More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3449 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  100 
 
 		 326 aa  670    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  69.5 
 
 		 323 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  72.03 
 
 		 330 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  68.35 
 
 		 322 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 323 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  68.97 
 
 		 320 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  69.18 
 
 		 318 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  70.03 
 
 		 323 aa  456  1e-127  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 323 aa  454  1e-127  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  69.72 
 
 		 323 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 322 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  66.25 
 
 		 327 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 319 aa  441  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 321 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  69.21 
 
 		 319 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  68.89 
 
 		 319 aa  437  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0544  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  61.84 
 
 		 285 aa  378  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000427319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  48.22 
 
 		 327 aa  294  1e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  46.65 
 
 		 323 aa  281  2e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  45.69 
 
 		 313 aa  273  3e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  46.45 
 
 		 321 aa  265  1e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  41.77 
 
 		 313 aa  255  8e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  41.77 
 
 		 313 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  41.48 
 
 		 313 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 313 aa  252  5.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  41.4 
 
 		 311 aa  248  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 311 aa  246  4e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 311 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 310 aa  226  3e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0342  LysR family transcriptional regulator  40.76 
 
 		 335 aa  217  2e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1773  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 306 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  33.44 
 
 		 309 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  34.71 
 
 		 306 aa  178  1e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 342 aa  176  5e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4525.1  LysR family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 243 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 295 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.65 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2060  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.670506  unclonable  0.00000000000294805 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2402  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 306 aa  168  9e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.298095  unclonable  0.0000087148 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2064  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 306 aa  168  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0266  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 311 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0296308 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2285  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  167  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000341943  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.38 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  35.83 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  32.72 
 
 		 316 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 308 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  36.74 
 
 		 297 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  33.13 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2409  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 306 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  36.31 
 
 		 314 aa  166  6.9999999999999995e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.94 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 300 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  31.99 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 355 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.75 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  32.35 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  160  3e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 355 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.37 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3945  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 315 aa  160  4e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 355 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 355 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 355 aa  159  4e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 317 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 432 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 316 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2222  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.176511  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 314 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0265  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 312 aa  156  6e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000318169 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2551  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 314 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.521467  decreased coverage  0.00635729 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.39 
 
 		 321 aa  155  8e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3164  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.293544  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.36 
 
 		 305 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.15 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>