269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2932 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1836  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.01 
 
 
660 aa  640    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0373548  normal  0.935873 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2854  cytochrome c assembly protein  58.77 
 
 
657 aa  735    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2132  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.66 
 
 
660 aa  642    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0941  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.66 
 
 
660 aa  639    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.983495  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2932  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  100 
 
 
659 aa  1301    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2003  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 
660 aa  633  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.151037  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.52 
 
 
661 aa  631  1e-179  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.157027  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3775  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.59 
 
 
666 aa  631  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.793709 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4051  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.59 
 
 
666 aa  631  1e-179  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.663155  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.29 
 
 
663 aa  628  1e-178  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3448  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  53.52 
 
 
660 aa  626  1e-178  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.186269  normal  0.0456114 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0608  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.14 
 
 
663 aa  627  1e-178  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3411  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  50.68 
 
 
664 aa  623  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0276994  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1071  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.66 
 
 
665 aa  620  1e-176  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.998298 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1439  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.45 
 
 
660 aa  619  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.612264  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2669  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.46 
 
 
663 aa  620  1e-176  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3073  cytochrome c-type biogenesis protein cycK  52.62 
 
 
659 aa  614  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.46047  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0922  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.15 
 
 
662 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0606088  normal  0.0314376 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3977  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.3 
 
 
653 aa  609  1e-173  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0556794  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2152  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.35 
 
 
662 aa  608  9.999999999999999e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4993  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.36 
 
 
666 aa  608  9.999999999999999e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108903 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.91 
 
 
671 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.836519  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1657  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.38 
 
 
661 aa  601  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.018137  normal  0.790644 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1127  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.19 
 
 
654 aa  601  1e-170  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4166  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.53 
 
 
664 aa  595  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.522629  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0635  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.42 
 
 
660 aa  597  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.181407  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1364  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.38 
 
 
667 aa  596  1e-169  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.220377  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2232  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  51.48 
 
 
660 aa  592  1e-168  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4431  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.66 
 
 
660 aa  586  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.938091  normal  0.729062 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0438  cytochrome c assembly protein  49.62 
 
 
660 aa  587  1e-166  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1169  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.37 
 
 
656 aa  587  1e-166  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.291829 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1401  cytochrome c assembly protein  51.06 
 
 
666 aa  580  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0545424 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1406  cytochrome c assembly protein  51.21 
 
 
666 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.419457  normal  0.0330583 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1681  cytochrome c assembly protein  51.36 
 
 
666 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0360404  normal  0.640994 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1209  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.87 
 
 
679 aa  572  1e-161  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0040  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.76 
 
 
657 aa  566  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3891  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.86 
 
 
658 aa  564  1.0000000000000001e-159  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.109986  normal  0.46196 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2633  cytochrome c maturation protein, CcmF  52.41 
 
 
656 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0466385  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0899  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  50.46 
 
 
662 aa  558  1e-158  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160202  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1290  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  52.41 
 
 
656 aa  561  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.595992 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3999  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.45 
 
 
658 aa  553  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.509835  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1640  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47 
 
 
651 aa  555  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0476911  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002846  cytochrome c heme lyase subunit CcmF  47.16 
 
 
658 aa  546  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1378  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.95 
 
 
639 aa  548  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1411  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.77 
 
 
694 aa  548  1e-154  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.25 
 
 
677 aa  542  1e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1211  cytochrome c-type biogenesis protein (CcmF)  50.39 
 
 
661 aa  544  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0943  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.31 
 
 
661 aa  536  1e-151  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.190679  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03069  Cytochrome c biogenesis factor  44.66 
 
 
685 aa  536  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1513  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.17 
 
 
639 aa  536  1e-151  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03130  hypothetical protein  45.88 
 
 
660 aa  533  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0432  cytochrome c-type biogenesis protein CycK  44.26 
 
 
659 aa  533  1e-150  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2276  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.53 
 
 
652 aa  529  1e-149  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3566  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.85 
 
 
660 aa  531  1e-149  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0145214  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1659  cytochrome c assembly protein  45.9 
 
 
659 aa  529  1e-149  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.118924  normal  0.550296 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0248  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.15 
 
 
658 aa  529  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00203639  normal  0.0443843 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2786  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.48 
 
 
657 aa  531  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0585  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.62 
 
 
665 aa  528  1e-148  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971305  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0374  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  49.01 
 
 
692 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00720361 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.65 
 
 
653 aa  525  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00175562  hitchhiker  0.0000318804 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0398  cytochrome c-type biogenesis protein F  44.62 
 
 
649 aa  522  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1549  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.61 
 
 
660 aa  519  1e-146  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.347843 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0390  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
656 aa  521  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.458476 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1501  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
656 aa  522  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.175478  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1392  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.37 
 
 
656 aa  522  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0193  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.98 
 
 
658 aa  519  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000108567  normal  0.0553743 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4656  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.04 
 
 
659 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.724675  hitchhiker  0.00321654 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2446  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.44 
 
 
672 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2852  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.98 
 
 
672 aa  512  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3996  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.17 
 
 
664 aa  512  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3724  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.2 
 
 
659 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00953615  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1369  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.63 
 
 
674 aa  512  1e-144  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.51 
 
 
659 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000102489  normal  0.153231 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0218  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.92 
 
 
659 aa  509  1e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000250074  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.36 
 
 
659 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000335449  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0231  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.6 
 
 
659 aa  511  1e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000323777  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4021  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.04 
 
 
659 aa  512  1e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000531805  hitchhiker  0.000163865 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.36 
 
 
659 aa  510  1e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466209  unclonable  0.0000000000673434 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0229  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.36 
 
 
659 aa  509  1e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0413329  hitchhiker  0.00683756 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4056  cytochrome c-type heme lyase CcmF  49 
 
 
680 aa  506  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449676  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0234  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.2 
 
 
659 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0552796  unclonable  0.0000000000976147 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3019  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.94 
 
 
653 aa  508  9.999999999999999e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0266  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.33 
 
 
659 aa  503  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1743  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.83 
 
 
681 aa  504  1e-141  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.262796  normal  0.222748 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1687  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.13 
 
 
666 aa  503  1e-141  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4284  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.9 
 
 
659 aa  501  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00184466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3630  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.72 
 
 
657 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1582  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.62 
 
 
662 aa  501  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.861577 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3847  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  48.49 
 
 
657 aa  499  1e-140  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4770  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.94 
 
 
673 aa  498  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0802  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.98 
 
 
649 aa  498  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.73075  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3386  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  44.28 
 
 
656 aa  496  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3648  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.72 
 
 
662 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0182  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  43.78 
 
 
656 aa  495  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00179413  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2419  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.14 
 
 
651 aa  489  1e-137  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0418  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.63 
 
 
657 aa  490  1e-137  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3388  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  47.76 
 
 
657 aa  490  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609216  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1035  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  42.86 
 
 
679 aa  486  1e-136  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2723  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  45.12 
 
 
651 aa  486  1e-136  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1955  cytochrome c-type biogenesis protein CcmF  46.41 
 
 
665 aa  486  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>