More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_2749 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_2749  D-alanine--D-alanine ligase  100 
 
 		 338 aa  694    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2449  D-alanine--D-alanine ligase  35.93 
 
 		 727 aa  189  5.999999999999999e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1410  D-alanine--D-alanine ligase  36.01 
 
 		 728 aa  189  7e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.801372  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1506  D-alanine--D-alanine ligase  35.93 
 
 		 728 aa  189  9e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.736453  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1418  D-alanine--D-alanine ligase  35.03 
 
 		 731 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0081  D-alanine--D-alanine ligase  35.79 
 
 		 310 aa  173  5e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.201322  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1644  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  31.34 
 
 		 347 aa  171  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1775  D-alanine--D-alanine ligase domain protein  32.94 
 
 		 331 aa  149  9e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.286204  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0712  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  30.72 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.396337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0358  methyltransferase type 11  32.33 
 
 		 637 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000290663  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_570  D-alanine--D-alanine ligase  29.41 
 
 		 338 aa  142  7e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1008  D-alanine--D-alanine ligase  31.97 
 
 		 743 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0602  D-alanine--D-alanine ligase  29.53 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0629  D-ala D-ala ligase  28.36 
 
 		 338 aa  139  7e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0655  D-alanine--D-alanine ligase  30.03 
 
 		 663 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.24382  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3042  D-alanine--D-alanine ligase  28.87 
 
 		 349 aa  133  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0135  D-alanine--D-alanine ligase  29.2 
 
 		 336 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.71803  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1551  D-alanine--D-alanine ligase  29.86 
 
 		 344 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0372534 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0360  D-alanine--D-alanine ligase  29.84 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0147  D-alanine--D-alanine ligase  33.87 
 
 		 306 aa  123  5e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000287396  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0142  D-alanine--D-alanine ligase  33.87 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  hitchhiker  0.00000371528 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3508  D-alanine/D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  122  9e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00134071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0098  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  122  9e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000699622  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3565  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  122  9e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00231129  hitchhiker  0.00551648 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0142  D-alanine--D-alanine ligase  33.87 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0090881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0094  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000101829  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0085  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.34447  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0100  D-alanine--D-alanine ligase  32.79 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0814155  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1784  D-alanine--D-alanine ligase  26.3 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0240622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0146  D-alanine--D-alanine ligase  33.55 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.302602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0097  D-alanine--D-alanine ligase  33.12 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00164222  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00093  D-alanylalanine synthetase  32.79 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.149308  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00092  hypothetical protein  32.79 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.144888  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2426  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.142396  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2088  D-alanine--D-alanine ligase  29.48 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1240  D-alanine--D-alanine ligase  30.84 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2858  D-alanine--D-alanine ligase  29.96 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000136858  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0772  D-alanine--D-alanine ligase  30.74 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.170719  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1108  D-alanine--D-alanine ligase  30.84 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0638  D-alanine--D-alanine ligase  29.9 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00195193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0946  D-alanine--D-alanine ligase  31.4 
 
 		 318 aa  110  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2222  hypothetical protein  31.14 
 
 		 354 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1339  D-alanine--D-alanine ligase  31.25 
 
 		 318 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266833  normal  0.0340242 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4510  D-alanine--D-alanine ligase  31.58 
 
 		 318 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.926971  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4385  D-alanine--D-alanine ligase  31.25 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0215233  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2148  D-alanine--D-alanine ligase  28.62 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.628633  normal  0.0222251 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1724  hypothetical protein  31.14 
 
 		 343 aa  105  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.92014  normal  0.965208 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2977  D-alanine--D-alanine ligase  27.31 
 
 		 327 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0122  D-alanine--D-alanine ligase  29.04 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000652321  normal  0.029871 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3778  D-alanine--D-alanine ligase  28.66 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.078673  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2612  D-alanine--D-alanine ligase  27.31 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000431315  unclonable  0.00000000000418412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4100  D-alanine--D-alanine ligase  29.08 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.555114 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2198  D-alanine/D-alanine ligase  29.32 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0703567  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3066  D-alanine--D-alanine ligase  29.32 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3590  D-alanine--D-alanine ligase  27.69 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224564  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0947  D-alanine--D-alanine ligase  31.23 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0325942  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0763  D-alanine--D-alanine ligase  28.57 
 
