More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3689 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_0721  histidine kinase  67.94 
 
 		 675 aa  912    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3878  histidine kinase  67.81 
 
 		 692 aa  923    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.245936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3777  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  67.87 
 
 		 701 aa  900    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.215477  hitchhiker  0.0067097 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3113  histidine kinase  77.06 
 
 		 654 aa  1056    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000907022 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3689  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 655 aa  1353    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1870  histidine kinase  33.5 
 
 		 779 aa  210  6e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3419  sensor histidine kinase  31.52 
 
 		 774 aa  182  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.92 
 
 		 620 aa  179  2e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  40 
 
 		 578 aa  178  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3526  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 584 aa  169  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 584 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  34.77 
 
 		 572 aa  159  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  34.1 
 
 		 572 aa  159  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  31.53 
 
 		 597 aa  157  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  38.37 
 
 		 590 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1728  histidine kinase  36.05 
 
 		 560 aa  157  6e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.864697  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  36.05 
 
 		 540 aa  157  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.96 
 
 		 604 aa  157  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.6 
 
 		 986 aa  157  8e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  31.19 
 
 		 599 aa  157  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  31.53 
 
 		 596 aa  157  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1894  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 		 1085 aa  151  4e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  33.89 
 
 		 598 aa  150  9e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.13 
 
 		 406 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  36.09 
 
 		 596 aa  147  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0377  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 		 771 aa  146  1e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.18 
 
 		 609 aa  144  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  32.52 
 
 		 608 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  32.69 
 
 		 578 aa  140  6e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1832  histidine kinase  34.63 
 
 		 550 aa  140  1e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00156636 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  36.65 
 
 		 560 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 		 683 aa  139  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  34.63 
 
 		 575 aa  140  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  31.72 
 
 		 578 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2289  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.6 
 
 		 536 aa  139  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000503711  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  32.73 
 
 		 497 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1249  sensory box histidine kinase  33.2 
 
 		 524 aa  136  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0948878  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2543  sensor histidine kinase  32.94 
 
 		 460 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2854  putative two component signal transduction protein  30.22 
 
 		 917 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2656  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.61 
 
 		 759 aa  134  6e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1960  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 		 525 aa  133  7.999999999999999e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 480 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2003  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.07 
 
 		 653 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.977312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 		 467 aa  130  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 713 aa  130  9.000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  29.96 
 
 		 305 aa  130  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4395  sensory box histidine kinase  27.52 
 
 		 678 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.54023  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.86 
 
 		 1021 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.52 
 
 		 365 aa  127  9e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.27 
 
 		 589 aa  127  9e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0957  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 676 aa  127  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4089  PAS  27.27 
 
 		 678 aa  126  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.465781  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3588  two-component sensor kinase CbrA  35.02 
 
 		 984 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.883039 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  26.77 
 
 		 801 aa  125  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2013  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 455 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.07 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0967  sensor histidine kinase  34.55 
 
 		 401 aa  124  4e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3535  histidine kinase  26.46 
 
 		 410 aa  124  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2923  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  37.31 
 
 		 541 aa  124  6e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.252505  hitchhiker  0.00000000439976 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 467 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4499  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 		 674 aa  123  8e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278807  normal  0.486911 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 		 676 aa  123  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.06 
 
 		 1465 aa  123  9e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1350  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.99 
 
 		 676 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0906179 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4807  two-component sensor kinase CbrA  33.94 
 
 		 982 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0111257 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1751  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 		 671 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  28.06 
 
 		 505 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4423  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  27.63 
 
 		 678 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  30.36 
 
 		 611 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 602 aa  121  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 594 aa  122  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2724  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.76 
 
 		 827 aa  121  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.62 
 
 		 1036 aa  121  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.26 
 
 		 656 aa  121  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4418  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 		 611 aa  121  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42670  Sensory histidine protein kinase CbrA  32.25 
 
 		 981 aa  121  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.416099  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0738  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 991 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000340339 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 		 683 aa  120  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  33.71 
 
 		 983 aa  120  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0861  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.89 
 
 		 384 aa  120  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.339041  normal  0.260174 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  33.71 
 
 		 983 aa  120  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.73 
 
 		 458 aa  120  9e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 		 801 aa  120  9e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1855  histidine kinase  34.3 
 
 		 600 aa  120  9e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.355606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  33.86 
 
 		 656 aa  120  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2828  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 		 584 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0311  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.78 
 
 		 383 aa  119  9.999999999999999e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.138677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5165  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.29 
 
 		 593 aa  120  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.14 
 
 		 671 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.156465 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0962  sensor histidine kinase  31.58 
 
 		 655 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0965  sensor histidine kinase  33.21 
 
 		 982 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0832  PAS  33.57 
 
 		 984 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00253594 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.26 
 
 		 710 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  29.67 
 
 		 621 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 655 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  31.34 
 
 		 315 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 1146 aa  118  3e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  30.53 
 
 		 724 aa  118  3e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  29.53 
 
 		 457 aa  119  3e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>