More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0388 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  54.2 
 
 		 289 aa  337  1.9999999999999998e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  50.86 
 
 		 290 aa  309  4e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 295 aa  153  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 294 aa  136  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  32.88 
 
 		 283 aa  135  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  29.85 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 290 aa  132  5e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.67 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 315 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 271 aa  122  7e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  29.35 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 285 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 295 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  31.5 
 
 		 266 aa  115  6.9999999999999995e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  32.55 
 
 		 292 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 285 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  32.71 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 291 aa  114  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 280 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 319 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 292 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  29.1 
 
 		 276 aa  106  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 289 aa  106  5e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.72 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 309 aa  105  8e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 289 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  30.99 
 
 		 291 aa  105  9e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.91 
 
 		 313 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.23 
 
 		 287 aa  102  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  29.84 
 
 		 291 aa  103  5e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  35.18 
 
 		 281 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 		 285 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 293 aa  99  9e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 305 aa  98.2  1e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 284 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 310 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 279 aa  98.2  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  26.98 
 
 		 302 aa  97.1  3e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  30.12 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 287 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 310 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  23.85 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 282 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 286 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 298 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 290 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  26.54 
 
 		 303 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  28.04 
 
 		 290 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  23.85 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  27.35 
 
 		 263 aa  93.6  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 282 aa  94  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 281 aa  93.2  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.62 
 
 		 305 aa  92.4  7e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  24.42 
 
 		 308 aa  92  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 320 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>