More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2011 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 482 aa  981    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  49.72 
 
 		 564 aa  509  1e-143  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  52.73 
 
 		 487 aa  489  1e-137  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  48.11 
 
 		 472 aa  457  1e-127  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  46.96 
 
 		 492 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  46.78 
 
 		 489 aa  428  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  37.77 
 
 		 584 aa  288  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  36.64 
 
 		 575 aa  288  2e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.55 
 
 		 584 aa  286  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  36.53 
 
 		 555 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  35.18 
 
 		 577 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 555 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  35.99 
 
 		 553 aa  282  9e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  36.3 
 
 		 555 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  36.84 
 
 		 560 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 560 aa  279  1e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  35.02 
 
 		 577 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  35.73 
 
 		 573 aa  278  2e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  278  2e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 555 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 555 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 555 aa  278  2e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 555 aa  277  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 556 aa  276  5e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  36.32 
 
 		 504 aa  276  6e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000618962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  276  6e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  35.84 
 
 		 556 aa  276  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  35.37 
 
 		 573 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  34.7 
 
 		 557 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 555 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  36.07 
 
 		 561 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 559 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 		 561 aa  275  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  35.49 
 
 		 576 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 555 aa  275  2.0000000000000002e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  35.49 
 
 		 576 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  35.49 
 
 		 570 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 556 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0923  30S ribosomal protein S1  35.49 
 
 		 576 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.261659  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  35.49 
 
 		 576 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  37.07 
 
 		 562 aa  274  3e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 557 aa  274  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  35.68 
 
 		 584 aa  274  3e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0428  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  34.96 
 
 		 574 aa  273  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1638  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.82562  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  35.27 
 
 		 570 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 562 aa  273  7e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  35.91 
 
 		 561 aa  273  7e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0909  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 562 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  35.15 
 
 		 561 aa  271  1e-71  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  35.35 
 
 		 564 aa  272  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 547 aa  272  1e-71  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 562 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  34.06 
 
 		 579 aa  271  2e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  34.55 
 
 		 560 aa  271  2.9999999999999997e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2333  30S ribosomal protein S1  34.51 
 
 		 570 aa  271  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000922659  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  34.92 
 
 		 559 aa  270  4e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 589 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2963  30S ribosomal protein S1  35.03 
 
 		 593 aa  270  4e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000174303  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  35.12 
 
 		 564 aa  270  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1789  30S ribosomal protein S1  35.62 
 
 		 561 aa  270  5e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0982  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 571 aa  270  5e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.144535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  35.04 
 
 		 577 aa  270  5e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 559 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 559 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3882  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 561 aa  269  7e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237416  normal  0.848573 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  36.45 
 
 		 571 aa  269  8e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  36.84 
 
 		 568 aa  269  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  36.84 
 
 		 568 aa  269  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  34.85 
 
 		 558 aa  268  2e-70  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  35.39 
 
 		 559 aa  268  2e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  35.84 
 
 		 561 aa  267  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 559 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3590  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 561 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.019363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  35.7 
 
 		 567 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3275  30S ribosomal protein S1  35.47 
 
 		 561 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62304 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  36.58 
 
 		 598 aa  267  4e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 558 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  36.53 
 
 		 720 aa  266  5e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 558 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 558 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 558 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  36.28 
 
 		 557 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>