217 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1104 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1104  prepilin-type cleavage/methylation  100 
 
 		 176 aa  357  4e-98  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.945124  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3248  hypothetical protein  33.05 
 
 		 132 aa  66.2  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1360  general secretion family protein  34.55 
 
 		 114 aa  65.1  0.0000000005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000388019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1042  hypothetical protein  44.93 
 
 		 120 aa  64.3  0.0000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1507  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  41.79 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000010883  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1142  general secretion  41.43 
 
 		 121 aa  56.2  0.0000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000033549  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1172  hypothetical protein  40 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123806  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0534  hypothetical protein  45 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0745  hypothetical protein  38.33 
 
 		 213 aa  49.7  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.836377 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0102  general secretion pathway protein G  37.5 
 
 		 149 aa  49.3  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.573705  normal  0.0126574 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2670  hypothetical protein  36.92 
 
 		 319 aa  48.9  0.00004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.402789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  40.98 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0865  hypothetical protein  31.52 
 
 		 374 aa  48.5  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.220364  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1116  general secretion pathway protein G  31.25 
 
 		 143 aa  48.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  36.51 
 
 		 141 aa  47.4  0.0001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2095  hypothetical protein  37.1 
 
 		 139 aa  47  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.340865  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0877  N-terminal methylation motif domain protein  35.59 
 
 		 142 aa  46.6  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  52.38 
 
 		 111 aa  46.2  0.0002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  41.94 
 
 		 70 aa  46.6  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  28.97 
 
 		 133 aa  47  0.0002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0260  pilin polypeptide  32.84 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  37.14 
 
 		 167 aa  46.2  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0059  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.8  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3221  general secretion pathway protein G  35.48 
 
 		 156 aa  46.2  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.287852 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1857  N-terminal methylation  33.85 
 
 		 140 aa  45.8  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.36825 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  59.38 
 
 		 142 aa  46.2  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0612  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.29 
 
 		 161 aa  46.2  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0186796 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0077  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  41.38 
 
 		 179 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0148  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  53.12 
 
 		 174 aa  45.4  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3240  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  52.38 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3388  methylation  65.52 
 
 		 138 aa  45.4  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0878  N-terminal methylation motif domain protein  33.9 
 
 		 142 aa  45.4  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0012  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0048  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.503149  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0058  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109015  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0760  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  43.64 
 
 		 156 aa  45.4  0.0004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.014468  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  52.38 
 
 		 144 aa  45.4  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0058  general secretion pathway protein G  31.15 
 
 		 150 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663302  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02970  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  36.84 
 
 		 144 aa  45.4  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0455058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1432  type II secretion systen protein G  33.33 
 
 		 209 aa  45.1  0.0005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.412586  normal  0.909605 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2590  general secretion pathway protein G  35 
 
 		 154 aa  45.4  0.0005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  31.67 
 
 		 154 aa  45.1  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4116  PHA accumulation regulator DNA-binding-like  34.85 
 
 		 203 aa  45.1  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0233722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0807  hypothetical protein  42.86 
 
 		 182 aa  45.1  0.0005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000505152 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  38.18 
 
 		 140 aa  45.1  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3550  Tfp pilus assembly protein PilE  50 
 
 		 164 aa  45.1  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.844187  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00346  general secretion pathway GSPG-like transmembrane protein  34.85 
 
 		 144 aa  45.1  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.887338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2612  general secretion pathway protein G  33.33 
 
 		 153 aa  45.1  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.688921 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  61.29 
 
 		 148 aa  45.1  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  28.92 
 
 		 138 aa  45.1  0.0006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  63.33 
 
 		 147 aa  44.7  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4713  general secretion pathway protein G  35.71 
 
 		 166 aa  44.7  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1609  general secretion pathway protein G  35.94 
 
 		 150 aa  44.7  0.0007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.784305  normal  0.423382 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  64.52 
 
 		 139 aa  44.7  0.0007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3074  general secretion pathway protein G  31.67 
 
 		 158 aa  44.7  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016497 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2091  general secretion pathway protein G  37.93 
 
 		 152 aa  44.3  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0177627  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07011  hypothetical protein  29.69 
 
 		 208 aa  44.3  0.0008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.212398  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3940  general secretion pathway protein G  31.67 
 
 		 154 aa  44.3  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.18178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  60 
 
 		 179 aa  44.3  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2826  Tfp pilus assembly protein  44 
 
 		 153 aa  44.7  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0621265 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1410  hypothetical protein  43.48 
 
 		 137 aa  44.3  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000260045  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  46.51 
 
 		 152 aa  43.9  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0682  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.67 
 
 		 165 aa  43.9  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0723462  hitchhiker  0.000000000174273 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  44.74 
 
 		 164 aa  43.9  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  42.31 
 
 		 138 aa  43.5  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2916  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  34.55 
 
 		 145 aa  44.3  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1343  general secretion pathway protein G  32.18 
 
 		 160 aa  43.9  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.657967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1170  xcmT3  60 
 
 		 129 aa  44.3  0.001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  58.82 
 
 		 170 aa  43.5  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0721  hypothetical protein  44.44 
 
 		 70 aa  43.5  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.873488 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  33.9 
 
 		 138 aa  43.1  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0383  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.05 
 
 		 168 aa  43.1  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000492385 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  29.23 
 
 		 135 aa  43.1  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2310  putative GSPG-related transmembrane protein  28.12 
 
 		 155 aa  43.1  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.164905  normal  0.125662 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  42.22 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  56.25 
 
 		 138 aa  43.5  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3762  methylation site containing protein  43.14 
 
 		 202 aa  43.1  0.002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000262752  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  28.79 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  28.79 
 
 		 140 aa  43.5  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0754  type II secretory pathway, pseudopilin PulG  50 
 
 		 195 aa  42.7  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.430859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0395  methylation site containing protein  40.35 
 
 		 211 aa  43.1  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0635812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1201  Tfp pilus assembly protein PilE-like  28.57 
 
 		 189 aa  43.1  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  55.88 
 
 		 169 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  48.65 
 
 		 171 aa  43.1  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  55.88 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3745  methylation site containing protein  43.14 
 
 		 201 aa  42.7  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0403042  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24060  general secretion pathway protein J  35 
 
 		 237 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0809  hypothetical protein  34.43 
 
 		 259 aa  43.1  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2153  competence protein  41.94 
 
 		 148 aa  43.5  0.002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0605499  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  71.43 
 
 		 141 aa  43.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  64.52 
 
 		 148 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  71.43 
 
 		 134 aa  43.5  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  27.35 
 
 		 136 aa  43.5  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  27.03 
 
 		 175 aa  43.1  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  56.25 
 
 		 169 aa  43.5  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2854  general secretion pathway protein J  29.49 
 
 		 216 aa  43.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.400784  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  55.88 
 
 		 178 aa  43.5  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0842  hypothetical protein  42.59 
 
 		 193 aa  43.5  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>