More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4330 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  639    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  32.27 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 		 279 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 274 aa  136  4e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  30.31 
 
 		 282 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  31.96 
 
 		 293 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  32.44 
 
 		 279 aa  126  4.0000000000000003e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 285 aa  121  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 290 aa  108  2e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 286 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 290 aa  97.4  3e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  32.32 
 
 		 259 aa  93.6  4e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 289 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  31.32 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 294 aa  88.2  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 307 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.86 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  38.17 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.62 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  26.3 
 
 		 321 aa  81.3  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 286 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  41.24 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 280 aa  79.3  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.97 
 
 		 292 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  41.24 
 
 		 281 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 294 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 283 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 289 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  33.1 
 
 		 282 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  27.57 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  25.47 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 310 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  43.33 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 309 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 295 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 306 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 282 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 314 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 310 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  24.38 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  43.21 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 284 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 287 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 304 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.35 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  32 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  23.76 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 302 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 293 aa  67  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 296 aa  67  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.53 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  41.46 
 
 		 313 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  45.57 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  39.08 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1103  helix-turn-helix domain-containing protein  36.73 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.403298  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 319 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>