More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0243 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  100 
 
 		 408 aa  828    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  42.61 
 
 		 409 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  35.52 
 
 		 418 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  35.11 
 
 		 413 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  32.78 
 
 		 325 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  34.73 
 
 		 409 aa  147  3e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  31.15 
 
 		 419 aa  146  6e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  29.48 
 
 		 403 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  29.55 
 
 		 412 aa  139  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  30.43 
 
 		 304 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  31.43 
 
 		 414 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  29.78 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  28.82 
 
 		 417 aa  130  6e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  32.07 
 
 		 405 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  28.43 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  28.43 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  28.43 
 
 		 403 aa  125  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  32.66 
 
 		 405 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  30.1 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  30.1 
 
 		 508 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  31.08 
 
 		 403 aa  120  6e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  29.7 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  29.7 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  29.7 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  29.7 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  29.7 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  28.22 
 
 		 425 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  31.65 
 
 		 408 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  29.66 
 
 		 395 aa  114  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  33.02 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  33.02 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  33.02 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  33.02 
 
 		 432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  26.61 
 
 		 381 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  30.41 
 
 		 515 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  31.37 
 
 		 419 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  31.3 
 
 		 410 aa  97.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  32.75 
 
 		 255 aa  95.9  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3692  integrase family protein  33.16 
 
 		 412 aa  95.5  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  30.28 
 
 		 412 aa  94.4  3e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  32.48 
 
 		 171 aa  94  5e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  30.71 
 
 		 394 aa  93.6  5e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.63 
 
 		 300 aa  90.9  4e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0645  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.11 
 
 		 299 aa  90.5  5e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.241995  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2452  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 306 aa  90.1  7e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0952029  normal  0.728507 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3892  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.42 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.413643  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  29.19 
 
 		 301 aa  88.6  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0805  tyrosine recombinase XerD  29.27 
 
 		 300 aa  88.2  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  26.91 
 
 		 634 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  29.22 
 
 		 312 aa  86.7  8e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.28 
 
 		 330 aa  85.9  0.000000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000234006  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  26.67 
 
 		 305 aa  86.3  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.02 
 
 		 305 aa  85.9  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  27.81 
 
 		 320 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.76 
 
 		 303 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0879  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.98 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.201006  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  29.85 
 
 		 291 aa  85.1  0.000000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0920  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.98 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3847  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.98 
 
 		 299 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.349121 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  26.26 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  24.5 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2214  integrase domain protein SAM domain protein  22.33 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000184093 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0861  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0032  Integrase  29.24 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.857579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0312  Integrase  29.24 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0150741  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1804  Integrase  29.24 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.222465  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3665  integrase family protein  28.72 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.211751 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3426  tyrosine recombinase XerD  27.14 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  31.58 
 
 		 294 aa  82.4  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 		 301 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1333  Integrase  28.9 
 
 		 400 aa  81.6  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455073  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2104  tyrosine recombinase XerD  29.47 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.443082 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  28.22 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2992  tyrosine recombinase XerD  31.55 
 
 		 308 aa  80.9  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  27.87 
 
 		 299 aa  80.9  0.00000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1489  tyrosine recombinase XerD  28.2 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.966498  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0574  integrase family protein  30.71 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000663621  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3275  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3212  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.476349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2329  tyrosine recombinase XerD  29.34 
 
 		 277 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00235896  normal  0.0350779 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3200  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3380  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39510  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.11 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3278  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.86 
 
 		 298 aa  79.3  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  27.16 
 
 		 641 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2994  tyrosine recombinase XerD  28.29 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 300 aa  79  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  24.58 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.18 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  28.87 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0798  tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.966972  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3027  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.32 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3053  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.32 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3220  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  25.72 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3314  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02689  hypothetical protein  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.364794  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4185  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.5 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>