More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3806 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3806  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 238 aa  479  1e-134  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.65239  normal  0.316965 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0919  TetR family transcriptional regulator  82.78 
 
 		 215 aa  356  9.999999999999999e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.563199 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0452  TetR family transcriptional regulator  62.94 
 
 		 212 aa  251  9.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.681881  decreased coverage  0.00000297509 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0381  TetR family transcriptional regulator  62.44 
 
 		 212 aa  247  1e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.336534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1204  transcriptional regulator, TetR family  63.37 
 
 		 206 aa  247  1e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.260768  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2993  TetR family transcriptional regulator  60.59 
 
 		 206 aa  244  6.999999999999999e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  61.11 
 
 		 216 aa  241  1e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06720  transcriptional regulator, TetR family  58.29 
 
 		 221 aa  234  8e-61  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8390  putative transcriptional regulator, TetR family  57.42 
 
 		 222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4251  transcriptional regulator, TetR family  58.38 
 
 		 216 aa  231  7.000000000000001e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.22701  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0518  TetR family transcriptional regulator  58.25 
 
 		 206 aa  230  2e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.290772  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4588  transcriptional regulator, TetR family  56.72 
 
 		 206 aa  230  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.112472 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1473  TetR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 195 aa  218  6e-56  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2134  transcriptional regulator, TetR family  54.12 
 
 		 219 aa  217  1e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00399747  normal  0.0273951 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1120  transcriptional regulator, TetR family  51.74 
 
 		 223 aa  209  3e-53  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.917457  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0830  transcriptional regulator, TetR family  57.58 
 
 		 214 aa  206  3e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2497  transcriptional regulator, TetR family  51.89 
 
 		 221 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000693939 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  47.55 
 
 		 237 aa  196  2.0000000000000003e-49  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2775  TetR family transcriptional regulator  51.79 
 
 		 228 aa  193  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0212844  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3827  transcriptional regulator, TetR family  59.31 
 
 		 212 aa  191  1e-47  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.31638 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13232  TetR family transcriptional regulator  47.94 
 
 		 228 aa  189  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.414971 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 224 aa  187  1e-46  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1397  TetR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 224 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.515474  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1415  TetR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 224 aa  186  4e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1795  TetR family transcriptional regulator  44.55 
 
 		 224 aa  185  5e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1451  TetR family transcriptional regulator  44.13 
 
 		 224 aa  185  7e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15250  transcriptional regulator, tetR family  41.86 
 
 		 218 aa  136  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.110377  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2475  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 222 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.260568  hitchhiker  0.0024636 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27670  transcriptional regulator  33.74 
 
 		 254 aa  120  9.999999999999999e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.208365 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0710  transcriptional regulator, TetR family  31.69 
 
 		 248 aa  104  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0144  TetR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 224 aa  95.1  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.522541  decreased coverage  0.0000264507 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13360  transcriptional regulator, TetR family  32.52 
 
 		 215 aa  93.2  3e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0417905  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3016  transcriptional regulator, TetR family  32.65 
 
 		 209 aa  93.2  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.150997  normal  0.125451 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3836  transcriptional regulator, TetR family  32.09 
 
 		 211 aa  93.2  4e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0414  TetR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 215 aa  92  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.462572  normal  0.0664832 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1050  transcriptional regulator, TetR family  30.7 
 
 		 225 aa  91.3  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.549541 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6979  transcriptional regulator, TetR family  34.43 
 
 		 220 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.941023  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11037  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 197 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.102388  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11350  transcriptional regulator  30.3 
 
 		 220 aa  90.1  3e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0564  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 203 aa  90.1  3e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0661  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 205 aa  90.1  3e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4778  TetR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 217 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0908  transcriptional regulator, TetR family  31.38 
 
 		 207 aa  89.4  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.469028  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0138  TetR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 218 aa  89  6e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0257  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 209 aa  87.8  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.102981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4626  transcriptional regulator, TetR family  35.03 
 
