More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3251 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3251  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  580  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.139103 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2587  LuxR family transcriptional regulator  97.5 
 
 		 280 aa  566  1e-160  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0358062  normal  0.430196 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3129  LuxR family transcriptional regulator  96.07 
 
 		 303 aa  561  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2873  LuxR family transcriptional regulator  59.57 
 
 		 282 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.246205  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45250  putative transcriptional regulator  43.63 
 
 		 268 aa  196  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3842  putative transcriptional regulator  43.63 
 
 		 268 aa  193  2e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0590  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.822458  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2324  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 257 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0878  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 257 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1105  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1019  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 266 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1845  LuxR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 257 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.301448  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4290  LuxR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 266 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.397968 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4046  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4320  LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.2813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1686  LuxR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 266 aa  158  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.158074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3201  LuxR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 266 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2590  LuxR family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 263 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.572263  normal  0.168073 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4558  LuxR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 266 aa  157  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4209  LuxR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 266 aa  156  3e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.602642  normal  0.235438 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3735  LuxR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 266 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1652  LuxR family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1191  LuxR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 275 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4373  LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.489834  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3993  LuxR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 272 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3530  LuxR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 272 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.941293 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1542  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 262 aa  136  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.409159  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 268 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3847  LuxR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 265 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126392  normal  0.51742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17720  LuxR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000142633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2608  LuxR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 269 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.237341  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1637  LuxR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 272 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00717804  n/a   
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4854  response regulator receiver protein  31.8 
 
 		 262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63520  putative transcriptional regulator  37.33 
 
 		 227 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.498884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3531  LuxR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 257 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.272328  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3717  LuxR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 299 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.314676 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2047  LuxR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.909025  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4514  LuxR family transcriptional regulator  32 
 
 		 263 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333975  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2190  LuxR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 298 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.429309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3525  response regulator receiver protein  33.2 
 
 		 274 aa  128  9.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.243537  normal  0.113939 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2589  LuxR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 262 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.658278  normal  0.222146 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0062  LuxR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 275 aa  125  6e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3042  LuxR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.494353  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0320  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 275 aa  123  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319961 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3769  regulatory protein, LuxR  33.2 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.997171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6179  transcriptional regulator, LuxR family  36.87 
 
 		 267 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2166  response regulator receiver protein  36.18 
 
 		 247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0389  LuxR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1180  LuxR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 267 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4769  transcriptional regulator, LuxR family  29.39 
 
 		 284 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.141742  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5001  transcriptional regulator, LuxR family  33.66 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0160  response regulator receiver protein  31.69 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3824  LuxR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 267 aa  99  8e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00247699  normal  0.327982 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0016  LuxR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 267 aa  98.6  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 252 aa  96.7  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2049  response regulator receiver protein  30.92 
 
 		 265 aa  95.9  6e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3582  response regulator receiver protein  33.5 
 
 		 263 aa  95.1  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000650  transcriptional regulator LuxR family  24.22 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06519  hypothetical protein  25.66 
 
 		 273 aa  90.1  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3175  response regulator receiver protein  26.05 
 
 		 250 aa  87  3e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000721008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3411  LuxR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 290 aa  85.9  6e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0444105 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3718  response regulator receiver protein  28.46 
 
 		 264 aa  79.3  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1220  LuxR family transcriptional regulator  24.28 
 
 		 272 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.581514 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2812  transcriptional regulator, LuxR family  47.37 
 
 		 522 aa  59.3  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000674561  hitchhiker  0.0000653029 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0461  transcriptional regulator, LuxR family  48.15 
 
 		 542 aa  57.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2779  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 505 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.980405 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2786  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 511 aa  57  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0490323 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2655  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 470 aa  56.6  0.0000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.149331 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00480  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  35.53 
 
 		 606 aa  56.2  0.0000006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00118843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4823  two component transcriptional regulator, LuxR family  50.77 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.103693  normal  0.11387 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2723  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 509 aa  56.2  0.0000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.397924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4239  regulatory protein, LuxR  28.8 
 
 		 312 aa  55.8  0.0000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.117477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7524  LuxR family transcriptional regulator  25 
 
 		 285 aa  55.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03610  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.35 
 
 		 470 aa  55.5  0.000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.166414  normal  0.0491532 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10980  hypothetical protein  25.51 
 
 		 284 aa  55.5  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.741598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0618  LuxR family transcriptional regulator  22.88 
 
 		 215 aa  54.3  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2523  regulatory protein, LuxR  39.44 
 
 		 879 aa  54.7  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2688  transcriptional regulator, LuxR family  44.44 
 
 		 470 aa  53.9  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4166  LuxR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2824  transcriptional regulator, LuxR family  43.64 
 
 		 550 aa  53.5  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2837  response regulator receiver protein  40 
 
 		 262 aa  53.9  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00000311945  normal  0.812847 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13650  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  44.44 
 
 		 464 aa  53.9  0.000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5547  putative LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 276 aa  53.9  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 221 aa  53.9  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4689  LuxR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 243 aa  53.5  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2103  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 210 aa  53.1  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11580  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  40.51 
 
 		 515 aa  53.1  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.937657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1626  two component LuxR family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 194 aa  53.1  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.947018 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0368  transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 516 aa  53.1  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0436  transcriptional regulator, LuxR family  35.71 
 
 		 501 aa  52.8  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1600  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 207 aa  52.8  0.000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1037  transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 363 aa  52.4  0.000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.760351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3871  regulatory protein, LuxR  46.67 
 
 		 913 aa  52.4  0.000009  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.760244  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13460  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  41.54 
 
 		 472 aa  52.4  0.000009  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 218 aa  52.4  0.000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4328  transcriptional regulator, LuxR family  36.36 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00000000127099  normal  0.0225245 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0630  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 528 aa  51.6  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4059  two component LuxR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 212 aa  52  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.111025  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06810  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.18 
 
 		 520 aa  50.8  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.521043 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0613  nitrate/nitrite response regulator NarP  32 
 
 		 208 aa  51.6  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>