More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3674 on replicon NC_009955
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2108  hypothetical protein  84.04 
 
 		 835 aa  1190    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0426  Na+/H+ antiporter  59.61 
 
 		 832 aa  841    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3674  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 		 788 aa  1532    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.301148 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2350  cyclic nucleotide-binding protein  59.87 
 
 		 832 aa  853    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2082  cyclic nucleotide-binding protein  59.61 
 
 		 832 aa  841    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.584605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0013  cyclic nucleotide-regulated Na/H exchanger  37.83 
 
 		 874 aa  494  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.969543  normal  0.36884 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3954  Sodium/hydrogen exchanger  39.36 
 
 		 725 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4268  sodium/hydrogen exchanger  37.52 
 
 		 703 aa  353  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.199403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4378  sodium/hydrogen exchanger  37.52 
 
 		 703 aa  353  5.9999999999999994e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.746015  normal  0.209778 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2906  Sodium/hydrogen exchanger  40.66 
 
 		 431 aa  202  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3825  sodium/hydrogen exchanger  33.6 
 
 		 680 aa  192  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3919  cyclic nucleotide-binding protein  32.16 
 
 		 682 aa  185  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4985  sodium/hydrogen exchanger  38.04 
 
 		 435 aa  181  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0820317  normal  0.370325 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4011  Na+/H+ antiporter  31.59 
 
 		 521 aa  175  2.9999999999999996e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.276255 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0636  cyclic nucleotide-binding protein  24.41 
 
 		 812 aa  168  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0582  Na+/H+ antiporter  33 
 
 		 538 aa  144  5e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.373273 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0811  Na+/H+ antiporter  30.59 
 
 		 527 aa  144  6e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2041  Sodium/hydrogen exchanger  31.38 
 
 		 520 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.27132 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0680  sodium/hydrogen exchanger  31.79 
 
 		 705 aa  142  3e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3408  Na+/H+ antiporter NhaP  31.01 
 
 		 399 aa  140  8.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.435217  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3633  sodium/hydrogen exchanger  29.11 
 
 		 531 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.544202  normal  0.880072 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2078  Na+/H+ antiporter  29.37 
 
 		 533 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.886185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2454  Na+/H+ antiporter  29.37 
 
 		 533 aa  136  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0957  Na+:H+ antiporter  31.79 
 
 		 566 aa  127  6e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.233793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0840  Na+/H+ antiporter  31.37 
 
 		 566 aa  125  3e-27  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0441  sodium/proton antiporter  29.43 
 
 		 425 aa  125  3e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002354  hypothetical protein  29.19 
 
 		 417 aa  124  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03713  hypothetical protein  28.32 
 
 		 427 aa  122  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0621  Na+/H+ antiporter  29.61 
 
 		 535 aa  121  3.9999999999999996e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.547216  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_29184  CPA1 family transporter: sodium ion/proton  31.03 
 
 		 1247 aa  121  6e-26  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1739  Na+/H+ antiporter  31.71 
 
 		 536 aa  120  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.190097 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3510  Na+/H+ antiporter  27.36 
 
 		 534 aa  120  7.999999999999999e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2807  putative Na+/H+ antiporter  28.65 
 
 		 444 aa  120  7.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.70387  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1404  Na+/H+ antiporter  27.42 
 
 		 532 aa  120  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000504974  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1343  Na+/H+ antiporter  27.61 
 
 		 532 aa  120  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000220901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0652  Na+/H+ antiporter  28.82 
 
 		 436 aa  117  6e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0315  Na+/H+ antiporter  29.81 
 
 		 550 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7625  putative sodium/hydrogen antiporter (exchanger)  29.64 
 
 		 535 aa  115  3e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356238  normal  0.95176 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6647  sodium/hydrogen exchanger  27.78 
 
 		 521 aa  114  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0126992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0519  Na+/H+ antiporter  32.4 
 
 		 539 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2874  Na+/H+ antiporter  27.38 
 
 		 531 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.00000139579  normal  0.0106447 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5690  Na+/H+ antiporter  30.83 
 
 		 527 aa  111  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.949344 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3769  Na+/H+ antiporter  29.11 
 
 		 527 aa  110  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1649  Na+/H+ antiporter  27.88 
 
 		 524 aa  110  1e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2741  sodium/hydrogen exchanger  27.46 
 
 		 426 aa  110  1e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7391  sodium/hydrogen exchanger  31.32 
 
 		 521 aa  109  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.90592  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1366  sodium/hydrogen exchanger family protein  31.61 
 
