More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0825 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.92 
 
 		 893 aa  731    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.16 
 
 		 1424 aa  2467    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  58.42 
 
 		 1387 aa  1638    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.77 
 
 		 886 aa  703    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.75 
 
 		 911 aa  640    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  91.41 
 
 		 1428 aa  2733    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.2 
 
 		 686 aa  643    Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  48.14 
 
 		 689 aa  668    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  47.19 
 
 		 695 aa  637    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.6 
 
 		 906 aa  660    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.72 
 
 		 893 aa  757    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.06 
 
 		 1410 aa  1984    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.95 
 
 		 1425 aa  2496    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.84 
 
 		 917 aa  761    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.74 
 
 		 901 aa  735    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  48.3 
 
 		 899 aa  756    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.05 
 
 		 900 aa  733    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.95 
 
 		 1425 aa  2496    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.35 
 
 		 688 aa  646    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.63 
 
 		 1440 aa  2041    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  58.14 
 
 		 1412 aa  1667    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  47.27 
 
 		 687 aa  640    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.19 
 
 		 900 aa  701    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.97 
 
 		 1421 aa  2521    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.52 
 
 		 898 aa  707    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  48.64 
 
 		 687 aa  650    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.99 
 
 		 893 aa  731    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.85 
 
 		 688 aa  646    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 1432 aa  2977    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  98.53 
 
 		 1432 aa  2929    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.49 
 
 		 1406 aa  2008    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.09 
 
 		 1426 aa  1948    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.69 
 
 		 879 aa  737    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.93 
 
 		 688 aa  657    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.97 
 
 		 920 aa  640    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  59.36 
 
 		 1385 aa  1701    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.63 
 
 		 905 aa  668    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  96.65 
 
 		 1432 aa  2859    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  84.3 
 
 		 1425 aa  2508    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.42 
 
 		 904 aa  736    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.1 
 
 		 1440 aa  1997    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 		 903 aa  625  1e-177  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.81 
 
 		 677 aa  617  1e-175  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.11 
 
 		 674 aa  617  1e-175  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.53 
 
 		 674 aa  615  9.999999999999999e-175  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.49 
 
 		 674 aa  614  9.999999999999999e-175  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.68 
 
 		 674 aa  614  9.999999999999999e-175  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.4 
 
 		 676 aa  601  1e-170  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.25 
 
 		 676 aa  597  1e-169  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.25 
 
 		 676 aa  599  1e-169  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.6 
 
 		 945 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 		 967 aa  585  1.0000000000000001e-165  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  43.1 
 
 		 745 aa  585  1.0000000000000001e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.39 
 
 		 927 aa  585  1.0000000000000001e-165  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.29 
 
 		 924 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.7 
 
 		 947 aa  582  1e-164  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  37.45 
 
 		 984 aa  581  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.45 
 
 		 984 aa  580  1e-164  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.91 
 
 		 988 aa  582  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.58 
 
 		 984 aa  582  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 984 aa  579  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 984 aa  579  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.68 
 
 		 937 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 984 aa  579  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 984 aa  579  1.0000000000000001e-163  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.8 
 
 		 988 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.15 
 
 		 688 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.58 
 
 		 984 aa  575  1.0000000000000001e-162  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.8 
 
 		 988 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.55 
 
 		 933 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.2 
 
 		 989 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.21 
 
 		 966 aa  572  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4119  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.66 
 
 		 754 aa  572  1e-161  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  37.5 
 
 		 977 aa  572  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.9 
 
 		 949 aa  570  1e-161  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  38 
 
 		 989 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.48 
 
 		 978 aa  569  1e-160  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.77 
 
 		 956 aa  568  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  38 
 
 		 989 aa  567  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1038  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.8 
 
 		 1130 aa  568  1e-160  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.82 
 
 		 689 aa  568  1e-160  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4160  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.44 
 
 		 1110 aa  569  1e-160  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.129392  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4746  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.66 
 
 		 1111 aa  570  1e-160  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.879601  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.07 
 
 		 925 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.34 
 
 		 983 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.04 
 
 		 959 aa  565  1.0000000000000001e-159  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.33 
 
 		 952 aa  563  1.0000000000000001e-159  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.26 
 
 		 989 aa  566  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 924 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 983 aa  565  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.4 
 
 		 983 aa  563  1e-158  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.42 
 
 		 944 aa  563  1e-158  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2823  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.58 
 
 		 949 aa  561  1e-158  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.156592  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.15 
 
 		 953 aa  562  1e-158  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.1 
 
 		 983 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3681  molybdopterin oxidoreductase family protein  36.94 
 
 		 979 aa  561  1e-158  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.725199  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.92 
 
 		 952 aa  561  1e-158  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.1 
 
 		 983 aa  561  1e-158  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.1 
 
 		 983 aa  562  1e-158  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.46 
 
 		 983 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>