More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0516 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  100 
 
 		 298 aa  597  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  75.62 
 
 		 322 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  79.81 
 
 		 300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  65.15 
 
 		 292 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  68.14 
 
 		 295 aa  386  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  63.79 
 
 		 264 aa  365  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  52.19 
 
 		 240 aa  266  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  49.29 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  46.93 
 
 		 239 aa  222  7e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  71.63 
 
 		 234 aa  215  8e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  44.56 
 
 		 234 aa  207  1e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  43.37 
 
 		 264 aa  206  5e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  64.49 
 
 		 224 aa  176  6e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  57.43 
 
 		 255 aa  175  8e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  63.04 
 
 		 249 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  64.18 
 
 		 239 aa  170  2e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  60.43 
 
 		 228 aa  167  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  32.37 
 
 		 469 aa  126  5e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  31.05 
 
 		 349 aa  125  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.52 
 
 		 348 aa  125  1e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  32.73 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.56 
 
 		 330 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  32.63 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  48.15 
 
 		 227 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  32.04 
 
 		 350 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  35.15 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.77 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  30.41 
 
 		 455 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.9 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.54 
 
 		 330 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  31.67 
 
 		 348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  30.4 
 
 		 453 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  45.26 
 
 		 222 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 250 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  30.18 
 
 		 471 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  29.45 
 
 		 412 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  30.55 
 
 		 411 aa  112  7.000000000000001e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  28.57 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  35.19 
 
 		 330 aa  111  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  32.76 
 
 		 318 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  32.76 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  45.74 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  32.96 
 
 		 330 aa  108  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  31.63 
 
 		 350 aa  108  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  32.24 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.51 
 
 		 368 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.85 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 227 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.85 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.11 
 
 		 330 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  31.16 
 
 		 329 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  31.11 
 
 		 330 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  29.27 
 
 		 468 aa  102  6e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  29.27 
 
 		 468 aa  102  8e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  28.57 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  29.27 
 
 		 446 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  27.84 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  32.93 
 
 		 256 aa  98.2  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  30.27 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.55 
 
 		 458 aa  96.7  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  43.24 
 
 		 224 aa  95.9  7e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2869  tRNA pseudouridine synthase C  29.93 
 
 		 242 aa  95.5  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 324 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  28.25 
 
 		 293 aa  94  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  28.42 
 
 		 364 aa  93.6  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  30.42 
 
 		 222 aa  93.6  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  25.96 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  30.38 
 
 		 324 aa  90.9  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  30.38 
 
 		 578 aa  91.3  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  28.62 
 
 		 405 aa  91.7  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2380  pseudouridine synthase  31.52 
 
 		 238 aa  90.5  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0555647  normal  0.85539 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  27.8 
 
 		 364 aa  90.5  3e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3220  transaldolase  29.37 
 
 		 648 aa  90.9  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3160  RNA pseudouridine synthase family protein  29.82 
 
 		 250 aa  89.4  7e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.466098  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3654  pseudouridine synthase  31.6 
 
 		 225 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.599678  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 		 333 aa  88.6  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  29.39 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1096  pseudouridylate synthase  30.49 
 
 		 232 aa  87.8  2e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.63 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0596  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.45 
 
 		 308 aa  87.4  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000579613  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.19 
 
 		 348 aa  87.4  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1589  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.45 
 
 		 308 aa  87.4  3e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0462053  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  26.55 
 
 		 330 aa  86.7  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  28.42 
 
 		 245 aa  86.7  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  29.39 
 
 		 313 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  26.84 
 
 		 307 aa  86.3  5e-16  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  27.74 
 
 		 316 aa  86.3  6e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.03 
 
 		 403 aa  86.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  31.62 
 
 		 346 aa  85.5  9e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  25.28 
 
 		 308 aa  85.1  0.000000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  26.61 
 
 		 238 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3345  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.61 
 
 		 333 aa  85.1  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  27.82 
 
 		 318 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  28.69 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  32.95 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2894  tRNA pseudouridine synthase C  28.62 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.23 
 
 		 343 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2390  pseudouridine synthase, RluA family  26.78 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.837448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>