More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_1142 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_1142  general secretion  100 
 
 
121 aa  241  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000033549  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1172  hypothetical protein  88.24 
 
 
118 aa  211  3.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123806  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1360  general secretion family protein  56.78 
 
 
114 aa  117  3.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000388019  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0134  hypothetical protein  53.16 
 
 
139 aa  76.3  0.0000000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0236  hypothetical protein  42.31 
 
 
139 aa  70.5  0.000000000008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_142  general secretion pathway protein H  43.27 
 
 
139 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2240  hypothetical protein  44.94 
 
 
123 aa  65.5  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1104  prepilin-type cleavage/methylation  41.43 
 
 
176 aa  56.2  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.945124  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0898  hypothetical protein  36.7 
 
 
115 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.725433  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1507  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.27 
 
 
121 aa  54.7  0.0000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000010883  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2095  hypothetical protein  46.67 
 
 
139 aa  54.3  0.0000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.340865  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  52.17 
 
 
111 aa  54.3  0.0000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  57.14 
 
 
147 aa  53.5  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0692  hypothetical protein  34.81 
 
 
173 aa  53.1  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.51807  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  51.02 
 
 
188 aa  53.1  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  32.73 
 
 
140 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2038  fimbrial protein pilin  37.5 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  36.28 
 
 
147 aa  52  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  55.81 
 
 
179 aa  52  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  37.84 
 
 
133 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3255  hypothetical protein  44.78 
 
 
140 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0727  hypothetical protein  44.44 
 
 
173 aa  50.8  0.000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2522  pilin  53.57 
 
 
176 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3584  fimbrial protein PilA  53.57 
 
 
176 aa  50.8  0.000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.194411  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  62.86 
 
 
169 aa  50.4  0.000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1410  hypothetical protein  51.02 
 
 
137 aa  50.1  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000260045  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  35.56 
 
 
138 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3248  hypothetical protein  34.88 
 
 
132 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0100  general secretion pathway protein G  55.88 
 
 
144 aa  49.7  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0723  type-4 fimbrial pilin-like transmembrane protein  37.04 
 
 
161 aa  48.9  0.00002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0077  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1042  hypothetical protein  33.33 
 
 
120 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1321  general secretion pathway protein G  66.67 
 
 
158 aa  49.3  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  34.19 
 
 
167 aa  49.3  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0012  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  57.58 
 
 
174 aa  49.7  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  37.93 
 
 
70 aa  49.3  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0058  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.109015  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0006  general secretion pathway protein G  60 
 
 
144 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0815216 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0059  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  62.86 
 
 
168 aa  48.5  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  52.17 
 
 
141 aa  48.5  0.00003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00604  general secretion pathway protein G  61.76 
 
 
146 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0058  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.663302  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3074  general secretion pathway protein G  52.38 
 
 
158 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016497 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3240  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1073  general secretion pathway protein G  55.81 
 
 
155 aa  48.5  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.56277  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0260  pilin polypeptide  54.55 
 
 
187 aa  48.1  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0897  tfp pilus assembly protein, major pilin  36 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.768254  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  53.33 
 
 
169 aa  48.5  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  55.88 
 
 
182 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2091  general secretion pathway protein G  31.71 
 
 
152 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0177627  normal  0.881689 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1081  general secretion pathway protein G  64.1 
 
 
146 aa  48.5  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464773  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0048  general secretion pathway protein G  54.76 
 
 
150 aa  48.9  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.503149  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1524  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.76 
 
 
159 aa  48.5  0.00003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  decreased coverage  0.0000000584644  unclonable  2.6975300000000003e-19 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  43.48 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  50 
 
 
141 aa  48.5  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  42.53 
 
 
160 aa  48.1  0.00004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0676  type IV pilin  35 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.256255  normal  0.685259 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3940  general secretion pathway protein G  52.38 
 
 
154 aa  48.1  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.18178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2923  general secretion pathway protein G  46.55 
 
 
141 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.370501  normal  0.274003 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  53.85 
 
 
153 aa  48.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4497  general secretion pathway protein G  52.38 
 
 
154 aa  48.1  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.13255 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0719  type IV pilin  35 
 
 
144 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.464442  normal  0.176419 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2303  general secretion pathway protein G  64.71 
 
 
146 aa  48.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1280  hypothetical protein  40.51 
 
 
152 aa  48.1  0.00004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  55.88 
 
 
173 aa  47.8  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  50 
 
 
138 aa  47.8  0.00005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2997  type II secretion system protein G  35.38 
 
 
135 aa  47.8  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000413298 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0534  general secretion pathway protein G  73.33 
 
 
147 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0960  hypothetical protein  56.82 
 
 
186 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0933  hypothetical protein  56.82 
 
 
186 aa  47.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2032  general secretion pathway protein G  66.67 
 
 
142 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2670  hypothetical protein  33.33 
 
 
319 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.402789  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0865  hypothetical protein  36.84 
 
 
374 aa  47.4  0.00006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.220364  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24020  general secretion pathway protein G  66.67 
 
 
148 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4829  HxcT pseudopilin  65.62 
 
 
149 aa  47.4  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  50 
 
 
142 aa  47.8  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1931  type II secretion system protein G  31.82 
 
 
138 aa  47.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000053439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1141  MSHA pilin protein MshB  42.03 
 
 
126 aa  47.4  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  48.89 
 
 
148 aa  47.4  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  60 
 
 
144 aa  47.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1319  secretory protein  34.33 
 
 
149 aa  47  0.00008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.0113151 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  50 
 
 
134 aa  47  0.00008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  42.62 
 
 
169 aa  47  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  34.19 
 
 
170 aa  47  0.00009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1387  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  36.08 
 
 
175 aa  47  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5689  general secretion pathway protein G  77.78 
 
 
158 aa  47  0.00009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.128164  normal  0.128064 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  34.78 
 
 
138 aa  46.2  0.0001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0345  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  37.66 
 
 
156 aa  46.2  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000996245  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3866  hypothetical protein  38.82 
 
 
191 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1316  type II secretory pathway protein LspG  45.45 
 
 
140 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1313  type II secretory pathway protein LspG  45.45 
 
 
140 aa  46.6  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  51.35 
 
 
143 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0682  hypothetical protein  46.34 
 
 
203 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0717  hypothetical protein  46.34 
 
 
203 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0263  pilin polypeptide  47.06 
 
 
178 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  47.83 
 
 
141 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  34.75 
 
 
132 aa  46.6  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  48.89 
 
 
166 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>