 		 306 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00284913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1155  D-alanine--D-alanine ligase  30 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.112058  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3167  D-alanine--D-alanine ligase  30.52 
 
 		 315 aa  103  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1426  D-alanine--D-alanine ligase  30.9 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0183  D-alanine--D-alanine ligase  28.15 
 
 		 337 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000736036  normal  0.566039 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2162  D-alanine--D-alanine ligase domain-containing protein  24.85 
 
 		 339 aa  103  6e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.856856  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1385  D-alanine--D-alanine ligase  30.79 
 
 		 308 aa  102  8e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2004  D-alanine--D-alanine ligase  32.23 
 
 		 308 aa  102  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2848  D-alanine--D-alanine ligase  31.16 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.67822  normal  0.0145718 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4671  D-alanine--D-alanine ligase  29.47 
 
 		 324 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0129578  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3660  D-alanine--D-alanine ligase  31.05 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.345164 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1878  D-alanine--D-alanine ligase  27.54 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.063714 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28460  D-alanine--D-alanine ligase  28.48 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.289482  hitchhiker  0.00300353 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2589  D-alanine--D-alanine ligase  31.16 
 
 		 308 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1428  D-alanine--D-alanine ligase  30.79 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4406  D-alanine--D-alanine ligase  28.76 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.206514  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2077  D-alanine--D-alanine ligase  29.49 
 
 		 308 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.335568  hitchhiker  0.00112188 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3126  D-alanine--D-alanine ligase  27.57 
 
 		 327 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2329  D-alanine--D-alanine ligase  28.71 
 
 		 318 aa  101  2e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.304126  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0169  D-alanine--D-alanine ligase  27.3 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0022958  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2188  D-alanine--D-alanine ligase  29.41 
 
 		 314 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.441149  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0139  D-alanine--D-alanine ligase  30.97 
 
 		 285 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.517972 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  28.98 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4463  D-alanine--D-alanine ligase  27.42 
 
 		 317 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.816615  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4982  D-alanine--D-alanine ligase  29.93 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3971  D-alanine--D-alanine ligase  28.21 
 
 		 310 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0526  D-alanine--D-alanine ligase  29.17 
 
 		 332 aa  99.8  7e-20  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000337974  hitchhiker  0.0000125004 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2916  D-alanine--D-alanine ligase  28.8 
 
 		 306 aa  99.4  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.253667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3516  D-alanine--D-alanine ligase  28.8 
 
 		 306 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.730478  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2722  D-alanine--D-alanine ligase  27.83 
 
 		 331 aa  99  9e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3385  D-alanine--D-alanine ligase  28.8 
 
 		 306 aa  99.4  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0172099  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2353  D-alanine--D-alanine ligase  29.69 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.452645 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0136  D-alanine/D-alanine ligase  31.21 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.444809  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2491  D-alanine--D-alanine ligase  27.92 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1501  hypothetical protein  27.63 
 
 		 348 aa  98.6  1e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3286  D-alanine--D-alanine ligase  29.93 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1749  D-alanine--D-alanine ligase  28.52 
 
 		 366 aa  98.2  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2524  D-alanine--D-alanine ligase  28.81 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0924  D-alanine--D-alanine ligase  28.62 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2266  D-alanine--D-alanine ligase  27.06 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.297566  hitchhiker  0.00504643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57320  D-alanine--D-alanine ligase  29.35 
 
 		 319 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1360  D-alanine/D-alanine ligase  30.84 
 
 		 319 aa  97.4  3e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2030  D-alanine--D-alanine ligase  28.41 
 
 		 379 aa  96.7  5e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.24983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0667  D-alanine/D-alanine ligase  28.16 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.621467  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>