More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene AFE_1230 on replicon NC_011761
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011761  AFE_1230  DNA ligase, NAD-dependent, putative  100 
 
 		 609 aa  1251    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2695  DNA ligase (NAD(+))  46.17 
 
 		 652 aa  488  1e-136  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.278401  normal  0.204857 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2078  DNA ligase (NAD(+))  44.72 
 
 		 615 aa  482  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2336  DNA ligase (NAD(+))  37.25 
 
 		 649 aa  388  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.182524  normal  0.116462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2653  DNA ligase (NAD(+))  35.95 
 
 		 648 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.869287  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1433  DNA ligase, NAD-dependent  31.83 
 
 		 704 aa  238  4e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  29.98 
 
 		 681 aa  234  3e-60  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2645  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.44 
 
 		 710 aa  234  5e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  29.49 
 
 		 663 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0696  DNA ligase, NAD-dependent  31.37 
 
 		 684 aa  227  6e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.266157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.38 
 
 		 670 aa  223  7e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  30.53 
 
 		 666 aa  220  5e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  30.9 
 
 		 692 aa  219  1e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  32.57 
 
 		 673 aa  218  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  30.19 
 
 		 671 aa  218  2.9999999999999998e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  26.88 
 
 		 662 aa  216  8e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  30.43 
 
 		 659 aa  216  9e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  29.33 
 
 		 675 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  29.92 
 
 		 699 aa  215  1.9999999999999998e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  30.1 
 
 		 690 aa  214  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  28.03 
 
 		 675 aa  214  2.9999999999999995e-54  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0996  DNA ligase, NAD-dependent  27.79 
 
 		 668 aa  214  3.9999999999999995e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0277  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.85 
 
 		 679 aa  214  4.9999999999999996e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  30.96 
 
 		 690 aa  213  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2086  DNA ligase, NAD-dependent  32.51 
 
 		 670 aa  213  7.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  29.89 
 
 		 667 aa  213  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2628  NAD-dependent DNA ligase LigA  31.07 
 
 		 693 aa  212  1e-53  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.533906  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  30.96 
 
 		 690 aa  212  2e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0483  DNA ligase, NAD-dependent  29.31 
 
 		 674 aa  211  4e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1371  DNA ligase, NAD-dependent  28.44 
 
 		 648 aa  211  4e-53  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00123694  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  31.36 
 
 		 675 aa  211  5e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0894  DNA ligase, NAD-dependent  28.14 
 
 		 700 aa  210  5e-53  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1705  DNA ligase, NAD-dependent  30.8 
 
 		 685 aa  209  8e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000114947  decreased coverage  0.000000000204337 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0981  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.59 
 
 		 666 aa  209  8e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  30.95 
 
 		 685 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  30.92 
 
 		 673 aa  209  9e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  30.17 
 
 		 668 aa  209  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  30 
 
 		 668 aa  209  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  30.43 
 
 		 691 aa  209  1e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  30.95 
 
 		 685 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1066  DNA ligase, NAD-dependent  28.14 
 
 		 709 aa  208  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1959  DNA ligase, NAD-dependent  28.46 
 
 		 667 aa  208  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1993  DNA ligase, NAD-dependent  28.46 
 
 		 667 aa  208  3e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.72 
 
 		 652 aa  207  4e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1513  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.92 
 
 		 648 aa  207  4e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  28.7 
 
 		 688 aa  207  5e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3647  DNA ligase, NAD-dependent  29.47 
 
 		 706 aa  207  5e-52  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  28.7 
 
 		 688 aa  207  5e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  31.6 
 
 		 684 aa  207  6e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  30.87 
 
 		 681 aa  206  7e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  30.59 
 
 		 671 aa  206  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3403  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.4 
 
 		 681 aa  206  8e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  30.59 
 
 		 671 aa  206  8e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.34 
 
 		 669 aa  205  2e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.12 
 
 		 669 aa  205  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0568  NAD-dependent DNA ligase  30.29 
 
 		 680 aa  205  2e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0423  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.7 
 
 		 660 aa  204  3e-51  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.1 
 
 		 669 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.1 
 
 		 669 aa  204  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  27.83 
 
 		 673 aa  204  3e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.1 
 
 		 669 aa  204  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  30.97 
 
 		 682 aa  204  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  31.06 
 
 		 685 aa  204  3e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.1 
 
 		 669 aa  204  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  29.76 
 
 		 689 aa  204  5e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1559  DNA ligase, NAD-dependent  28.51 
 
 		 662 aa  203  8e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0638727  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1227  DNA ligase, NAD-dependent  28.99 
 
 		 656 aa  203  8e-51  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.43 
 
 		 669 aa  203  9e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  30.07 
 
 		 685 aa  203  9e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.94 
 
 		 671 aa  203  9e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  27.69 
 
 		 669 aa  202  9.999999999999999e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.64 
 
 		 669 aa  202  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.79 
 
 		 670 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  29.71 
 
 		 680 aa  202  9.999999999999999e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.56 
 
 		 671 aa  201  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.12 
 
 		 671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.94 
 
 		 669 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.12 
 
 		 671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.56 
 
 		 671 aa  202  1.9999999999999998e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.64 
 
 		 669 aa  202  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0475  DNA ligase, NAD-dependent  29.09 
 
 		 676 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  28.48 
 
 		 672 aa  201  3e-50  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.56 
 
 		 671 aa  201  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  28.98 
 
 		 673 aa  201  3e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2205  DNA ligase, NAD-dependent  30.44 
 
 		 708 aa  201  3e-50  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  29.86 
 
 		 670 aa  201  3e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0835  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.47 
 
 		 684 aa  201  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0801  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.79 
 
 		 682 aa  201  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.09 
 
 		 669 aa  200  5e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3562  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.2 
 
 		 681 aa  201  5e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.64 
 
 		 671 aa  201  5e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.18 
 
 		 671 aa  200  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  30.66 
 
 		 666 aa  200  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1222  DNA ligase, NAD-dependent  29.22 
 
 		 712 aa  200  7e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.18 
 
 		 671 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  30.18 
 
 		 671 aa  199  9e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0313  NAD-dependent DNA ligase LigA  28.26 
 
 		 676 aa  199  9e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  30.18 
 
 		 671 aa  199  9e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  29.97 
 
 		 671 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  29.97 
 
 		 671 aa  199  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>