 
 
 		 698 aa  658    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.0000243364  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.08 
 
 		 701 aa  640    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.63 
 
 		 691 aa  744    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.3 
 
 		 757 aa  663    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.103984  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2067  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.46 
 
 		 717 aa  733    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.14 
 
 		 699 aa  757    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.14 
 
 		 705 aa  748    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.9 
 
 		 703 aa  757    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000396899  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.97 
 
 		 714 aa  942    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1209  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.08 
 
 		 702 aa  744    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4486  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  55.71 
 
 		 701 aa  751    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.02 
 
 		 722 aa  726    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2918  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  80.54 
 
 		 740 aa  1188    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.777239  normal  0.227939 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.19 
 
 		 696 aa  721    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  758    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.42 
 
 		 729 aa  741    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.42 
 
 		 729 aa  739    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4176  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.76 
 
 		 701 aa  751    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.310509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.19 
 
 		 700 aa  712    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.52 
 
 		 715 aa  745    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.37 
 
 		 758 aa  758    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0957  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.74 
 
 		 728 aa  739    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0338  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.47 
 
 		 796 aa  720    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0332916  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.42 
 
 		 706 aa  762    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.96 
 
 		 718 aa  917    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  758    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  756    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.81 
 
 		 695 aa  761    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0783  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.71 
 
 		 701 aa  756    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00491346  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1112  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  80.51 
 
 		 716 aa  1177    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.254666  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.31 
 
 		 699 aa  687    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.59 
 
 		 715 aa  757    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.72 
 
 		 732 aa  647    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2759  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  83.1 
 
 		 736 aa  1209    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00521923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1689  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.65 
 
 		 728 aa  637    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0825  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.12 
 
 		 698 aa  766    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0159879 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.99 
 
 		 697 aa  724    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  756    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.47 
 
 		 694 aa  746    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3601  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.33 
 
 		 711 aa  763    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0442861 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1745  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.67 
 
 		 702 aa  746    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.135347  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2553  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.89 
 
 		 701 aa  741    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.587578  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.32 
 
 		 708 aa  868    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3604  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.14 
 
 		 725 aa  733    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0558589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.73 
 
 		 713 aa  756    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.64 
 
 		 749 aa  683    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.65 
 
 		 703 aa  735    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.1 
 
 		 718 aa  918    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2482  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.17 
 
 		 772 aa  869    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.676792  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0726  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.19 
 
 		 796 aa  724    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  86.54 
 
 		 706 aa  1258    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.6 
 
 		 706 aa  745    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.76 
 
 		 722 aa  790    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.83 
 
 		 715 aa  915    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  58.5 
 
 		 714 aa  782    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.94 
 
 		 707 aa  743    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3218  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.37 
 
 		 716 aa  751    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.634558  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1019  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.32 
 
 		 701 aa  751    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000461081  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.1 
 
 		 722 aa  922    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.5 
 
 		 707 aa  774    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.27 
 
 		 748 aa  897    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.26 
 
 		 700 aa  706    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.99 
 
 		 725 aa  731    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.22 
 
 		 697 aa  687    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.79 
 
 		 815 aa  651    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0984059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0401  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.36 
 
 		 721 aa  639    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0078  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 		 711 aa  1447    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.901584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0543  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.85 
 
 		 771 aa  863    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.109089  normal  0.335288 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.68 
 
 		 715 aa  755    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3344  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.53 
 
 		 722 aa  724    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2774  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  80.51 
 
 		 716 aa  1177    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.77 
 
 		 703 aa  736    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.93 
 
 		 715 aa  927    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.43 
 
 		 751 aa  738    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.62 
 
 		 733 aa  911    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.94 
 
 		 727 aa  750    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000928829 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  54.06 
 
 		 713 aa  754    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0966  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.96 
 
 		 699 aa  764    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000874082  normal  0.0188392 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.14 
 
 		 699 aa  749    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000012543  hitchhiker  0.000000583672 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1096  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.14 
 
 		 699 aa  749    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0013386  hitchhiker  0.00237644 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  57.76 
 
 		 720 aa  781    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0995  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.71 
 
 		 698 aa  754    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0673762  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  756    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3050  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.36 
 
 		 710 aa  988    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.464324  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.45 
 
 		 714 aa  753    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.27 
 
 		 701 aa  758    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.87 
 
 		 712 aa  766    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.87 
 
 		 713 aa  758    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.68 
 
 		 715 aa  755    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.07 
 
 		 699 aa  649    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  56.42 
 
 		 701 aa  781    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  55.71 
 
 		 699 aa  747    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000390234  hitchhiker  0.0000000630128 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  53.49 
 
 		 706 aa  707    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>