More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1430 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1430  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 461 aa  940    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.299442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2030  tRNA modification GTPase TrmE  57.68 
 
 		 460 aa  529  1e-149  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.312338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2316  tRNA modification GTPase TrmE  56.95 
 
 		 456 aa  494  9.999999999999999e-139  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.64098  normal  0.135497 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2707  tRNA modification GTPase TrmE  56.49 
 
 		 466 aa  489  1e-137  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.622975  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  54 
 
 		 472 aa  486  1e-136  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3279  tRNA modification GTPase TrmE  53.63 
 
 		 458 aa  477  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.768989 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12578  putative tRNA modification GTPase  53 
 
 		 469 aa  474  1e-132  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1201  hypothetical protein  52.42 
 
 		 455 aa  464  1e-129  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00128445 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  52.11 
 
 		 455 aa  442  1e-123  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0876  tRNA modification GTPase TrmE  47.53 
 
 		 518 aa  406  1.0000000000000001e-112  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.588217 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0248  tRNA modification GTPase TrmE  42.86 
 
 		 473 aa  372  1e-102  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2760  tRNA modification GTPase TrmE  45.43 
 
 		 462 aa  371  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.4484  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0217  tRNA modification GTPase TrmE  40.73 
 
 		 476 aa  358  9e-98  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0500389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0100  tRNA modification GTPase TrmE  41.56 
 
 		 473 aa  352  8.999999999999999e-96  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.651435  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0153  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 475 aa  346  4e-94  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2547  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 455 aa  344  2e-93  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  42.36 
 
 		 458 aa  343  2.9999999999999997e-93  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2373  tRNA modification GTPase TrmE  41.88 
 
 		 473 aa  343  4e-93  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  42.14 
 
 		 458 aa  341  2e-92  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3429  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 461 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000224644  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0992  tRNA modification GTPase TrmE  38.77 
 
 		 456 aa  337  2.9999999999999997e-91  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00719085  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2025  tRNA modification GTPase TrmE  39.09 
 
 		 473 aa  335  1e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.208875 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2519  tRNA modification GTPase TrmE  41.85 
 
 		 462 aa  334  2e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190608 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2365  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 459 aa  332  8e-90  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4024  tRNA modification GTPase TrmE  38.21 
 
 		 458 aa  332  1e-89  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3324  tRNA modification GTPase TrmE  39.26 
 
 		 461 aa  332  1e-89  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5594  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 458 aa  330  3e-89  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0320926 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5337  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 458 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5165  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 458 aa  330  3e-89  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5734  tRNA modification GTPase TrmE  38.73 
 
 		 458 aa  330  3e-89  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5277  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 458 aa  330  4e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5635  tRNA modification GTPase TrmE  39.08 
 
 		 458 aa  329  6e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5671  tRNA modification GTPase TrmE  38.86 
 
 		 458 aa  328  9e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5611  tRNA modification GTPase TrmE  38.65 
 
 		 458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.292564  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5181  tRNA modification GTPase TrmE  38.51 
 
 		 458 aa  328  1.0000000000000001e-88  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0853003  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2779  tRNA modification GTPase TrmE  39.91 
 
 		 473 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4957  tRNA modification GTPase TrmE  38.66 
 
 		 459 aa  328  2.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000028541  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5324  tRNA modification GTPase TrmE  38.43 
 
 		 458 aa  328  2.0000000000000001e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0322996 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  39.52 
 
 		 458 aa  327  3e-88  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4365  tRNA modification GTPase TrmE  39.09 
 
 		 461 aa  325  1e-87  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0097  tRNA modification GTPase TrmE  38.33 
 
 		 455 aa  325  1e-87  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3557  tRNA modification GTPase TrmE  39.66 
 
 		 462 aa  324  2e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2409  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 460 aa  323  3e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.605137  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1895  tRNA modification GTPase TrmE  38.6 
 
 		 461 aa  323  3e-87  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.51566e-21 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23560  tRNA modification GTPase TrmE  37.74 
 
 		 463 aa  322  6e-87  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.690968  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0657  tRNA modification GTPase TrmE  40.09 
 
