228 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1235 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4212  outer membrane porin  82.67 
 
 
427 aa  707  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.861462  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4009  outer membrane porin  84.83 
 
 
422 aa  739  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246775  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1235  outer membrane porin  100 
 
 
421 aa  854  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188174  normal  0.966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1206  outer membrane porin  99.52 
 
 
421 aa  851  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1260  outer membrane porin  54.99 
 
 
425 aa  464  1e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  7.49415e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3212  outer membrane porin  54.84 
 
 
414 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.341701  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51880  basic amino acid, basic peptide and imipenem outer membrane porin OprD precursor  51.1 
 
 
443 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.286241  normal  0.0103947 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4550  basic amino acid/basic peptide/imipenem outer membrane porin OprD  50.11 
 
 
441 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2190  outer membrane porin  48.35 
 
 
417 aa  378  1e-103  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0522869  hitchhiker  0.0043507 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28400  outer membrane OprD family porin  49.77 
 
 
425 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.136229  hitchhiker  0.00818285 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2476  outer membrane protein  49.53 
 
 
425 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  48.36 
 
 
446 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.58939e-06  normal  0.0454814 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3987  porin D  47.05 
 
 
448 aa  358  8e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.286909  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0295  outer membrane porin  47.71 
 
 
428 aa  345  7e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.258921  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1400  outer membrane porin  46.17 
 
 
447 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.248292  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0294  outer membrane porin  46.98 
 
 
439 aa  332  1e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0268  outer membrane porin  46.76 
 
 
439 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00205695 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0284  outer membrane porin  46.76 
 
 
439 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314228  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3618  outer membrane porin  43.62 
 
 
441 aa  331  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.088636  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4419  outer membrane porin  47.93 
 
 
448 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507634  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0064  outer membrane porin  44.47 
 
 
418 aa  327  3e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0645144  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4940  outer membrane porin  46.76 
 
 
439 aa  326  4e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.849665  hitchhiker  1.84372e-07 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0046  porin, putative  42.45 
 
 
447 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  5.82651e-06 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0060  outer membrane porin  42.45 
 
 
447 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.203485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0060  outer membrane porin  42.45 
 
 
447 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.360119  hitchhiker  0.00983666 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0063  outer membrane porin  42.45 
 
 
447 aa  322  8e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000166078 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2214  outer membrane porin  43.15 
 
 
440 aa  322  1e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0154417  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4930  outer membrane porin  45.62 
 
 
424 aa  317  2e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1171  outer membrane porin  42.54 
 
 
446 aa  316  4e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00378662  normal  0.540471 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5391  outer membrane porin, OprD family  44.7 
 
 
424 aa  315  1e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2286  outer membrane porin  43.94 
 
 
447 aa  312  8e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.197845  normal  0.381133 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2103  outer membrane porin  44.04 
 
 
447 aa  309  7e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262229  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3630  porin, putative  43.81 
 
 
447 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4807  outer membrane porin  41.8 
 
 
441 aa  308  1e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  41.78 
 
 
421 aa  308  2e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  41.55 
 
 
421 aa  307  3e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0369  outer membrane porin, OprD family  41.02 
 
 
441 aa  306  5e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2708  outer membrane porin  42.14 
 
 
431 aa  305  1e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.268867 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2734  putative porin  42.86 
 
 
455 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34191  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34040  OprD family outer membrane porin  41.76 
 
 
431 aa  297  2e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  38.58 
 
 
416 aa  294  2e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  41.07 
 
 
421 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0224  outer membrane porin  41.29 
 
 
420 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.79572 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3290  outer membrane porin, OprD family  38.93 
 
 
441 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.609631  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  40.99 
 
 
427 aa  288  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32270  putative porin  40.98 
 
 
448 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  39.81 
 
 
412 aa  286  4e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2054  outer membrane porin  39.64 
 
 
445 aa  286  6e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.796025  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  39.32 
 
 
422 aa  285  1e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  40 
 
 
427 aa  284  2e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1925  outer membrane porin  39.49 
 
 
445 aa  283  5e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0782897 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  39.7 
 
 
429 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  37.36 
 
 
421 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  40.98 
 
 
415 aa  278  1e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  39.75 
 
 
410 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  38.53 
 
 
410 aa  276  5e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  39.02 
 
 
417 aa  275  9e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  38.27 
 
 
429 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  38.71 
 
 
429 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  38.96 
 
 
429 aa  275  1e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5250  porin, putative  40.64 
 
 
420 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  38.55 
 
 
410 aa  274  2e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5160  outer membrane porin  40.25 
 
 
420 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.264325 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3977  putative porin  36.55 
 
 
435 aa  270  2e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.598863  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  37.32 
 
 
433 aa  270  3e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  38.39 
 
 
416 aa  269  8e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29220  putative porin  36.47 
 
 
435 aa  268  9e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.655739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  37.5 
 
 
411 aa  267  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  37.47 
 
 
416 aa  263  5e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  39.25 
 
 
418 aa  263  6e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  38.19 
 
 
418 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  36.02 
 
 
433 aa  259  5e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  38.5 
 
 
418 aa  259  7e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  36.73 
 
 
433 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  38.37 
 
 
418 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  36.51 
 
 
418 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  36.6 
 
 
417 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  39.8 
 
 
409 aa  256  5e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  37.2 
 
 
429 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  38.66 
 
 
418 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  36.78 
 
 
417 aa  256  8e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  40.05 
 
 
409 aa  255  9e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  37.41 
 
 
419 aa  255  9e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  36.97 
 
 
433 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  38.13 
 
 
418 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  37.23 
 
 
422 aa  254  1e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2999  outer membrane porin  36.23 
 
 
449 aa  255  1e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.489331  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.26 
 
 
418 aa  255  1e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02020  putative outer membrane porin  38.16 
 
 
444 aa  254  2e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.485691 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2754  porin, putative  36.01 
 
 
479 aa  254  2e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  37.47 
 
 
423 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  35.86 
 
 
417 aa  253  3e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  38.29 
 
 
430 aa  253  6e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  38.05 
 
 
417 aa  253  7e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  37.68 
 
 
395 aa  252  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  38.33 
 
 
415 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  37.44 
 
 
417 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  37.27 
 
 
412 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  37.75 
 
 
417 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  36.6 
 
 
412 aa  250  3e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>