 		 211 aa  87.4  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110176  hitchhiker  0.00755279 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0994  transcriptional regulator, TetR family  30.54 
 
 		 271 aa  87  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0787  regulatory protein, TetR  33.17 
 
 		 226 aa  86.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4247  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0639864  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4333  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.771402  normal  0.443044 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4626  TetR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 212 aa  86.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.734291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0731  TetR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 227 aa  86.3  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00250469 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0931  transcriptional regulator, TetR family  31.96 
 
 		 215 aa  86.3  4e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.588864  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0872  transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.678947 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1558  regulatory protein TetR  31.12 
 
 		 220 aa  84  0.000000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0236  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0269868  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0246  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.314505 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0226  TetR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.131166 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1947  TetR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 197 aa  83.6  0.000000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0330  transcriptional regulator, TetR family  33.17 
 
 		 233 aa  82.8  0.000000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10241  TetR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 204 aa  82.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000764085  normal  0.925652 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3992  transcriptional regulator, TetR family  32.29 
 
 		 218 aa  81.3  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0412  TetR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 216 aa  81.6  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.742667  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38900  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 226 aa  80.9  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.749862  normal  0.429215 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2710  transcriptional regulator, TetR family  29.77 
 
 		 218 aa  79.7  0.00000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.448517  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3157  TetR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0194  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 225 aa  79.3  0.00000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1216  TetR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 204 aa  77.8  0.0000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  37.61 
 
 		 205 aa  78.2  0.0000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3183  transcriptional regulator, TetR family  31.41 
 
 		 220 aa  77.4  0.0000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0166  transcriptional regulator, TetR family  31.09 
 
 		 221 aa  77  0.0000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0611363  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1944  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 205 aa  77.8  0.0000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.00538978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0984  transcriptional regulator, TetR family  29.35 
 
 		 245 aa  77  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.50937  hitchhiker  0.00233885 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  33.85 
 
 		 216 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2089  transcriptional regulator, TetR family  31.03 
 
 		 220 aa  74.7  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0021127  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4029  transcriptional regulator, TetR family  31.71 
 
 		 217 aa  74.7  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.697639  normal  0.116148 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1286  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 199 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000123202 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32320  transcriptional regulator, TetR family  31.89 
 
 		 200 aa  73.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.247928 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06690  transcriptional regulator  29.27 
 
 		 256 aa  72.4  0.000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8610  putative transcriptional regulator, TetR family  30.81 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30200  transcriptional regulator, TetR family  26.89 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.296423  normal  0.124528 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2242  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 208 aa  70.5  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0149249  normal  0.352289 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4456  regulatory protein TetR  29.35 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0166479  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  34.97 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1238  AcrR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 273 aa  68.9  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0828  transcriptional regulator, TetR family  26.94 
 
 		 275 aa  68.6  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0424  transcriptional regulator, TetR family  30.1 
 
 		 201 aa  68.6  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.315635  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0305  transcriptional regulator, TetR family  27.5 
 
 		 215 aa  68.2  0.0000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.437849  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3020  transcriptional regulator, TetR family  27.05 
 
 		 213 aa  66.2  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000370253  normal  0.25528 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0972  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 233 aa  65.9  0.0000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.93446  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1312  TetR family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 206 aa  66.2  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278349  normal  0.387509 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12528  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 215 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0275989 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3838  transcriptional regulator TetR family  30.91 
 
 		 230 aa  65.9  0.0000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.606304  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2551  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 206 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.48532  normal  0.51431 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9154  putative transcriptional regulator, TetR family  49.35 
 
 		 226 aa  65.1  0.0000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.231214  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2486  transcriptional regulator, TetR family  24.84 
 
 		 200 aa  65.1  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00165208  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2175  TetR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 218 aa  64.7  0.000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0807  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 211 aa  64.7  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271007  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>