More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0403 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
358 aa  722  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  1.89855e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.13 
 
 
327 aa  359  5e-98  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.7 
 
 
354 aa  358  9e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  54.75 
 
 
332 aa  353  2e-96  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  52.7 
 
 
330 aa  352  7e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.84 
 
 
329 aa  350  3e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  53.27 
 
 
327 aa  349  3e-95  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  51.9 
 
 
329 aa  348  1e-94  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.9 
 
 
335 aa  338  1e-91  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.72 
 
 
348 aa  338  1e-91  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.32 
 
 
329 aa  338  1e-91  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.95 
 
 
345 aa  336  4e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.71 
 
 
352 aa  329  4e-89  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.47 
 
 
354 aa  322  9e-87  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.31 
 
 
347 aa  318  1e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  49.06 
 
 
347 aa  313  3e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  49.06 
 
 
346 aa  306  3e-82  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  43.4 
 
 
333 aa  290  4e-77  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.17 
 
 
347 aa  287  2e-76  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.34 
 
 
328 aa  276  3e-73  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.16 
 
 
333 aa  271  2e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
347 aa  270  3e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  43.89 
 
 
318 aa  263  3e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  3.48489e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  44.06 
 
 
332 aa  261  2e-68  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.81 
 
 
332 aa  256  3e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  42.14 
 
 
335 aa  256  3e-67  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 
332 aa  256  3e-67  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  42.45 
 
 
333 aa  256  3e-67  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  1.35334e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 
332 aa  255  7e-67  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  42.81 
 
 
332 aa  255  7e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.81 
 
 
332 aa  255  7e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.19456e-08 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.81 
 
 
332 aa  255  1e-66  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  42.5 
 
 
332 aa  254  2e-66  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  42.81 
 
 
332 aa  254  2e-66  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  4.72201e-07 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
333 aa  253  5e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.11 
 
 
320 aa  251  1e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.77 
 
 
324 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  42.77 
 
 
324 aa  250  2e-65  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.82 
 
 
319 aa  249  7e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  39.69 
 
 
334 aa  247  2e-64  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  42.14 
 
 
325 aa  246  4e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.97 
 
 
334 aa  246  6e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.67 
 
 
324 aa  244  2e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.57 
 
 
321 aa  243  4e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.5 
 
 
321 aa  240  2e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
333 aa  240  3e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.61 
 
 
322 aa  240  3e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  3.66446e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.04 
 
 
351 aa  239  5e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.68 
 
 
357 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  40.57 
 
 
347 aa  236  3e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.87 
 
 
325 aa  236  5e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.05 
 
 
321 aa  234  1e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  1.41339e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.29 
 
 
324 aa  233  3e-60  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.05 
 
 
334 aa  234  3e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.38 
 
 
332 aa  233  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  39.18 
 
 
370 aa  233  4e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  45.14 
 
 
326 aa  232  7e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
343 aa  230  2e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 
350 aa  231  2e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38.82 
 
 
325 aa  231  2e-59  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.74 
 
 
351 aa  231  2e-59  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.38 
 
 
326 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.38 
 
 
326 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
337 aa  230  3e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40 
 
 
332 aa  229  4e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 
327 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.86 
 
 
343 aa  227  2e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  39.62 
 
 
325 aa  226  3e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
329 aa  227  3e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.85 
 
 
320 aa  226  3e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.19 
 
 
343 aa  225  9e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.06 
 
 
336 aa  225  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.38 
 
 
356 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.94 
 
 
355 aa  225  1e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
332 aa  225  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  38.68 
 
 
325 aa  224  2e-57  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.68 
 
 
337 aa  223  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.94 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
355 aa  223  4e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.27 
 
 
370 aa  223  5e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
355 aa  223  5e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.94 
 
 
355 aa  223  5e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.94 
 
 
355 aa  222  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.44 
 
 
332 aa  222  9e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.05 
 
 
332 aa  221  1e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.19 
 
 
342 aa  221  1e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 
354 aa  222  1e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.64 
 
 
381 aa  221  2e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.62 
 
 
321 aa  221  2e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 
355 aa  221  2e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.31 
 
 
337 aa  220  2e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  38.87 
 
 
350 aa  221  2e-56  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.52 
 
 
346 aa  221  2e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.11 
 
 
322 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  41.11 
 
 
322 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  39.69 
 
 
337 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 
354 aa  220  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.94 
 
 
354 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.94 
 
 
354 aa  219  5e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>