More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0495 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0495  shikimate kinase  100 
 
 
171 aa  346  1e-94  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  57.79 
 
 
184 aa  184  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  55.9 
 
 
170 aa  178  3e-44  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  53.09 
 
 
174 aa  166  1e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  52.1 
 
 
173 aa  162  2e-39  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  51.61 
 
 
177 aa  161  5e-39  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  39.29 
 
 
165 aa  113  1e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1571  shikimate kinase  39.35 
 
 
165 aa  110  1e-23  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  38.96 
 
 
165 aa  110  1e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  37.95 
 
 
165 aa  106  1e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06600  shikimate kinase  36.26 
 
 
188 aa  104  6e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  36.75 
 
 
189 aa  100  7e-21  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  38.51 
 
 
166 aa  93.6  1e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0461  Shikimate kinase  34.91 
 
 
182 aa  92.8  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.196484  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.06 
 
 
176 aa  91.7  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0464  shikimate kinase  37.36 
 
 
176 aa  91.3  6e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  36.84 
 
 
171 aa  90.9  8e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2313  Shikimate kinase  37.5 
 
 
168 aa  90.9  9e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0915782  hitchhiker  0.00353016 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  33.33 
 
 
173 aa  90.5  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01390  shikimate kinase  33.73 
 
 
185 aa  90.5  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0536542  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  37.43 
 
 
165 aa  90.5  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  32.39 
 
 
173 aa  85.5  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  34.13 
 
 
454 aa  85.1  5e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  36.57 
 
 
173 aa  84.7  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  34.68 
 
 
168 aa  84.7  5e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4543  shikimate kinase  30.86 
 
 
176 aa  84.3  7e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.715983  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0053  shikimate kinase  34.29 
 
 
172 aa  84  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.541651  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.48 
 
 
176 aa  84.3  8e-16  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0220  Shikimate kinase  35.22 
 
 
167 aa  83.6  1e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  1.3813e-08  normal  0.0131612 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  34.42 
 
 
196 aa  83.2  1e-15  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2022  shikimate kinase  38.26 
 
 
192 aa  83.6  1e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  33.53 
 
 
168 aa  82.8  2e-15  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0252  shikimate kinase  34.29 
 
 
190 aa  83.2  2e-15  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  34.38 
 
 
183 aa  82.8  2e-15  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1476  shikimate kinase  34.55 
 
 
198 aa  82  4e-15  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01791  shikimate kinase  34.55 
 
 
198 aa  82  4e-15  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0539701  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  31.9 
 
 
181 aa  81.6  5e-15  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0532  shikimate kinase  35.44 
 
 
206 aa  81.3  6e-15  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.398364 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1900  shikimate kinase  34.23 
 
 
216 aa  81.3  6e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.976916  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  32.53 
 
 
207 aa  81.3  6e-15  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  34.07 
 
 
175 aa  80.1  1e-14  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  33.33 
 
 
177 aa  80.5  1e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  36.71 
 
 
200 aa  80.1  1e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.84 
 
 
183 aa  80.1  1e-14  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  36.54 
 
 
192 aa  79.7  2e-14  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  32.57 
 
 
180 aa  79.7  2e-14  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2097  shikimate kinase  32.95 
 
 
179 aa  79.3  2e-14  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3740  shikimate kinase  33.12 
 
 
188 aa  79  3e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.695476  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  32.75 
 
 
173 aa  78.6  4e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  7.16125e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  35.85 
 
 
181 aa  78.6  4e-14  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1103  shikimate kinase  37.82 
 
 
165 aa  78.6  4e-14  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.396409  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0124  shikimate kinase  32.95 
 
 
179 aa  78.6  4e-14  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.529652  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1457  Shikimate kinase  32.37 
 
 
172 aa  78.6  4e-14  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  32.75 
 
 
173 aa  78.6  4e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  32.75 
 
 
173 aa  78.6  4e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  32.75 
 
 
173 aa  78.6  4e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  2.8278e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  32.75 
 
 
173 aa  78.6  4e-14  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  5.04262e-05  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  38.51 
 
 
172 aa  77.8  6e-14  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0024  shikimate kinase I  34.36 
 
 
173 aa  77.4  8e-14  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  33.14 
 
 
208 aa  77.4  8e-14  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  32.57 
 
 
180 aa  77.4  9e-14  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.6  1e-13  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  1.16276e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  77  1e-13  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  7.52096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  77  1e-13  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  34.66 
 
 
169 aa  77  1e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  77  1e-13  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  1.4395e-10  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  33.73 
 
 
167 aa  76.3  2e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  36.65 
 
 
184 aa  76.6  2e-13  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  1.06668e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  5.04187e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2880  shikimate kinase  30.86 
 
 
188 aa  76.6  2e-13  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.6  2e-13  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.93059e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  33.73 
 
 
191 aa  76.6  2e-13  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  32.16 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  32.16 
 
 
225 aa  75.5  3e-13  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  5.38429e-10  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  30.11 
 
 
171 aa  75.9  3e-13  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  32.16 
 
 
225 aa  75.5  3e-13  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.28588e-09  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  32.16 
 
 
225 aa  75.5  3e-13  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  2.63169e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0722  shikimate kinase  30.29 
 
 
198 aa  75.9  3e-13  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1563  shikimate 5-dehydrogenase  30.99 
 
 
462 aa  75.9  3e-13  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  31.52 
 
 
190 aa  75.5  3e-13  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3489  shikimate kinase  36.65 
 
 
184 aa  75.1  4e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  31.43 
 
 
174 aa  75.1  4e-13  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  1.84461e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  33.53 
 
 
170 aa  75.1  4e-13  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  31.58 
 
 
173 aa  75.1  4e-13  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1609  shikimate kinase  33.78 
 
 
185 aa  75.1  4e-13  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.451303 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0909  shikimate kinase  32.54 
 
 
206 aa  75.1  4e-13  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1906  shikimate kinase  37.89 
 
 
162 aa  75.5  4e-13  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  33.33 
 
 
189 aa  75.1  5e-13  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2029  shikimate kinase  30 
 
 
200 aa  75.1  5e-13  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  36.02 
 
 
184 aa  74.7  5e-13  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1951  shikimate kinase  30 
 
 
217 aa  74.7  5e-13  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.28 
 
 
593 aa  74.7  5e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07850  shikimate kinase  31.85 
 
 
177 aa  74.7  6e-13  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0207717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  33.54 
 
 
204 aa  74.7  6e-13  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  30.23 
 
 
174 aa  74.3  7e-13  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1199  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  33.53 
 
 
495 aa  74.3  7e-13  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.539853  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>