238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3523 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3523  transcriptional activator domain  100 
 
 		 1055 aa  2152    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3460  transcriptional activator domain-containing protein  35.75 
 
 		 1061 aa  650    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1110  transcriptional activator domain-containing protein  36.71 
 
 		 1082 aa  660    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0766  tetratricopeptide TPR_4  35.64 
 
 		 1000 aa  596  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106648  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0084  transcriptional activator domain  30.41 
 
 		 1071 aa  478  1e-133  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1633  tetratricopeptide TPR_4  28.9 
 
 		 1031 aa  345  2e-93  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.720693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0284  transcriptional regulator, SARP family  27.98 
 
 		 689 aa  211  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.32 
 
 		 1019 aa  144  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  26.76 
 
 		 887 aa  137  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.62 
 
 		 1111 aa  127  1e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.63 
 
 		 913 aa  126  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  27.25 
 
 		 896 aa  119  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1728  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.52 
 
 		 870 aa  117  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.43 
 
 		 897 aa  114  7.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  28.06 
 
 		 766 aa  113  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  24.88 
 
 		 916 aa  113  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  22.03 
 
 		 1108 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  26.88 
 
 		 904 aa  112  4.0000000000000004e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  24.72 
 
 		 1083 aa  111  7.000000000000001e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.23 
 
 		 1021 aa  110  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  25.78 
 
 		 901 aa  110  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  26.27 
 
 		 901 aa  108  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  26.27 
 
 		 901 aa  108  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  26.27 
 
 		 902 aa  108  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  26.27 
 
 		 901 aa  108  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  26.27 
 
 		 901 aa  108  5e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1506  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.84 
 
 		 876 aa  107  9e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 921 aa  107  1e-21  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  26.02 
 
 		 901 aa  106  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  26.02 
 
 		 901 aa  106  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  26.02 
 
 		 901 aa  106  3e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  26.02 
 
 		 901 aa  106  3e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  26.02 
 
 		 901 aa  106  3e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  26.02 
 
 		 901 aa  106  3e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  28.29 
 
 		 903 aa  106  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  28.29 
 
 		 903 aa  106  3e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  26.26 
 
 		 933 aa  105  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3477  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.43 
 
 		 877 aa  105  4e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3125  transcriptional activator domain-containing protein  26.45 
 
 		 1068 aa  105  5e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  27.35 
 
 		 901 aa  105  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  27.35 
 
 		 901 aa  105  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  24.83 
 
 		 1145 aa  104  1e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2354  transcriptional activator domain-containing protein  26.54 
 
 		 1070 aa  102  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.607566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.05 
 
 		 867 aa  102  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.13 
 
 		 889 aa  102  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.65 
 
 		 749 aa  102  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  26.42 
 
 		 901 aa  101  7e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  24.26 
 
 		 1204 aa  100  1e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  23.81 
 
 		 902 aa  100  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5188  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.29 
 
 		 884 aa  99.8  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  26.62 
 
 		 914 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  25.06 
 
 		 758 aa  99.4  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  26.15 
 
 		 921 aa  99  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3459  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.14 
 
 		 901 aa  98.6  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000984222  hitchhiker  0.00326143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4031  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.56 
 
 		 896 aa  98.2  7e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.924331  normal  0.36139 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 914 aa  95.9  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  26.28 
 
 		 913 aa  95.1  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.94 
 
 		 910 aa  94.7  8e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.33 
 
 		 902 aa  94.7  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.44 
 
 		 860 aa  94  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.21 
 
 		 935 aa  94.4  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  25.89 
 
 		 878 aa  93.6  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.43 
 
 		 914 aa  93.2  3e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.64 
 
 		 1003 aa  92.4  4e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.22 
 
 		 896 aa  92.4  4e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  26.89 
 
 		 899 aa  92.4  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0996  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.04 
 
 		 930 aa  91.7  7e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  25.5 
 
 		 900 aa  91.3  8e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.67 
 
 		 921 aa  91.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.67 
 
 		 921 aa  91.7  8e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  25.3 
 
 		 904 aa  91.3  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.14 
 
 		 921 aa  90.1  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.85 
 
 		 922 aa  90.1  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5237  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.21 
 
 		 846 aa  89.7  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  25.62 
 
 		 914 aa  89.4  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  26.05 
 
 		 905 aa  89  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  23.6 
 
 		 905 aa  88.2  7e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3547  transcriptional regulator  26.44 
 
 		 907 aa  88.2  8e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.75 
 
 		 911 aa  87.8  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.77 
 
 		 917 aa  87.8  9e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 905 aa  87.4  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1524  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.23 
 
 		 907 aa  87.8  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.179507  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41800  putative transcriptional regulator  25.59 
 
 		 907 aa  87.8  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  24.45 
 
 		 880 aa  87.8  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.76 
 
 		 905 aa  87  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5030  transcriptional activator domain-containing protein  26.32 
 
 		 1056 aa  84.3  0.000000000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.311949  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  24.64 
 
 		 920 aa  84.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  23.17 
 
 		 913 aa  84.3  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.23 
 
 		 919 aa  84  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.42 
 
 		 905 aa  84  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  25.51 
 
 		 906 aa  82.8  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.81 
 
 		 894 aa  82.4  0.00000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1633  regulatory protein, LuxR  25.91 
 
 		 732 aa  82.4  0.00000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  25.86 
 
 		 919 aa  82.4  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  24.21 
 
 		 561 aa  82  0.00000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  25.14 
 
 		 906 aa  81.6  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0105  transcriptional regulator domain protein  22.73 
 
 		 969 aa  81.6  0.00000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0921  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  25.92 
 
 		 881 aa  80.1  0.0000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.54574  normal  0.164383 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3393  regulatory protein, LuxR  26.55 
 
 		 900 aa  79.7  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  24.51 
 
 		 904 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>