284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_1344 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  100 
 
 		 368 aa  722    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  93.11 
 
 		 363 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  98.07 
 
 		 363 aa  699    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  65.3 
 
 		 375 aa  465  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  63.28 
 
 		 357 aa  416  9.999999999999999e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  58.47 
 
 		 358 aa  371  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  54.24 
 
 		 361 aa  363  2e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  53.49 
 
 		 412 aa  320  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  47.68 
 
 		 374 aa  290  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  46.87 
 
 		 374 aa  289  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  47.54 
 
 		 374 aa  286  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  47.28 
 
 		 391 aa  278  8e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  48.2 
 
 		 409 aa  272  8.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  49.18 
 
 		 384 aa  270  4e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  49.18 
 
 		 384 aa  268  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  46.13 
 
 		 379 aa  267  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  48.49 
 
 		 387 aa  265  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  45.9 
 
 		 378 aa  262  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  46.17 
 
 		 378 aa  259  7e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.7 
 
 		 382 aa  252  6e-66  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  43.85 
 
 		 378 aa  251  1e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  44.02 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  43.41 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  44.26 
 
 		 379 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  46.67 
 
 		 356 aa  242  9e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.85 
 
 		 385 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.85 
 
 		 385 aa  241  2e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  46.45 
 
 		 392 aa  240  2.9999999999999997e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.39 
 
 		 384 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  45.88 
 
 		 384 aa  240  4e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.13 
 
 		 382 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  44.17 
 
 		 379 aa  233  3e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  42.93 
 
 		 384 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.76 
 
 		 357 aa  227  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  43.55 
 
 		 378 aa  224  2e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  42.66 
 
 		 398 aa  222  9.999999999999999e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  42.97 
 
 		 375 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  42.01 
 
 		 369 aa  211  1e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  32.07 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  40.93 
 
 		 403 aa  190  2.9999999999999997e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  41.08 
 
 		 373 aa  179  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  42.06 
 
 		 379 aa  176  4e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.06 
 
 		 372 aa  172  5.999999999999999e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.47 
 
 		 372 aa  164  3e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.85 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  29.25 
 
 		 349 aa  127  2.0000000000000002e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.02 
 
 		 372 aa  124  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  27.4 
 
 		 369 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  26.51 
 
 		 362 aa  119  9e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.72 
 
 		 386 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  26.58 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  22.09 
 
 		 362 aa  113  7.000000000000001e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.85 
 
 		 382 aa  112  8.000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.86 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  26.98 
 
 		 366 aa  110  3e-23  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  110  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  24.5 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.19 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.26 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.43 
 
 		 370 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  25.21 
 
 		 375 aa  107  3e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  25.39 
 
 		 370 aa  107  4e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  25.42 
 
 		 373 aa  107  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 		 370 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  26.8 
 
 		 365 aa  105  2e-21  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  26.25 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.14 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  26.02 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  26.02 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  25.66 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  30.9 
 
 		 358 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  25.88 
 
 		 360 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  26.42 
 
 		 364 aa  103  5e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  25.92 
 
 		 375 aa  103  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  25.66 
 
 		 360 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  25.28 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  28.73 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  25.44 
 
 		 360 aa  102  1e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  26.91 
 
 		 374 aa  102  1e-20  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  25 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.07 
 
 		 374 aa  101  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  25 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.51 
 
 		 378 aa  101  3e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  27.73 
 
 		 368 aa  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  22.44 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  22.44 
 
 		 361 aa  101  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  27.7 
 
 		 376 aa  101  3e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  24.93 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  26.47 
 
 		 365 aa  99.8  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.23 
 
 		 377 aa  99.8  7e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  24.65 
 
 		 367 aa  99.4  9e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  28.61 
 
 		 402 aa  99.4  9e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  24.56 
 
 		 360 aa  99  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>