233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2730 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  87.9 
 
 
440 aa  792  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  100 
 
 
440 aa  900  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  51.25 
 
 
423 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  51.25 
 
 
423 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  49.65 
 
 
427 aa  412  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  49.37 
 
 
424 aa  400  1e-110  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  44.5 
 
 
430 aa  349  5e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  44.39 
 
 
427 aa  331  1e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  43.6 
 
 
429 aa  328  1e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  42 
 
 
429 aa  328  1e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  43.53 
 
 
427 aa  328  1e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  43.06 
 
 
421 aa  327  2e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  43.35 
 
 
429 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  43.1 
 
 
429 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  42.08 
 
 
421 aa  314  2e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  42.08 
 
 
421 aa  313  3e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  41.88 
 
 
421 aa  309  5e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  41.24 
 
 
417 aa  308  1e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17320  outer membrane porin  40.8 
 
 
402 aa  308  1e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  41.01 
 
 
417 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  42.52 
 
 
422 aa  306  5e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  41.14 
 
 
417 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  42.69 
 
 
416 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  40.79 
 
 
433 aa  298  9e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  39.32 
 
 
433 aa  296  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.42 
 
 
418 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  39.4 
 
 
433 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  38.8 
 
 
429 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  38.57 
 
 
433 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  40 
 
 
423 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  38.36 
 
 
447 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  41.53 
 
 
409 aa  287  3e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  41.53 
 
 
409 aa  286  6e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  38.59 
 
 
420 aa  286  7e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  40.15 
 
 
416 aa  285  2e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  38.59 
 
 
420 aa  283  4e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  40.05 
 
 
427 aa  283  6e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  40.51 
 
 
426 aa  282  9e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  40.69 
 
 
428 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  40.45 
 
 
426 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  38.78 
 
 
417 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  39.64 
 
 
431 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  39.41 
 
 
431 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  41.5 
 
 
418 aa  280  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  40.05 
 
 
412 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  38.63 
 
 
416 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  38.93 
 
 
416 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  40.38 
 
 
417 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  39 
 
 
410 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  38.19 
 
 
417 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.42 
 
 
410 aa  275  2e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  40.8 
 
 
421 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00920  OprD family outer membrane porin  38.3 
 
 
423 aa  273  4e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  37.95 
 
 
410 aa  273  6e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  39.48 
 
 
418 aa  272  8e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  39.58 
 
 
422 aa  272  9e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  36.76 
 
 
463 aa  271  1e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  41.05 
 
 
418 aa  272  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.81 
 
 
418 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  40.81 
 
 
418 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  40.14 
 
 
417 aa  270  3e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  37 
 
 
460 aa  270  3e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  39.2 
 
 
417 aa  270  4e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22450  OprD family outer membrane porin  38.55 
 
 
422 aa  270  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  40.64 
 
 
416 aa  270  5e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  38.04 
 
 
416 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  37.9 
 
 
415 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  38.84 
 
 
439 aa  268  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  38.04 
 
 
416 aa  268  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26920  OprD family outer membrane porin  39.26 
 
 
424 aa  267  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  38.34 
 
 
443 aa  266  4e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  37.74 
 
 
408 aa  266  5e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.36 
 
 
418 aa  266  5e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  38.64 
 
 
422 aa  266  8e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  37.91 
 
 
442 aa  265  9e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  36.02 
 
 
416 aa  265  9e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  37.8 
 
 
416 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  39.75 
 
 
418 aa  264  3e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  39.6 
 
 
417 aa  262  8e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  38.28 
 
 
419 aa  262  8e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17140  outer membrane porin  37.53 
 
 
405 aa  261  2e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.209334  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  39.05 
 
 
415 aa  259  5e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  36.53 
 
 
439 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  39.35 
 
 
417 aa  259  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4306  outer membrane porin  37.67 
 
 
437 aa  258  2e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5281  outer membrane porin  37.41 
 
 
413 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  38.86 
 
 
395 aa  257  3e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  37.1 
 
 
439 aa  256  5e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  36.82 
 
 
416 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2517  BenF-like porin  36.92 
 
 
410 aa  254  2e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.274233  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  36.32 
 
 
411 aa  254  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49580  OprE-like outer membrane porin  36.09 
 
 
441 aa  253  6e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.607029  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  38.12 
 
 
416 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  39.22 
 
 
430 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  35.66 
 
 
440 aa  252  8e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31300  OprD family outer membrane porin  40.15 
 
 
429 aa  252  8e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21290  OprE-like outer membrane porin  34.48 
 
 
457 aa  252  1e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  38.73 
 
 
430 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  35.59 
 
 
408 aa  250  4e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  38.73 
 
 
430 aa  249  7e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.46891e-05  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>