More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_3727 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
342 aa  702    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  60.82 
 
 
674 aa  358  6e-98  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  58.97 
 
 
379 aa  358  6e-98  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.78 
 
 
692 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.78 
 
 
687 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.78 
 
 
692 aa  353  2e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.78 
 
 
692 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  56.78 
 
 
687 aa  353  2.9999999999999997e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  57.79 
 
 
473 aa  348  7e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  55.56 
 
 
692 aa  347  1e-94  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  55.24 
 
 
690 aa  348  1e-94  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  55.76 
 
 
692 aa  348  1e-94  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  55.56 
 
 
692 aa  347  2e-94  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  54.17 
 
 
510 aa  342  8e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  54.4 
 
 
488 aa  340  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.99 
 
 
724 aa  337  9.999999999999999e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.92 
 
 
648 aa  334  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.05 
 
 
1139 aa  334  1e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  51.75 
 
 
664 aa  333  3e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  53.85 
 
 
723 aa  330  2e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  51.59 
 
 
733 aa  328  9e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.32 
 
 
670 aa  325  6e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  51.56 
 
 
516 aa  325  6e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  51.22 
 
 
688 aa  325  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  52.32 
 
 
670 aa  325  8.000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  52.32 
 
 
670 aa  325  9e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  52.32 
 
 
668 aa  325  1e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  52.32 
 
 
670 aa  324  1e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  50.32 
 
 
635 aa  324  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.32 
 
 
670 aa  325  1e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  54.52 
 
 
687 aa  325  1e-87  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  55.06 
 
 
556 aa  324  2e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  52.01 
 
 
648 aa  323  2e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  52.01 
 
 
670 aa  322  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.32 
 
 
481 aa  321  9.000000000000001e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  50.16 
 
 
806 aa  318  7e-86  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  53.59 
 
 
726 aa  318  1e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.32 
 
 
1082 aa  315  7e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  51.6 
 
 
479 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  50.96 
 
 
875 aa  312  3.9999999999999997e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0532  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.85 
 
 
470 aa  310  2e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.00706375  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.28 
 
 
602 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  50.47 
 
 
630 aa  310  2.9999999999999997e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  51.09 
 
 
348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.04 
 
 
575 aa  309  5e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  52.13 
 
 
480 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.54 
 
 
653 aa  306  2.0000000000000002e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.11 
 
 
650 aa  306  2.0000000000000002e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
486 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1157  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.19 
 
 
502 aa  306  3e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2442  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.92 
 
 
480 aa  305  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4737  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  52.65 
 
 
515 aa  305  8.000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0920124  hitchhiker  0.000878873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  50.33 
 
 
474 aa  305  9.000000000000001e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  51.58 
 
 
664 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0173  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.22 
 
 
463 aa  305  9.000000000000001e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.127235  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.88 
 
 
470 aa  304  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  50.16 
 
 
629 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  49.38 
 
 
551 aa  303  2.0000000000000002e-81  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  50.47 
 
 
629 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1969  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator  50.33 
 
 
473 aa  303  3.0000000000000004e-81  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.440374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0601  Fis family transcriptional regulator  51.68 
 
 
369 aa  303  3.0000000000000004e-81  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  50.15 
 
 
641 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
459 aa  301  8.000000000000001e-81  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0976  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.38 
 
 
1079 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0922  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.69 
 
 
462 aa  299  4e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.554455  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.91 
 
 
693 aa  299  6e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  47.9 
 
 
484 aa  299  6e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1908  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.81 
 
 
473 aa  298  7e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2018  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.69 
 
 
447 aa  298  8e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.110893  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  48.08 
 
 
488 aa  297  1e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0918  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.08 
 
 
554 aa  297  2e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2056  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.02 
 
 
473 aa  296  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.732718  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0978  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.07 
 
 
466 aa  297  2e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0932912  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1971  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.02 
 
 
473 aa  296  2e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0887215  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.48 
 
 
541 aa  297  2e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  49.05 
 
 
486 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  47.85 
 
 
648 aa  296  3e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2001  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.5 
 
 
454 aa  296  3e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  48.7 
 
 
488 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  48.7 
 
 
488 aa  296  3e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4418  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.46 
 
 
466 aa  296  3e-79  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  49.05 
 
 
486 aa  296  3e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  47.78 
 
 
488 aa  296  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  49.05 
 
 
486 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  49.05 
 
 
486 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.06 
 
 
460 aa  296  5e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  48.55 
 
 
488 aa  295  7e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  48.92 
 
 
607 aa  295  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1326  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50.64 
 
 
485 aa  295  8e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1312  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.99 
 
 
455 aa  295  8e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.502008  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2533  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  50.64 
 
 
483 aa  295  9e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 
486 aa  295  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0067  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  49.37 
 
 
699 aa  294  1e-78  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0470  sigma-54 dependent response regulator  52.76 
 
 
453 aa  295  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.253212  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.38 
 
 
660 aa  294  1e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>