More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0226 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7151  ABC transporter substrate-binding protein  88.45 
 
 		 531 aa  950    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3602  extracellular solute-binding protein  67.86 
 
 		 539 aa  723    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170805  hitchhiker  0.00309347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0226  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 533 aa  1085    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1219  extracellular solute-binding protein  92.03 
 
 		 531 aa  1001    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0111682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0290  extracellular solute-binding protein  85.04 
 
 		 531 aa  895    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.752502  normal  0.021899 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0497  extracellular solute-binding protein  67.59 
 
 		 539 aa  743    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00026016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  65.46 
 
 		 539 aa  739    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0833  extracellular solute-binding protein family 5  92.47 
 
 		 532 aa  995    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  54.08 
 
 		 534 aa  600  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  54.04 
 
 		 534 aa  588  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0655  extracellular solute-binding protein  54.83 
 
 		 540 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1277  extracellular solute-binding protein  53.45 
 
 		 598 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1439  extracellular solute-binding protein family 5  53.25 
 
 		 540 aa  570  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3381  4-phytase  52.12 
 
 		 560 aa  565  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7150  putative oligopeptide ABC transporter (substrate binding protein)  49.36 
 
 		 557 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.144912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  49.36 
 
 		 555 aa  544  1e-153  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0225  extracellular solute-binding protein  47.81 
 
 		 553 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0832  4-phytase  49.54 
 
 		 553 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0405616  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0853  extracellular solute-binding protein family 5  47.87 
 
 		 552 aa  523  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0380  extracellular solute-binding protein  48.28 
 
 		 566 aa  518  1.0000000000000001e-145  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1932  extracellular solute-binding protein  46.79 
 
 		 586 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142751  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2065  extracellular solute-binding protein  48.65 
 
 		 605 aa  508  9.999999999999999e-143  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414534  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3376  extracellular solute-binding protein family 5  43.46 
 
 		 552 aa  474  1e-132  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0900  4-phytase  43.48 
 
 		 533 aa  452  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0202096 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3792  extracellular solute-binding protein  43.45 
 
 		 551 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.639455  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4619  4-phytase  42.75 
 
 		 544 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.715554  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.69 
 
 		 520 aa  187  5e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 528 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  29.81 
 
 		 509 aa  185  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.08 
 
 		 535 aa  170  7e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.92 
 
 		 531 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  29.77 
 
 		 519 aa  167  5e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  28.98 
 
 		 517 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 517 aa  166  8e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.79 
 
 		 542 aa  162  1e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.51 
 
 		 510 aa  162  1e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  28.79 
 
 		 519 aa  162  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  28.08 
 
 		 518 aa  161  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.62 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  28.93 
 
 		 517 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 526 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1686  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 		 514 aa  152  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.898408  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  30.49 
 
 		 509 aa  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.9 
 
 		 516 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  29.74 
 
 		 495 aa  149  1.0000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4243  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 		 521 aa  148  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  29.91 
 
 		 528 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  28.26 
 
 		 520 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.15 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.9 
 
 		 524 aa  147  5e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  29.15 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 521 aa  147  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  27.31 
 
 		 531 aa  147  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  28.07 
 
 		 490 aa  147  7.0000000000000006e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  28.14 
 
 		 527 aa  146  8.000000000000001e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 		 502 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 535 aa  143  9e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  26.9 
 
 		 519 aa  141  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  28.11 
 
 		 502 aa  142  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  29.46 
 
 		 535 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 		 512 aa  141  3e-32  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  28.38 
 
 		 510 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  29.25 
 
 		 535 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 		 495 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 526 aa  140  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 526 aa  140  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0663  extracellular solute-binding protein family 5  26.82 
 
 		 526 aa  140  7.999999999999999e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.373149  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.99 
 
 		 525 aa  140  7.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  28.64 
 
 		 545 aa  140  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 		 536 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 498 aa  139  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 528 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0685  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 526 aa  138  2e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0429103 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0666  extracellular solute-binding protein family 5  28.45 
 
 		 523 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404568  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0449  extracellular solute-binding protein  26.45 
 
 		 520 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  28.32 
 
 		 522 aa  137  4e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5070  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 495 aa  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.27843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0813  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 		 531 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.125368  normal  0.209584 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.77 
 
 		 565 aa  137  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6297  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 		 537 aa  137  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 521 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1651  extracellular solute-binding protein  28.74 
 
 		 516 aa  136  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  24.68 
 
 		 529 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.22 
 
 		 505 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 		 541 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5711  extracellular solute-binding protein family 5  28.51 
 
 		 550 aa  135  1.9999999999999998e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.789808 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0688  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 		 523 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.110035  normal  0.066295 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0062  extracellular solute-binding protein family 5  25.89 
 
 		 521 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  28.76 
 
 		 495 aa  135  3e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  25.82 
 
 		 529 aa  135  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  25.8 
 
 		 527 aa  134  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  28.42 
 
 		 521 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.33 
 
 		 497 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  27.27 
 
 		 510 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1792  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 514 aa  134  5e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0136295  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  25.15 
 
 		 529 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  31.82 
 
 		 521 aa  133  6.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>