More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0660 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0660  shikimate kinase  100 
 
 		 436 aa  893    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.737166  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2525  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  40.3 
 
 		 256 aa  173  5e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.721385  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2373  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.89 
 
 		 271 aa  142  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0693  shikimate 5-dehydrogenase  35.69 
 
 		 271 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.324204  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 288 aa  130  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0693  shikimate 5-dehydrogenase  34.94 
 
 		 271 aa  127  3e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0110194  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 297 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  37.45 
 
 		 278 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  31.6 
 
 		 289 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2589  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  33.74 
 
 		 249 aa  113  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.62342  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  32.97 
 
 		 289 aa  113  8.000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06730  shikimate 5-dehydrogenase  36.4 
 
 		 244 aa  112  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  34.53 
 
 		 279 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2085  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  35.71 
 
 		 244 aa  108  2e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.434063  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  31.23 
 
 		 279 aa  108  3e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  32.96 
 
 		 288 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4157  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  32.8 
 
 		 247 aa  107  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000985519 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  32.45 
 
 		 276 aa  107  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  31.4 
 
 		 301 aa  107  5e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  30.6 
 
 		 288 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 280 aa  104  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1774  shikimate 5-dehydrogenase  30.04 
 
 		 293 aa  105  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 274 aa  105  2e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 286 aa  104  3e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4321  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  34.98 
 
 		 257 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000245663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  30.94 
 
 		 278 aa  103  4e-21  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 298 aa  104  4e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 279 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  31.68 
 
 		 279 aa  103  5e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 286 aa  103  7e-21  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.26 
 
 		 301 aa  103  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1654  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  29.43 
 
 		 290 aa  103  9e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.910773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0006  shikimate dehydrogenase  32.14 
 
 		 246 aa  103  9e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.171843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  34.33 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  29.6 
 
 		 289 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 284 aa  102  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 282 aa  100  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 315 aa  99  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  29.96 
 
 		 298 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  27.82 
 
 		 280 aa  99  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  32.7 
 
 		 279 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1797  shikimate 5-dehydrogenase  30.43 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.910555  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 279 aa  98.6  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  31.8 
 
 		 278 aa  98.2  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  31.09 
 
 		 280 aa  98.2  3e-19  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 292 aa  97.8  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  34.5 
 
 		 289 aa  97.8  4e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4010  shikimate kinase I  34.78 
 
 		 196 aa  97.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  36.36 
 
 		 183 aa  97.4  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  32.72 
 
 		 286 aa  97.4  5e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  34.25 
 
 		 182 aa  97.4  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  36.24 
 
 		 183 aa  97.1  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  29.75 
 
 		 289 aa  96.7  8e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  28.35 
 
 		 288 aa  96.3  9e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  31.58 
 
 		 282 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_002950  PG0978  shikimate 5-dehydrogenase  33.06 
 
 		 249 aa  95.1  2e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 278 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4110  3-dehydroquinate dehydratase / shikimate dehydrogenase  29.64 
 
 		 613 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.471518  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  34.11 
 
 		 284 aa  94.4  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  32.86 
 
 		 296 aa  94.7  3e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1145  shikimate kinase  37.32 
 
 		 182 aa  94.4  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  32.95 
 
 		 271 aa  94  4e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  34.56 
 
 		 283 aa  94  5e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  27.86 
 
 		 298 aa  94  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  27.76 
 
 		 294 aa  93.6  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  36.67 
 
 		 207 aa  93.6  6e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0705  Shikimate dehydrogenase substrate binding domain protein  31.75 
 
 		 247 aa  93.6  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.681902  normal  0.688441 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  34.84 
 
 		 286 aa  93.6  7e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3919  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  30.66 
 
 		 289 aa  93.6  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 278 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  32.56 
 
 		 280 aa  93.2  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  33.59 
 
 		 278 aa  93.2  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  28.07 
 
 		 300 aa  93.2  9e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  36 
 
 		 179 aa  92.8  9e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 280 aa  93.2  9e-18  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  32.27 
 
 		 288 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  34.27 
 
 		 179 aa  92.4  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  35.37 
 
 		 171 aa  92.4  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  27.82 
 
 		 311 aa  92  2e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  33.2 
 
 		 270 aa  92  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  36.47 
 
 		 271 aa  92  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3206  shikimate kinase  31.71 
 
 		 209 aa  91.7  3e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.289523  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2970  shikimate kinase  34.01 
 
 		 190 aa  91.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3700  shikimate kinase  31.71 
 
 		 177 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.049823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2747  shikimate kinase  31.71 
 
 		 177 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  32.94 
 
 		 269 aa  91.3  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3758  shikimate kinase  31.71 
 
 		 177 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.485321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3729  shikimate kinase  31.71 
 
 		 184 aa  91.3  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.427035  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  36.71 
 
 		 454 aa  91.7  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0359  shikimate kinase  32.93 
 
 		 183 aa  91.3  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471264 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1757  shikimate kinase  31.71 
 
 		 177 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2797  shikimate kinase  31.71 
 
 		 177 aa  91.3  3e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.135069  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.11 
 
 		 286 aa  90.9  4e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.86 
 
 		 285 aa  90.5  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  36 
 
 		 179 aa  90.5  5e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  29.01 
 
 		 277 aa  90.5  6e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3024  shikimate kinase  31.1 
 
 		 199 aa  90.1  7e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  38.78 
 
 		 174 aa  89.7  9e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>