More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_2543 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_2543  sensor histidine kinase  100 
 
 
460 aa  942    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.36 
 
 
1021 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.83 
 
 
1146 aa  195  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  41.98 
 
 
439 aa  189  9e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.25 
 
 
678 aa  182  1e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  36.1 
 
 
611 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 
611 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.46 
 
 
611 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.62 
 
 
713 aa  172  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1172  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
450 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.19 
 
 
589 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 
1465 aa  172  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.13 
 
 
602 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.27 
 
 
683 aa  171  3e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 
594 aa  171  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  38.35 
 
 
626 aa  171  3e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3803  histone-like DNA-binding protein  37.22 
 
 
308 aa  169  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1575  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.22 
 
 
683 aa  169  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.539969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3756  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
452 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1180  ATP-binding region, ATPase-like  31.95 
 
 
451 aa  167  5e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.513704  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  41.04 
 
 
598 aa  166  5.9999999999999996e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  38.61 
 
 
429 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  36.27 
 
 
1808 aa  166  8e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  36.49 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  36.49 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0658  sensor histide kinase  35.41 
 
 
315 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  36.49 
 
 
389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1533  histidine kinase  35.71 
 
 
497 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  36.49 
 
 
358 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2467  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.333423  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0922  EAL/GGDEF domain-containing protein  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  36.76 
 
 
358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2691  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2386  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0755  sensor histidine kinase  37.27 
 
 
627 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.997175  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  36.76 
 
 
389 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  35.83 
 
 
305 aa  164  3e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
389 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2013  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 
455 aa  163  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1567  histidine kinase  36.4 
 
 
310 aa  163  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  36.76 
 
 
358 aa  163  7e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0743  sensor histidine kinase  36.9 
 
 
627 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.573337  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3017  sensor histidine kinase  36.03 
 
 
524 aa  161  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.413812  normal  0.591209 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4555  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  33.12 
 
 
467 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
392 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  33.88 
 
 
445 aa  160  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  34.83 
 
 
505 aa  159  8e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.21 
 
 
553 aa  159  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02433  sensor histide kinase  29.31 
 
 
482 aa  159  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.46 
 
 
467 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  35.27 
 
 
1187 aa  158  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
1072 aa  157  3e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2546  Signal transduction histidine kinase-like protein  38.32 
 
 
804 aa  156  6e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.97 
 
 
494 aa  156  9e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0604  sensor histidine kinase  26.65 
 
 
434 aa  155  1e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  34.11 
 
 
436 aa  155  2e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
470 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3946  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.97 
 
 
448 aa  154  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.07 
 
 
585 aa  153  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
440 aa  153  5.9999999999999996e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2797  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.46 
 
 
480 aa  153  7e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2009  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
470 aa  153  8e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2296  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.51 
 
 
679 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1953  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.69 
 
 
458 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 
699 aa  151  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  33.21 
 
 
708 aa  151  3e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  34.07 
 
 
785 aa  150  4e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.69 
 
 
468 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  34.11 
 
 
557 aa  150  5e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.36 
 
 
537 aa  150  6e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  35.88 
 
 
468 aa  149  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  35.66 
 
 
468 aa  149  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.05 
 
 
1036 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  34.63 
 
 
408 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  34.63 
 
 
408 aa  149  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4217  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 
686 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34172  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 
928 aa  148  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1396  sensor histidine kinase/response regulator  36.9 
 
 
1092 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2633  histidine kinase  29.93 
 
 
566 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  33.57 
 
 
1780 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03784  sensor histidine kinase  32.5 
 
 
501 aa  147  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3474  histidine kinase  33.22 
 
 
449 aa  146  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  34.69 
 
 
730 aa  146  9e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0967  sensor histidine kinase  32.85 
 
 
401 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3093  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
444 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  32.18 
 
 
770 aa  145  1e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  34.81 
 
 
724 aa  145  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0965  PAS:hemerythrin HHE cation binding region  34.33 
 
 
681 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.94683  normal  0.555707 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.04 
 
 
439 aa  145  2e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4373  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
687 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0865062  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.75 
 
 
685 aa  143  6e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0765  histidine kinase  30.62 
 
 
601 aa  143  6e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4350  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.94 
 
 
686 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 
715 aa  143  8e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1911  histidine kinase  30.97 
 
 
406 aa  143  8e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.267492 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  29.41 
 
 
457 aa  142  9e-33  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0903  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.71 
 
 
1262 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
785 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 
675 aa  142  9.999999999999999e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>