More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS05428 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  100 
 
 		 324 aa  653    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  83.61 
 
 		 305 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  83.61 
 
 		 305 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  51.88 
 
 		 327 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 301 aa  269  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 293 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  51.62 
 
 		 311 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  51.62 
 
 		 311 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  51.62 
 
 		 311 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  51.26 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 291 aa  259  4e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  48.07 
 
 		 293 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  49.12 
 
 		 346 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 315 aa  255  8e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 332 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 678 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  46.07 
 
 		 291 aa  248  7e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  52.35 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  52.03 
 
 		 251 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  48.71 
 
 		 311 aa  239  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  51.4 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  44.64 
 
 		 291 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 291 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 290 aa  230  2e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  42.2 
 
 		 291 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 291 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 291 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  43.91 
 
 		 289 aa  216  4e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  42.21 
 
 		 306 aa  206  6e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  41.99 
 
 		 288 aa  204  2e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5208  AraC family transcriptional regulator  42.14 
 
 		 314 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  41.97 
 
 		 322 aa  193  4e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  39.21 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  34.78 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 287 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  39.64 
 
 		 293 aa  183  3e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 304 aa  182  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 287 aa  175  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 289 aa  172  6.999999999999999e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 287 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 310 aa  162  6e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 305 aa  159  8e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  45.37 
 
 		 180 aa  95.9  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 309 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 281 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 281 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 277 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  38.97 
 
 		 272 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 		 318 aa  89.4  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 279 aa  87  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 299 aa  86.3  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  28.18 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 277 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  47.87 
 
 		 276 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 154 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 299 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  34.46 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.53 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  32.13 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  82.8  0.000000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  26.73 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  31.8 
 
 		 316 aa  82.8  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 202 aa  82.4  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 312 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5952  AraC family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 142 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.149338 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 361 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  41.28 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5090  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.893585 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4565  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.644708 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3487  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.1866 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5109  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.771046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 275 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0457  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.99008  normal  0.0292699 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3197  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 285 aa  81.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5170  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 355 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119945  normal  0.398909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 353 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  36.51 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  37.61 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.75 
 
 		 299 aa  80.1  0.00000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2645  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 156 aa  80.5  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.71 
 
 		 331 aa  79.7  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  31.82 
 
 		 334 aa  79.7  0.00000000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>