More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5748 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5748  transcriptional regulator  100 
 
 		 219 aa  449  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6009  XRE family transcriptional regulator  84.93 
 
 		 219 aa  388  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.285081  hitchhiker  0.00726065 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  76.61 
 
 		 227 aa  363  1e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  75.58 
 
 		 227 aa  359  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  72.97 
 
 		 234 aa  333  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  63.37 
 
 		 215 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  59.57 
 
 		 217 aa  229  3e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  57.14 
 
 		 225 aa  218  7.999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  54.55 
 
 		 232 aa  216  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  55.85 
 
 		 224 aa  213  9.999999999999999e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 201 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2517  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 201 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2242  helix-turn-helix domain-containing protein  51.61 
 
 		 201 aa  202  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.453871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2198  transcriptional regulator, XRE family  51.08 
 
 		 201 aa  198  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.351873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 198 aa  189  2.9999999999999997e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  49.73 
 
 		 218 aa  187  9e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2858  transcriptional regulator, XRE family  48.66 
 
 		 215 aa  186  2e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000622832  normal  0.0374075 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  47.57 
 
 		 198 aa  184  6e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  46.11 
 
 		 220 aa  182  3e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  47.09 
 
 		 222 aa  182  5.0000000000000004e-45  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3519  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 210 aa  181  8.000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0116433 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  47.92 
 
 		 197 aa  181  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 213 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.85 
 
 		 201 aa  178  7e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 219 aa  177  8e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 219 aa  177  8e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 219 aa  177  8e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  47.31 
 
 		 209 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  46.03 
 
 		 222 aa  176  2e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.388539 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 200 aa  176  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  47.85 
 
 		 233 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  46.7 
 
 		 212 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 208 aa  169  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 230 aa  156  2e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1987  transcriptional regulator, XRE family  42.46 
 
 		 187 aa  141  8e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.144245  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5931  transcriptional regulator, XRE family  43.65 
 
 		 190 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2247  transcriptional regulator, XRE family  41.99 
 
 		 190 aa  137  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5954  transcriptional regulator, XRE family  41.44 
 
 		 187 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4533  transcriptional regulator, XRE family  43.45 
 
 		 173 aa  134  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1985  transcriptional regulator, XRE family  41.99 
 
 		 190 aa  134  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.127285  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4562  transcriptional regulator, XRE family  44.05 
 
 		 173 aa  134  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5833  transcriptional regulator, XRE family  43.45 
 
 		 173 aa  131  6.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1879  transcriptional regulator, XRE family  36.87 
 
 		 182 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4828  transcriptional regulator, XRE family  43.45 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0464638  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4528  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 173 aa  130  1.0000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2946  transcriptional regulator  34.04 
 
 		 197 aa  107  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3438  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 198 aa  103  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 204 aa  101  1e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 196 aa  99.4  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0878  cupin 2 domain-containing protein  31.84 
 
 		 196 aa  98.6  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000206175  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 211 aa  94.7  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0485  transcriptional regulator, XRE family  30.37 
 
 		 197 aa  88.6  7e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000244144  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1034  transcriptional regulator, XRE family  29.95 
 
 		 181 aa  86.3  3e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000342515  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3393  transcriptional regulator, XRE family  29.57 
 
 		 199 aa  85.5  6e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000124891  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3489  XRE family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 187 aa  85.5  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3456  transcriptional regulator, XRE family  29.03 
 
 		 199 aa  85.1  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2320  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1889  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 188 aa  82.4  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 192 aa  82  0.000000000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3298  Cro/CI family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 187 aa  82  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2902  Cupin 2 conserved barrel domain protein  27.61 
 
 		 189 aa  81.6  0.000000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  31.28 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3247  XRE family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000592797 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0817  transcriptional regulator, XRE family  29.28 
 
 		 184 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0650  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 187 aa  79.7  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 192 aa  78.6  0.00000000000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 204 aa  78.6  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 189 aa  77.8  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  28.34 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0661  MerR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0992  cupin 2 domain-containing protein  25.71 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00214756  normal  0.392819 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0108  transcriptional regulator, XRE family  28.73 
 
 		 186 aa  77  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0154  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 182 aa  77  0.0000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2819  MerR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 192 aa  76.6  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.142376 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2318  transcriptional regulator  27.84 
 
 		 188 aa  76.3  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00466136  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 192 aa  76.3  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.71 
 
 		 188 aa  75.9  0.0000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 193 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  28.5 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  26.56 
 
 		 188 aa  75.5  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 259 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  31.71 
 
 		 180 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 281 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 192 aa  74.7  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09060  predicted transcriptional regulator  27.6 
 
 		 192 aa  74.3  0.000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.391815  normal  0.265834 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0552  transcriptional regulator  28.96 
 
 		 183 aa  74.3  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0032692  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  31.18 
 
 		 181 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 223 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  29.48 
 
 		 201 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1441  XRE family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  30.59 
 
 		 181 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0524  XRE family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.0000000000827128  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>