 		 434 aa  107  8e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0521  Na+/H+ antiporter  29.45 
 
 		 550 aa  106  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3528  sodium/hydrogen exchanger  30.55 
 
 		 410 aa  107  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.339739  normal  0.944351 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5394  Na+/H+ antiporter  29.24 
 
 		 545 aa  107  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.622563  normal  0.782547 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4062  sodium/hydrogen exchanger  27.61 
 
 		 425 aa  105  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000000359855  normal  0.100381 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2829  sodium/hydrogen exchanger  31.61 
 
 		 434 aa  105  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2911  sodium/hydrogen exchanger  31.61 
 
 		 434 aa  105  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0211  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.603284  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0975  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.525449  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0244  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1388  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1585  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2552  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  104  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1263  sodium/hydrogen exchanger  31.52 
 
 		 434 aa  104  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2745  sodium/hydrogen exchanger  27.42 
 
 		 667 aa  104  8e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1143  Na+/H+ antiporter  31.63 
 
 		 534 aa  103  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0323  sodium/hydrogen exchanger  26.29 
 
 		 434 aa  103  1e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2698  Na+/H+ antiporter  30.43 
 
 		 526 aa  103  1e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0878  sodium/hydrogen exchanger  30.34 
 
 		 525 aa  102  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.362725  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1296  sodium/hydrogen exchanger  31.52 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3094  sodium/hydrogen exchanger  31.23 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0166581 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1219  sodium/hydrogen exchanger  30.95 
 
 		 434 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6819  Na+/H+ antiporter  28.36 
 
 		 524 aa  102  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.388749 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0940  sodium/hydrogen exchanger  29.11 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10336  normal  0.23886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0903  sodium/hydrogen exchanger  29.11 
 
 		 525 aa  101  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721526  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6974  Na+/H+ antiporter  29.92 
 
 		 528 aa  101  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000126561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6240  Na+/H+ antiporter  26.59 
 
 		 537 aa  101  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.972993  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5511  Na+/H+ antiporter  31.38 
 
 		 527 aa  100  7e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4974  sodium/hydrogen exchanger  30.63 
 
 		 411 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.24958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1228  Na+/H+ antiporter  30.84 
 
 		 546 aa  100  1e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1058  sodium/hydrogen exchanger  28.29 
 
 		 428 aa  100  1e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.484917  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4847  sodium/hydrogen exchanger  30.63 
 
 		 411 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.108736 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0661  Na+/H+ antiporter  29.6 
 
 		 548 aa  99.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0122747  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5646  Na+/H+ antiporter  30.24 
 
 		 531 aa  99  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0170  Na+/H+ antiporter  26.54 
 
 		 524 aa  99  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2514  sodium/hydrogen exchanger  27.3 
 
 		 692 aa  99.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0398611  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1264  Na+/H+ antiporter  30.77 
 
 		 547 aa  99  3e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.380967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2465  sodium/hydrogen exchanger  27.3 
 
 		 692 aa  99.4  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.148199  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03053  Na+/H+ antiporter  27.31 
 
 		 545 aa  99  3e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5023  sodium/hydrogen exchanger  30.63 
 
 		 411 aa  98.2  6e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4613  Na+/H+ antiporter  28.6 
 
 		 563 aa  97.8  6e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.280911 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0511  Na+/H+ antiporter  30.1 
 
 		 624 aa  98.2  6e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0786286  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0433  sodium/hydrogen exchanger  25.43 
 
 		 420 aa  98.2  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0433  Na+/H+ antiporter  27.08 
 
 		 549 aa  97.8  7e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.396158 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4615  Na+/H+ antiporter  28.6 
 
 		 563 aa  97.8  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.501158 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1895  sodium/hydrogen exchanger  28.09 
 
 		 397 aa  97.8  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.554149 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2245  Na+/H+ antiporter, putative  28.09 
 
 		 397 aa  97.4  8e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.207208  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4529  Na+/H+ antiporter  28.6 
 
 		 563 aa  97.8  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4664  Na+/H+ antiporter  28.6 
 
 		 563 aa  97.8  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.099275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2253  Na+/H+ antiporter  31.76 
 
 		 526 aa  97.4  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2310  Na+/H+ antiporter  31.08 
 
 		 527 aa  97.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.817415 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2378  Na+/H+ antiporter  28.38 
 
 		 524 aa  97.4  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  decreased coverage  0.00588494  normal  0.191499 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0889  Na+/H+ antiporter  28.99 
 
 		 548 aa  96.7  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0407392  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4521  Na+/H+ antiporter  28.6 
 
 		 548 aa  96.7  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>