More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hhal_0312 on replicon NC_008789
Organism: Halorhodospira halophila SL1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
454 aa  912    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.09 
 
 
791 aa  175  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1579  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.02 
 
 
324 aa  173  5.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1835  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.93 
 
 
654 aa  168  2e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0773497  normal  0.315507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.13 
 
 
921 aa  166  8e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.43 
 
 
505 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.56 
 
 
919 aa  161  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.23 
 
 
772 aa  157  3e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.82 
 
 
423 aa  156  7e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  46.24 
 
 
689 aa  155  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.92 
 
 
686 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2428  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.11 
 
 
954 aa  154  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.993227  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34 
 
 
990 aa  154  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.44 
 
 
424 aa  153  7e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1451  diguanylate cyclase  33.22 
 
 
629 aa  152  1e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0524713  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.8 
 
 
420 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1695  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 
594 aa  152  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.357203  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1925  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.65 
 
 
761 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.69 
 
 
954 aa  149  7e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.837397  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
492 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0660  triosephosphate isomerase  29 
 
 
855 aa  148  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146295  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4193  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.01 
 
 
703 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.950963  normal  0.519215 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  42.31 
 
 
430 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.8 
 
 
634 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  44.17 
 
 
227 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
710 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  42.31 
 
 
430 aa  147  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.24 
 
 
646 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  46.06 
 
 
336 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  43.79 
 
 
432 aa  146  9e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.97 
 
 
610 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3878  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.75 
 
 
892 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  41.76 
 
 
430 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
430 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
431 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
431 aa  144  3e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
431 aa  144  3e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2134  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.85 
 
 
763 aa  144  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.489481  normal  0.0897813 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
431 aa  144  3e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  41.76 
 
 
430 aa  144  3e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0490  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.01 
 
 
681 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.853397  normal  0.203863 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.38 
 
 
900 aa  144  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 
476 aa  144  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2051  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.4 
 
 
703 aa  143  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.149643  normal  0.0751648 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  40.59 
 
 
539 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  40.54 
 
 
611 aa  143  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  48.8 
 
 
366 aa  143  7e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
432 aa  143  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2805  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  33.85 
 
 
878 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0866778 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1017  GGDEF family protein  33.75 
 
 
1051 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.69 
 
 
735 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  42.92 
 
 
437 aa  142  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
430 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  40.98 
 
 
418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  29.05 
 
 
768 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 
410 aa  141  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.56 
 
 
430 aa  140  3e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  49.69 
 
 
351 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.56 
 
 
430 aa  141  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.47 
 
 
696 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0252232  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.56 
 
 
430 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  37.56 
 
 
410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  37.56 
 
 
410 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  37.56 
 
 
430 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
454 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.55 
 
 
575 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3627  signal transduction protein  30.75 
 
 
709 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2147  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 
410 aa  140  4.999999999999999e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  44.85 
 
 
474 aa  140  6e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  44.51 
 
 
736 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 
1143 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.78 
 
 
1078 aa  139  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  51.2 
 
 
354 aa  140  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 
1143 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.35 
 
 
428 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
457 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.82 
 
 
753 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  45.12 
 
 
738 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
620 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
659 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.09 
 
 
410 aa  139  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.92 
 
 
578 aa  139  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2575  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.63 
 
 
566 aa  138  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
431 aa  138  2e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2313  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.79 
 
 
981 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.762814  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4349  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 
1514 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0021  diguanylate cyclase  35.89 
 
 
423 aa  137  4e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4411  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.68 
 
 
1514 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0203527 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  41.82 
 
 
714 aa  137  4e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  45.78 
 
 
369 aa  137  4e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0203  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.45 
 
 
718 aa  137  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.4 
 
 
407 aa  137  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0732  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.1 
 
 
446 aa  137  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.76 
 
 
712 aa  137  5e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2112  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.05 
 
 
836 aa  137  6.0000000000000005e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2017  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.51 
 
 
1299 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0450581  normal  0.783142 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  36.62 
 
 
430 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
373 aa  136  9e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.27 
 
 
302 aa  136  9e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>