More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew185_0288 on replicon NC_009665
Organism: Shewanella baltica OS185



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 
230 aa  472  1e-132  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  97.83 
 
 
230 aa  464  1e-130  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  97.39 
 
 
230 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  96.96 
 
 
230 aa  462  1e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  86.4 
 
 
229 aa  409  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  83.77 
 
 
229 aa  390  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  2.44017e-05  hitchhiker  3.09962e-08 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  81.58 
 
 
228 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  1.23479e-09 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  80.7 
 
 
228 aa  383  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  72.12 
 
 
229 aa  332  3e-90  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.61 
 
 
224 aa  327  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  decreased coverage  4.80203e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  70.13 
 
 
226 aa  323  1e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.07 
 
 
225 aa  321  8e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  69.87 
 
 
224 aa  320  1e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  67.54 
 
 
224 aa  318  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  1.01532e-08 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  66.81 
 
 
224 aa  281  8e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.64 
 
 
230 aa  224  8e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  49.56 
 
 
237 aa  221  6e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  48.02 
 
 
228 aa  219  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.52 
 
 
242 aa  210  2e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.41 
 
 
235 aa  199  3e-50  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  45.53 
 
 
230 aa  197  2e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  46.26 
 
 
238 aa  192  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  44.98 
 
 
230 aa  191  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  49.03 
 
 
209 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  45.65 
 
 
232 aa  187  9e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  47.35 
 
 
238 aa  184  1e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.06 
 
 
223 aa  178  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  47.76 
 
 
279 aa  173  2e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  45.25 
 
 
178 aa  164  1e-39  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  37.11 
 
 
305 aa  108  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
304 aa  95.9  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  37.7 
 
 
221 aa  96.3  4e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.5 
 
 
308 aa  93.2  3e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32 
 
 
307 aa  92.4  5e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  35.71 
 
 
297 aa  92.4  5e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.29 
 
 
308 aa  92  7e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  5.79613e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.87 
 
 
543 aa  91.3  1e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.17 
 
 
350 aa  91.3  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.6 
 
 
224 aa  91.3  1e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.71 
 
 
308 aa  90.5  2e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  39.76 
 
 
218 aa  90.9  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  38.57 
 
 
306 aa  89.7  3e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2148  pseudouridine synthase  31.47 
 
 
222 aa  89.7  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00375326  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  38.1 
 
 
307 aa  89.4  4e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.71 
 
 
368 aa  89.7  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  37.21 
 
 
520 aa  89  6e-17  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.33 
 
 
330 aa  88.6  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  37.06 
 
 
239 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  30.81 
 
 
314 aa  88.6  8e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.2 
 
 
322 aa  88.2  9e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 
295 aa  88.2  9e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.1 
 
 
308 aa  87.8  1e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1802  RluA family pseudouridine synthase  31.02 
 
 
304 aa  87.8  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
319 aa  88.2  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  33.68 
 
 
227 aa  87.4  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0345  pseudouridine synthase  32.81 
 
 
226 aa  87  2e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4400  pseudouridine synthase  35.71 
 
 
248 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  31.75 
 
 
299 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  36.47 
 
 
239 aa  87  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.94 
 
 
300 aa  87  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  33.63 
 
 
297 aa  87.4  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.48 
 
 
316 aa  87.4  2e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  33.17 
 
 
303 aa  87  2e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  30.57 
 
 
307 aa  87  2e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  35.68 
 
 
363 aa  87.4  2e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.16 
 
 
322 aa  86.3  3e-16  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1592  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.16 
 
 
212 aa  86.3  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  31.98 
 
 
310 aa  86.7  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  33.51 
 
 
301 aa  86.7  3e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 
320 aa  86.7  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.67472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.46 
 
 
300 aa  86.7  3e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.18 
 
 
344 aa  86.7  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  37.6 
 
 
305 aa  86.3  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  33.68 
 
 
299 aa  86.3  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  29.79 
 
 
302 aa  85.9  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  34.57 
 
 
297 aa  85.9  5e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  36.67 
 
 
224 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.57 
 
 
307 aa  85.5  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  35.71 
 
 
207 aa  85.1  8e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  30.57 
 
 
307 aa  85.1  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  33.84 
 
 
301 aa  85.1  9e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3776  pseudouridine synthase  30.15 
 
 
243 aa  84.7  1e-15  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  34.05 
 
 
224 aa  84.3  1e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  34.21 
 
 
560 aa  84.7  1e-15  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.66 
 
 
311 aa  84.7  1e-15  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  39.16 
 
 
222 aa  84.7  1e-15  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  34.22 
 
 
249 aa  84.7  1e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.05 
 
 
307 aa  84  2e-15  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.57 
 
 
276 aa  83.6  2e-15  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.79 
 
 
303 aa  84  2e-15  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  31.52 
 
 
246 aa  83.6  2e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  31.46 
 
 
300 aa  84  2e-15  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.51 
 
 
333 aa  83.6  2e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1202  pseudouridine synthase  31.68 
 
 
247 aa  84  2e-15  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.90311  normal  0.0231079 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.47 
 
 
364 aa  83.6  2e-15  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.78 
 
 
346 aa  83.2  3e-15  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0878  pseudouridine synthase  31.28 
 
 
277 aa  83.2  3e-15  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.73 
 
 
309 aa  83.6  3e-15  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 
306 aa  83.2  3e-15  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.09 
 
 
327 aa  83.2  3e-15  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>