 		 450 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.38 
 
 		 459 aa  318  1e-85  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000387737  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1940  tRNA modification GTPase TrmE  38.01 
 
 		 462 aa  318  1e-85  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000114309  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0876  tRNA modification GTPase TrmE  36.58 
 
 		 458 aa  314  1.9999999999999998e-84  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0681  tRNA modification GTPase TrmE  39.35 
 
 		 450 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.570227  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3941  tRNA modification GTPase TrmE  37.96 
 
 		 458 aa  314  2.9999999999999996e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3441  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 454 aa  310  2e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  38.39 
 
 		 455 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4729  tRNA modification GTPase TrmE  38.68 
 
 		 454 aa  310  4e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  38.85 
 
 		 447 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1908  tRNA modification GTPase TrmE  37.31 
 
 		 464 aa  307  3e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.991823  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3465  tRNA modification GTPase TrmE  38.16 
 
 		 456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3641  tRNA modification GTPase TrmE  39.83 
 
 		 460 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4428  tRNA modification GTPase TrmE  38.24 
 
 		 455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4089  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 448 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2791  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 459 aa  301  2e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2734  tRNA modification GTPase TrmE  35.81 
 
 		 459 aa  301  2e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3486  tRNA modification GTPase TrmE  36.3 
 
 		 460 aa  300  3e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  38.56 
 
 		 455 aa  300  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0070  tRNA modification GTPase TrmE  37.28 
 
 		 444 aa  300  5e-80  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.868206  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  38.02 
 
 		 455 aa  299  5e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2233  tRNA modification GTPase TrmE  40.48 
 
 		 461 aa  298  1e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1989  tRNA modification GTPase TrmE  36.75 
 
 		 463 aa  296  4e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.858955 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3142  tRNA modification GTPase TrmE  37.17 
 
 		 461 aa  296  4e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.108144  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4133  tRNA modification GTPase TrmE  37.72 
 
 		 456 aa  295  1e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1582  tRNA modification GTPase TrmE  37.45 
 
 		 462 aa  294  2e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4164  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 460 aa  292  7e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0569  tRNA modification GTPase TrmE  36.66 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3315  tRNA modification GTPase TrmE  36.7 
 
 		 458 aa  291  1e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 465 aa  291  1e-77  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  35.7 
 
 		 462 aa  291  1e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4203  tRNA modification GTPase TrmE  36.64 
 
 		 460 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3656  tRNA modification GTPase TrmE  38.29 
 
 		 460 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3622  tRNA modification GTPase TrmE  38.9 
 
 		 456 aa  290  4e-77  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1556  tRNA modification GTPase TrmE  34.48 
 
 		 464 aa  289  6e-77  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1733  tRNA modification GTPase TrmE  35.01 
 
 		 452 aa  287  2e-76  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000059641  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  36.26 
 
 		 475 aa  286  7e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02641  tRNA modification GTPase TrmE  34.26 
 
 		 464 aa  286  7e-76  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4904  tRNA modification GTPase TrmE  36.53 
 
 		 478 aa  285  9e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 455 aa  284  2.0000000000000002e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4774  tRNA modification GTPase TrmE  35.78 
 
 		 467 aa  285  2.0000000000000002e-75  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.149576 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02181  tRNA modification GTPase TrmE  36.82 
 
 		 461 aa  284  3.0000000000000004e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3560  tRNA modification GTPase TrmE  35.79 
 
 		 457 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1409  tRNA modification GTPase TrmE  35.21 
 
 		 452 aa  280  3e-74  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  35.08 
 
 		 456 aa  280  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4324  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 453 aa  279  6e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0616134  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4200  tRNA modification GTPase TrmE  35.09 
 
 		 448 aa  278  1e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0153583 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  35.29 
 
 		 478 aa  278  2e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  36.88 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1734  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 437 aa  278  2e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3984  tRNA modification GTPase TrmE  36.17 
 
 		 464 aa  277  3e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  36.88 
 
 		 453 aa  277  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0645  tRNA modification GTPase TrmE  37.41 
 
 		 449 aa  276  5e-73  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  36.9 
 
 		 446 aa  276  6e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  36.66 
 
 		 479 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>