More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_2319 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011060  Ppha_2319  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  100 
 
 
578 aa  1192    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000648814  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0696  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  81.08 
 
 
577 aa  1002    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0038  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  75.26 
 
 
578 aa  911    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.093726  normal  0.0842207 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1954  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  77.2 
 
 
579 aa  967    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.151886  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0031  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  74.91 
 
 
578 aa  921    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.43195 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0130  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  79.07 
 
 
578 aa  986    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2158  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  52.49 
 
 
585 aa  613  9.999999999999999e-175  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.625717  normal  0.662886 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  41.17 
 
 
579 aa  462  1e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1661  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  40.42 
 
 
648 aa  457  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2193  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  38.95 
 
 
648 aa  431  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.119268  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1959  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  39.62 
 
 
647 aa  431  1e-119  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2477  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  40.54 
 
 
653 aa  422  1e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2152  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  37.15 
 
 
571 aa  341  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000764519 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0770  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.16 
 
 
546 aa  336  7e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2184  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  37.34 
 
 
541 aa  333  7.000000000000001e-90  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.544077  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2358  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  37.73 
 
 
544 aa  327  3e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2274  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.35 
 
 
542 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0531449  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2986  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.86 
 
 
552 aa  320  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.144587 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4108  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.81 
 
 
543 aa  317  3e-85  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112813  normal  0.10156 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0703  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.99 
 
 
543 aa  306  8.000000000000001e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4866  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.05 
 
 
559 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4955  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.05 
 
 
559 aa  295  2e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5234  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.05 
 
 
558 aa  292  1e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.542472  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.59 
 
 
996 aa  291  2e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  34.1 
 
 
1487 aa  263  6e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  32.98 
 
 
688 aa  262  1e-68  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  36.11 
 
 
699 aa  256  8e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.7 
 
 
1073 aa  253  5.000000000000001e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.58 
 
 
1481 aa  251  2e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.34 
 
 
1126 aa  251  3e-65  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  32.47 
 
 
658 aa  249  8e-65  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  32.97 
 
 
654 aa  249  9e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.73 
 
 
891 aa  246  6e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  31 
 
 
1150 aa  238  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  33.27 
 
 
895 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.1 
 
 
555 aa  233  8.000000000000001e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  32.69 
 
 
914 aa  231  4e-59  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2159  glutamate synthase alpha subunit  31.89 
 
 
771 aa  229  7e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.681462  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2600  glutamate synthase, alpha subunit-like  31.83 
 
 
771 aa  229  8e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.63 
 
 
653 aa  228  2e-58  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.77 
 
 
1426 aa  225  1e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  28.34 
 
 
653 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  31.3 
 
 
653 aa  225  2e-57  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.39 
 
 
1410 aa  224  3e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.03 
 
 
1424 aa  220  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.53 
 
 
1406 aa  220  6e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.33 
 
 
1480 aa  220  7e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0539  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.82 
 
 
483 aa  218  2e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000497626  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1370  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.07 
 
 
794 aa  216  8e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1377  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.14 
 
 
793 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.118947  normal  0.859258 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1723  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.46 
 
 
777 aa  215  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  29.53 
 
 
1385 aa  214  2.9999999999999995e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.59 
 
 
1425 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0977  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  32.6 
 
 
1105 aa  214  3.9999999999999995e-54  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000028046  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.88 
 
 
1432 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1594  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.31 
 
 
609 aa  213  5.999999999999999e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  31.49 
 
 
1412 aa  213  5.999999999999999e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.3 
 
 
1432 aa  213  7e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.41 
 
 
1425 aa  212  1e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.81 
 
 
659 aa  213  1e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.13 
 
 
1440 aa  213  1e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.23 
 
 
1421 aa  212  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.73 
 
 
1428 aa  211  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  34.07 
 
 
468 aa  211  3e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.12 
 
 
1432 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  30.2 
 
 
1440 aa  211  3e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00210  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.03 
 
 
612 aa  211  4e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.301732 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2205  putative oxidoreductase  35.22 
 
 
598 aa  210  5e-53  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.204646  normal  0.261416 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  30.88 
 
 
1387 aa  210  6e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  33.85 
 
 
468 aa  209  8e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  29.23 
 
 
1425 aa  209  1e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0240  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.62 
 
 
652 aa  209  2e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.931627 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16540  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  30.4 
 
 
612 aa  207  3e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000430303  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25290  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.12 
 
 
612 aa  207  3e-52  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6307  putative 2-ketoglutarate  30.38 
 
 
599 aa  207  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.747625  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  32.67 
 
 
493 aa  207  5e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0550  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  32.86 
 
 
463 aa  206  9e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2276  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.19 
 
 
776 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3235  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.68 
 
 
596 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  33.33 
 
 
471 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.71 
 
 
476 aa  200  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1069  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.4 
 
 
465 aa  200  7e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000858078  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1136  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.93 
 
 
598 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0423  selenate reductase YgfK  31.2 
 
 
1075 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  34.75 
 
 
469 aa  198  3e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0084  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.18 
 
 
476 aa  198  3e-49  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  33.41 
 
 
470 aa  197  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  33.72 
 
 
464 aa  196  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  33.56 
 
 
470 aa  196  1e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2109  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  33.41 
 
 
445 aa  196  1e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.544287  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2853  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.2 
 
 
614 aa  195  2e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0167  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  33.89 
 
 
465 aa  195  2e-48  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.609581  normal  0.315729 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  29.04 
 
 
656 aa  194  3e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2800  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29.12 
 
 
608 aa  194  3e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.563471  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0793  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  31 
 
 
761 aa  194  3e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.272826  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.49 
 
 
670 aa  194  4e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3262  glutamate synthase subunit beta  32.59 
 
 
487 aa  194  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  34.5 
 
 
469 aa  194  5e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  32.32 
 
 
479 aa  193  6e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1067  putative glutamate synthase (NADPH)  28.87 
 
 
597 aa  192  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>