More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1723 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1723  mechanosensitive ion channel family protein  100 
 
 		 545 aa  1101    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242798  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3258  MscS mechanosensitive ion channel  58.1 
 
 		 600 aa  597  1e-169  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0680122  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3888  MscS Mechanosensitive ion channel  44.55 
 
 		 563 aa  442  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.203429 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3838  MscS Mechanosensitive ion channel  44.75 
 
 		 563 aa  445  1e-123  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2344  MscS Mechanosensitive ion channel  41.13 
 
 		 570 aa  432  1e-120  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.809256 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0742  MscS Mechanosensitive ion channel  42.26 
 
 		 563 aa  431  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0771  MscS Mechanosensitive ion channel  41.37 
 
 		 563 aa  429  1e-119  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.034825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0508  MscS Mechanosensitive ion channel  44.16 
 
 		 566 aa  422  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0997  MscS Mechanosensitive ion channel  42.69 
 
 		 579 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00010123  normal  0.396482 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4074  MscS mechanosensitive ion channel  39.96 
 
 		 572 aa  418  9.999999999999999e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2961  MscS Mechanosensitive ion channel  42.06 
 
 		 593 aa  415  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.80043  hitchhiker  0.0000000094968 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2427  MscS mechanosensitive ion channel  39.36 
 
 		 550 aa  376  1e-103  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0806  MscS mechanosensitive ion channel  41.52 
 
 		 549 aa  378  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3676  MscS Mechanosensitive ion channel  38.37 
 
 		 524 aa  372  1e-101  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1278  small-conductance mechanosensitive channel-like  47.03 
 
 		 520 aa  359  8e-98  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1474  MscS Mechanosensitive ion channel  40.79 
 
 		 559 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2865  MscS Mechanosensitive ion channel  36.59 
 
 		 545 aa  340  4e-92  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3231  MscS Mechanosensitive ion channel  36.4 
 
 		 545 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.371413 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4585  MscS mechanosensitive ion channel  37.52 
 
 		 571 aa  330  6e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.711383 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4449  MscS Mechanosensitive ion channel  38.7 
 
 		 546 aa  322  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1169  MscS Mechanosensitive ion channel  35.73 
 
 		 556 aa  313  4.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1050  MscS mechanosensitive ion channel  43.25 
 
 		 481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0364  MscS Mechanosensitive ion channel  31.07 
 
 		 538 aa  237  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000549474  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2741  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 545 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3012  MscS mechanosensitive ion channel  33.2 
 
 		 545 aa  235  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1646  MscS mechanosensitive ion channel  31.85 
 
 		 557 aa  235  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.010516  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3049  MscS mechanosensitive ion channel  34.36 
 
 		 542 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.369639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2521  MscS mechanosensitive ion channel  45.69 
 
 		 230 aa  219  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.871653  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4631  MscS mechanosensitive ion channel  30.89 
 
 		 581 aa  218  2.9999999999999998e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0897  MscS Mechanosensitive ion channel  28.21 
 
 		 545 aa  191  4e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1572  MscS Mechanosensitive ion channel  28.17 
 
 		 548 aa  170  6e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00917582 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1074  MscS mechanosensitive ion channel  31.75 
 
 		 395 aa  113  9e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0868741  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1734  MscS mechanosensitive ion channel  27.91 
 
 		 358 aa  99  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.288802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  30.63 
 
 		 435 aa  93.2  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  31.76 
 
 		 874 aa  91.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  26.02 
 
 		 274 aa  91.3  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2895  helix-turn-helix, AraC type  26.61 
 
 		 264 aa  90.5  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0170548 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  32.08 
 
 		 291 aa  90.1  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1062  MscS Mechanosensitive ion channel  25.84 
 
 		 310 aa  89.7  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.771269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  22.77 
 
 		 685 aa  89.7  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 636 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3399  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 345 aa  88.6  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  29.89 
 
 		 636 aa  89  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000323872 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2381  MscS mechanosensitive ion channel  24.32 
 
 		 287 aa  89.4  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.42777  hitchhiker  0.00000285336 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2295  mechanosensitive ion channel family protein  24.64 
 
 		 289 aa  86.3  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 447 aa  86.7  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  25.48 
 
 		 447 aa  86.3  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  29.83 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00593  MscS Mechanosensitive ion channel  30.81 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.863063  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  32.57 
 
 		 298 aa  84.7  0.000000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  23.59 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  26.59 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000172333  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0569  MscS Mechanosensitive ion channel  27.07 
 
 		 280 aa  83.2  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.912877  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1647  MscS Mechanosensitive ion channel  24.66 
 
 		 429 aa  82.4  0.00000000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1529  MscS Mechanosensitive ion channel  25.7 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  26.21 
 
 		 275 aa  82  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  24.41 
 
 		 273 aa  80.5  0.00000000000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1862  MscS mechanosensitive ion channel  28.19 
 
 		 867 aa  79  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0452  MscS Mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 853 aa  78.2  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.372575 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2105  MscS Mechanosensitive ion channel  23 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0600957  normal  0.059013 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4892  MscS Mechanosensitive ion channel  28.74 
 
 		 560 aa  78.6  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 362 aa  77.8  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3051  MscS mechanosensitive ion channel  27.62 
 
 		 285 aa  78.2  0.0000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0787633 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2829  MscS mechanosensitive ion channel  30.1 
 
 		 294 aa  77.8  0.0000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  29.01 
 
 		 426 aa  77  0.0000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3831  MscS Mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.915765  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  26.88 
 
 		 273 aa  76.6  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4630  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.250026  normal  0.0442574 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  25.81 
 
 		 795 aa  76.3  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4691  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00421616  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  23.46 
 
 		 400 aa  76.6  0.000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.02 
 
 		 806 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000510417  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 270 aa  76.3  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  26.84 
 
 		 428 aa  76.6  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1438  MscS mechanosensitive ion channel  28.69 
 
 		 840 aa  76.6  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.139296  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  26.58 
 
 		 1107 aa  76.6  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00921  small conductance mechanosensitive ion channel  26.98 
 
 		 322 aa  76.6  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.230623  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  27.31 
 
 		 1108 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  24.36 
 
 		 1103 aa  75.5  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  0.00000473028 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  25.82 
 
 		 1144 aa  75.9  0.000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  28.32 
 
 		 279 aa  75.9  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1608  MscS mechanosensitive ion channel  29.94 
 
 		 868 aa  75.5  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  26.19 
 
 		 270 aa  75.5  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1250  MscS mechanosensitive ion channel  24.21 
 
 		 361 aa  75.9  0.000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000000414305  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  27.31 
 
 		 1108 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  27.31 
 
 		 1108 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  27.31 
 
 		 1108 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4182  MscS mechanosensitive ion channel  24.6 
 
 		 1070 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  27.31 
 
 		 1108 aa  75.9  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1770  MscS mechanosensitive ion channel  25.57 
 
 		 406 aa  75.9  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  29.41 
 
 		 753 aa  75.5  0.000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  27.03 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  30.56 
 
 		 444 aa  75.1  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  28.46 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  25.29 
 
 		 267 aa  74.7  0.000000000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>