More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1765 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  597  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  34.2 
 
 		 307 aa  138  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  32 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  32.98 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  30.4 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 286 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 		 282 aa  108  8.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 283 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 		 278 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.68 
 
 		 298 aa  105  7e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 285 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.6 
 
 		 271 aa  101  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.69 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 285 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 280 aa  99.4  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 294 aa  99  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  27.44 
 
 		 287 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.73 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 315 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.91 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.08 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 276 aa  94.4  2e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 292 aa  93.6  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  26.07 
 
 		 291 aa  92.8  5e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  38.58 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 319 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 291 aa  90.9  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  34.65 
 
 		 299 aa  91.3  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 293 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.27 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 304 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  28.4 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 299 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 298 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1809  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.82 
 
 		 150 aa  85.5  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000134184 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  26.44 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 274 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 280 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 321 aa  84.3  0.000000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 		 296 aa  84  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  25.28 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.48 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 309 aa  82.8  0.000000000000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  25.2 
 
 		 266 aa  82.4  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.9 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  26.32 
 
 		 288 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 320 aa  80.5  0.00000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.24 
 
 		 288 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 281 aa  79.7  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 285 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 305 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.05 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  31.71 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 301 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 287 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>