More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0944 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0944  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  593  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4004  LysR family transcriptional regulator  75.51 
 
 		 295 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.242655  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1152  transcription regulator protein  66.67 
 
 		 297 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.319269 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1090  transcriptional regulator, LysR family  66.78 
 
 		 298 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0994  transcriptional regulator, LysR family  65.76 
 
 		 298 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.294309 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0285  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 298 aa  361  1e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4660  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 298 aa  355  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.727682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4522  LysR family transcriptional regulator  62.37 
 
 		 298 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.275616  normal  0.76978 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0776  LysR family transcriptional regulator  62.03 
 
 		 298 aa  348  6e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.580459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40440  LysR family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 295 aa  348  7e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3431  putative transcriptional regulator  60.68 
 
 		 327 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4655  LysR family transcriptional regulator  61.09 
 
 		 313 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0067  LysR family transcriptional regulator  64.07 
 
 		 302 aa  341  7e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0719  LysR family transcriptional regulator  58.64 
 
 		 303 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3613  transcriptional regulator, LysR family  59.32 
 
 		 298 aa  339  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.901661  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3771  transcriptional regulator, LysR family  59.8 
 
 		 298 aa  339  4e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4262  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 298 aa  334  1e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.932976  decreased coverage  0.0000893081 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0660  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 303 aa  333  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0321  transcriptional regulator, LysR family  59.06 
 
 		 298 aa  332  4e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0579  LysR family substrate binding transcriptional regulator  64.63 
 
 		 303 aa  332  6e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0329  transcriptional regulator, LysR family  57.38 
 
 		 298 aa  330  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.91689  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0278  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  64.63 
 
 		 303 aa  330  1e-89  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3897  transcriptional regulator, LysR family  59.6 
 
 		 300 aa  321  9.000000000000001e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.514135  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5365  putative LysR family transcriptional regulator  60.81 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.278218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5574  LysR family transcriptional regulator  60.54 
 
 		 300 aa  318  1e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2948  LysR family transcriptional regulator  56.76 
 
 		 298 aa  315  6e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00477903  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1529  transcriptional regulator, LysR family  56.08 
 
 		 298 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.205298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2155  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 308 aa  311  1e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0420  transcriptional regulator  59.31 
 
 		 343 aa  309  4e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6075  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 300 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.22957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5117  LysR family transcriptional regulator  59.46 
 
 		 300 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5711  LysR family transcriptional regulator  58.16 
 
 		 300 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4749  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 314 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5294  LysR family transcriptional regulator  58.56 
 
 		 314 aa  305  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.60541 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6559  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 300 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.379157 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5408  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0105986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5454  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900214  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4862  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 313 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4672  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 300 aa  301  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1181  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 299 aa  301  8.000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0241  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 313 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3353  LysR family transcriptional regulator  57.93 
 
 		 315 aa  297  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0979996 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2800  LysR family transcriptional regulator  54.92 
 
 		 291 aa  294  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.111359  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0905  LysR family transcriptional regulator  46.62 
 
 		 295 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02796  putative transcriptional regulator, LysR family protein  47.8 
 
 		 299 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.582622  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3598  LysR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 293 aa  258  9e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0286  LysR substrate binding domain protein  44.18 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.492247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0279  LysR substrate binding domain-containing protein  43.88 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0294  LysR substrate binding domain-containing protein  44.18 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0281  LysR substrate binding domain protein  43.88 
 
 		 304 aa  256  3e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0300  LysR substrate binding domain protein  43.88 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0203  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 304 aa  254  9e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2455  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 293 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0219  transcriptional regulator, LysR family  42.18 
 
 		 304 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0947098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0221  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0884179  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00201  predicted DNA-binding transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0488817  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00206  hypothetical protein  41.84 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0410723  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3457  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.451664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0742  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 300 aa  253  4.0000000000000004e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.787719  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3400  transcriptional regulator, LysR family  41.84 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0212  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.223071  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0212  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00206756  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2389  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 293 aa  251  1e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.472096 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0209  transcriptional regulator, LysR family protein  45.61 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2705  regulatory protein, LysR  39.36 
 
 		 286 aa  228  9e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.07 
 
 		 299 aa  196  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23700  LysR family transcriptional regulator  40.67 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0115342 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2719  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.170662  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20810  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.582768  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.83 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2899  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0977536  normal  0.071829 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2734  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16720  transcriptional regulator  39.53 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3053  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 311 aa  176  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2431  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 312 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47270  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2550  transcriptional regulator, LysR family  37.98 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.673699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2809  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 300 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.445553  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3612  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 307 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.155028 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3506  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 319 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1061  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2909  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 		 320 aa  172  5.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.441228  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4251  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 312 aa  170  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 293 aa  170  3e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2408  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0423159  normal  0.525947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3183  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 299 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.224527  normal  0.322731 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 309 aa  169  4e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2930  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3595  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 317 aa  168  9e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2534  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.487932  normal  0.277262 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3664  transcriptional regulator, LysR family  40.55 
 
 		 317 aa  168  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 298 aa  166  5e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35920  Regulatory protein, LysR family  38.78 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2019  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213038  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1002  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 320 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>