More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_0478 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_0478  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 439 aa  847    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  56.14 
 
 		 437 aa  454  1.0000000000000001e-126  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2254  tRNA modification GTPase TrmE  55.81 
 
 		 436 aa  447  1.0000000000000001e-124  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.9716  normal  0.222751 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  42.7 
 
 		 454 aa  308  1.0000000000000001e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2889  tRNA modification GTPase TrmE  44.03 
 
 		 464 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 461 aa  296  5e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 455 aa  295  1e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  40.04 
 
 		 455 aa  295  1e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3161  tRNA modification GTPase TrmE  45.15 
 
 		 471 aa  293  3e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.258894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 458 aa  288  1e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 		 455 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  36.23 
 
 		 463 aa  285  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  35.5 
 
 		 461 aa  283  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1783  tRNA modification GTPase TrmE  39.96 
 
 		 454 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.028326  normal  0.377376 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  40.35 
 
 		 462 aa  283  3.0000000000000004e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  36.4 
 
 		 455 aa  283  4.0000000000000003e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 460 aa  283  6.000000000000001e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 458 aa  282  1e-74  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 458 aa  279  7e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  42.09 
 
 		 448 aa  279  8e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 458 aa  279  9e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 458 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  39.56 
 
 		 456 aa  277  3e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 456 aa  275  1.0000000000000001e-72  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00435  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 453 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  38.41 
 
 		 454 aa  273  4.0000000000000004e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 457 aa  273  6e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2137  tRNA modification GTPase TrmE  42.14 
 
 		 461 aa  272  7e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.075642 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  38.85 
 
 		 461 aa  272  1e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  36.81 
 
 		 475 aa  271  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 450 aa  271  2e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3317  tRNA modification GTPase TrmE  44.12 
 
 		 446 aa  270  4e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  35.16 
 
 		 459 aa  270  5e-71  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3894  tRNA modification GTPase TrmE  39.22 
 
 		 456 aa  270  5e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5136  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.041745  normal  0.0619684 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03590  tRNA modification GTPase  38.82 
 
 		 454 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03534  hypothetical protein  38.82 
 
 		 454 aa  269  7e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.948294  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0643  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 		 452 aa  269  7e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.461676 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  40.65 
 
 		 456 aa  269  7e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5742  tRNA modification GTPase TrmE  40.39 
 
 		 456 aa  269  7e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.206283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  40.57 
 
 		 465 aa  269  7e-71  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002017  GTPase and tRNA-U34 5-formylation enzyme TrmE  38.6 
 
 		 453 aa  269  7e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0189213  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3920  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  7e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.189642  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4216  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  269  8e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.021791  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4127  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.357729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4055  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 454 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.765231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  38.95 
 
 		 453 aa  268  1e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4070  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 467 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125734  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4234  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 467 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 457 aa  268  2e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  37.61 
 
 		 464 aa  267  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 446 aa  268  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4177  tRNA modification GTPase TrmE  38.82 
 
 		 467 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.357651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  40.33 
 
 		 478 aa  268  2e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  37.97 
 
 		 458 aa  266  4e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  34.81 
 
 		 447 aa  266  4e-70  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4031  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 453 aa  266  5e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.608873  hitchhiker  0.001302 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 		 457 aa  266  7e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3939  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 453 aa  266  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000114268 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 453 aa  264  2e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0027  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 454 aa  265  2e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.151422 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 454 aa  263  3e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4148  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 454 aa  264  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  37.12 
 
 		 459 aa  264  3e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4062  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 453 aa  264  3e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.112278  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  34.06 
 
 		 460 aa  263  4e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4310  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 460 aa  263  4e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.671502  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 455 aa  263  6e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 453 aa  262  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2881  tRNA modification GTPase TrmE  40.97 
 
 		 444 aa  262  8e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470737  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  40.13 
 
 		 456 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4245  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00411948  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 		 464 aa  261  1e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  37.5 
 
 		 446 aa  261  1e-68  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  36.62 
 
 		 455 aa  262  1e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4158  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 454 aa  262  1e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000196641  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 455 aa  262  1e-68  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4183  tRNA modification GTPase TrmE  39.25 
 
 		 454 aa  261  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000380111  normal  0.0649437 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  36.48 
 
 		 450 aa  261  2e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03489  tRNA modification GTPase TrmE  42.57 
 
 		 446 aa  260  3e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  38.26 
 
 		 463 aa  260  3e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 455 aa  260  3e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  37.04 
 
 		 467 aa  261  3e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  39.04 
 
 		 455 aa  260  3e-68  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  34.93 
 
 		 462 aa  260  4e-68  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  37.86 
 
 		 453 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1336  tRNA modification GTPase TrmE  32.74 
 
 		 441 aa  259  5.0000000000000005e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  38.38 
 
 		 454 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  34.29 
 
 		 455 aa  259  6e-68  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  38.29 
 
 		 453 aa  259  9e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2757  tRNA modification GTPase TrmE  40.4 
 
 		 446 aa  259  9e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2775  tRNA modification GTPase TrmE  39.66 
 
 		 452 aa  258  1e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  36.29 
 
 		 456 aa  259  1e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  37.94 
 
 		 454 aa  258  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0005  tRNA modification GTPase TrmE  41.94 
 
 		 481 aa  257  2e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.75194  normal  0.209412 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  38.29 
 
 		 453 aa  257  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>