More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8253 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8253  phage integrase family protein  100 
 
 		 409 aa  825    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.564196  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0243  integrase family protein  42.61 
 
 		 408 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0423  integrase family protein  38.62 
 
 		 304 aa  165  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0711  phage integrase  32.9 
 
 		 414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.209263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1239  phage integrase  34.83 
 
 		 419 aa  146  5e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.183742 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0326  integrase family protein  34.88 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.061717 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0835  site-specific recombinase, phage integrase family  34.88 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.916453  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2397  site-specific recombinase, phage integrase family  34.88 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0669  integrase family protein  34.88 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0507  site-specific recombinase, phage integrase family  34.88 
 
 		 414 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5939  phage integrase family protein  31.42 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6953  integrase family protein  35.23 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4018  phage integrase family protein  34.15 
 
 		 409 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7622  integrase family protein  34.56 
 
 		 405 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.530017 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7595  integrase family protein  31.49 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.865068 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8114  integrase/recombinase  34.63 
 
 		 408 aa  134  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.200175  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6461  phage integrase family protein  31.76 
 
 		 412 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624578 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2006  integrase family protein  30 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.128243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5350  integrase family protein  30 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.467969 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2230  integrase family protein  30 
 
 		 403 aa  132  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1271  phage integrase  32.02 
 
 		 410 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.896321  normal  0.0119714 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3698  integrase family protein  29.46 
 
 		 508 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4004  integrase family protein  29.46 
 
 		 508 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2984  integrase family protein  33.16 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.443483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4387  integrase family protein  33.16 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.927899 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1215  integrase family protein  33.16 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4357  integrase family protein  33.16 
 
 		 432 aa  129  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.196214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0372  integrase family protein  32.19 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8262  integrase/recombinase  34.08 
 
 		 325 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.19921  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7460  integrase family protein  29.4 
 
 		 418 aa  123  6e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5406  phage integrase family protein  29.82 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.197458 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3264  phage integrase family protein  31.7 
 
 		 403 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.860131  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3507  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 403 aa  111  3e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.646395  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0770  integrase family protein  28.11 
 
 		 417 aa  106  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000130395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0777  integrase family protein  29.93 
 
 		 425 aa  104  3e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000241017 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0740  putative integrase  34.59 
 
 		 171 aa  99.4  1e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.650968  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2243  integrase family protein  30.94 
 
 		 634 aa  99.4  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00308356 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3692  integrase family protein  37.93 
 
 		 412 aa  98.6  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0674  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.19 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0602  phage integrase family protein  31.49 
 
 		 412 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23640  tyrosine recombinase XerC subunit  27.21 
 
 		 310 aa  98.2  3e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.154193  normal  0.0993098 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1436  integrase family protein  25.78 
 
 		 641 aa  97.4  4e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2279  integrase family protein  27.97 
 
 		 394 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0687446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4899  integrase family protein  25.48 
 
 		 419 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 294 aa  93.2  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3245  phage integrase family protein  27.93 
 
 		 312 aa  89.4  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.676462  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0438  phage integrase  32.43 
 
 		 515 aa  88.2  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1333  Integrase  28.67 
 
 		 400 aa  88.2  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455073  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0312  Integrase  28.67 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0150741  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0032  Integrase  28.67 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.857579  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1804  Integrase  28.67 
 
 		 400 aa  87.4  4e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.222465  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004441  site-specific recombinase XerD  25.89 
 
 		 305 aa  87.4  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9020  integrase/recombinase  34.46 
 
 		 255 aa  87  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0989  integrase family protein  29.62 
 
 		 292 aa  86.7  7e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0618431 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0519  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 302 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0998774  normal  0.238721 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09860  tyrosine recombinase XerC subunit  27.3 
 
 		 329 aa  86.3  0.000000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09590  tyrosine recombinase XerD  27.37 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0503565 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  27.08 
 
 		 295 aa  85.1  0.000000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00956  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.79 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2026  integrase domain protein SAM domain protein  33.53 
 
 		 297 aa  84.3  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4135  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.19 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.383086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  22.76 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.61 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.61 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.61 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.61 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  23.16 
 
 		 290 aa  82.4  0.00000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  27.4 
 
 		 295 aa  82.8  0.00000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.26 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  25.26 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1990  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2036  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0541579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1970  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.26 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.397741 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  25.4 
 
 		 320 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.26 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0651  tyrosine recombinase XerD  25.52 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0950079  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.26 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0359  tyrosine recombinase XerD  29.41 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00723526 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0562  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.42 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  25.7 
 
 		 309 aa  80.5  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10430  site-specific recombinase XerD  22.73 
 
 		 313 aa  80.1  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00129547  unclonable  0.000000000966981 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  24.42 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0485  site-specific tyrosine recombinase XerC  25 
 
 		 322 aa  80.1  0.00000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.853028 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.26 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2471  tyrosine recombinase XerC subunit  26.21 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0340389  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2207  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.71 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.787262  normal  0.257716 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  27.1 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  27.44 
 
 		 284 aa  79.7  0.00000000000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1995  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.78 
 
 		 302 aa  79.7  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0577  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.8 
 
 		 305 aa  79.3  0.0000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0855221  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1996  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.61 
 
 		 300 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0750  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.24 
 
 		 311 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1317  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 325 aa  79.3  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.92 
 
 		 301 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1185  tyrosine recombinase XerD  23.69 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.497096  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0704  integrase family protein  27.2 
 
 		 305 aa  78.6  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000143659  unclonable  0.0000000274126 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2194  integrase family protein  26.03 
 
 		 317 aa  78.6  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.103281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3281  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.9 
 
 		 317 aa  79  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  22.6 
 
 		 296 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2175  tyrosine recombinase XerD  27.71 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>