More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0792 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  43 
 
 		 898 aa  680    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.89 
 
 		 1428 aa  2013    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.36 
 
 		 879 aa  714    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.43 
 
 		 1426 aa  1996    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.47 
 
 		 901 aa  741    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.07 
 
 		 1440 aa  2063    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.67 
 
 		 900 aa  692    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  47.93 
 
 		 695 aa  652    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.93 
 
 		 886 aa  679    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.7 
 
 		 688 aa  650    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.17 
 
 		 1424 aa  2016    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.76 
 
 		 917 aa  737    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.31 
 
 		 1425 aa  2012    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.1 
 
 		 1425 aa  2010    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  47.41 
 
 		 899 aa  744    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  48.7 
 
 		 689 aa  669    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.39 
 
 		 893 aa  727    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.61 
 
 		 688 aa  645    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.18 
 
 		 1440 aa  2035    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.39 
 
 		 686 aa  645    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.64 
 
 		 1421 aa  2034    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  48.54 
 
 		 687 aa  646    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.45 
 
 		 1410 aa  1952    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  49.57 
 
 		 688 aa  674    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  60.58 
 
 		 1387 aa  1647    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.98 
 
 		 900 aa  692    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.49 
 
 		 1432 aa  1995    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.42 
 
 		 1432 aa  1997    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 1406 aa  2933    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.73 
 
 		 677 aa  637    Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.45 
 
 		 1425 aa  2016    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  60.36 
 
 		 1385 aa  1703    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  59.47 
 
 		 1412 aa  1681    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  49.71 
 
 		 687 aa  658    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  45 
 
 		 920 aa  667    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.85 
 
 		 893 aa  726    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.98 
 
 		 893 aa  719    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.15 
 
 		 905 aa  661    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.77 
 
 		 1432 aa  2011    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.01 
 
 		 904 aa  727    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.55 
 
 		 674 aa  635  1e-180  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.4 
 
 		 674 aa  631  1e-179  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.9 
 
 		 674 aa  632  1e-179  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.74 
 
 		 906 aa  631  1e-179  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.51 
 
 		 911 aa  625  1e-177  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.97 
 
 		 945 aa  619  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.29 
 
 		 674 aa  623  1e-176  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.43 
 
 		 903 aa  617  1e-175  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.98 
 
 		 927 aa  607  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.46 
 
 		 937 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.4 
 
 		 925 aa  602  1e-170  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.52 
 
 		 989 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.73 
 
 		 988 aa  598  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.01 
 
 		 989 aa  599  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.01 
 
 		 989 aa  598  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.73 
 
 		 988 aa  598  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.65 
 
 		 989 aa  592  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.29 
 
 		 947 aa  587  1e-166  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.68 
 
 		 988 aa  589  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  36.46 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.69 
 
 		 984 aa  589  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 984 aa  587  1e-166  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.01 
 
 		 676 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.15 
 
 		 676 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.8 
 
 		 984 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.99 
 
 		 924 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.26 
 
 		 984 aa  585  1.0000000000000001e-165  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.86 
 
 		 676 aa  582  1e-164  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  44.03 
 
 		 745 aa  581  1e-164  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.73 
 
 		 933 aa  579  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.01 
 
 		 983 aa  579  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.84 
 
 		 1000 aa  577  1.0000000000000001e-163  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.52 
 
 		 950 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.4 
 
 		 966 aa  574  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.02 
 
 		 924 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.77 
 
 		 956 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  35.87 
 
 		 977 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.65 
 
 		 983 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.64 
 
 		 949 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.84 
 
 		 983 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2427  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.16 
 
 		 929 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.84 
 
 		 983 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.52 
 
 		 950 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 		 960 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.44 
 
 		 960 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.72 
 
 		 983 aa  573  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.75 
 
 		 982 aa  570  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.2 
 
 		 952 aa  573  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  37.3 
 
 		 982 aa  571  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.62 
 
 		 953 aa  572  1e-161  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  36.42 
 
 		 957 aa  572  1e-161  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.65 
 
 		 983 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.4 
 
 		 950 aa  573  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.37 
 
 		 967 aa  568  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0337  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.08 
 
 		 955 aa  568  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.53 
 
 		 963 aa  567  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.93 
 
 		 957 aa  568  1e-160  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>