More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0838 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.76 
 
 		 1425 aa  1987    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.42 
 
 		 1410 aa  2096    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.47 
 
 		 886 aa  682    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.16 
 
 		 893 aa  738    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.09 
 
 		 1428 aa  1993    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.56 
 
 		 687 aa  641    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.19 
 
 		 1426 aa  2225    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  59.18 
 
 		 1385 aa  1727    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.76 
 
 		 1425 aa  1990    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  47.86 
 
 		 689 aa  658    Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.62 
 
 		 1424 aa  2000    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.1 
 
 		 898 aa  670    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  57.88 
 
 		 1412 aa  1694    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.24 
 
 		 1421 aa  2014    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  45.61 
 
 		 899 aa  734    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.26 
 
 		 917 aa  732    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.65 
 
 		 1440 aa  2191    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  58.67 
 
 		 1387 aa  1676    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  44 
 
 		 901 aa  721    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.87 
 
 		 900 aa  703    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.55 
 
 		 1425 aa  1982    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.1 
 
 		 1432 aa  1978    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.98 
 
 		 1432 aa  1977    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.18 
 
 		 1406 aa  2035    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.82 
 
 		 879 aa  738    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  43 
 
 		 893 aa  711    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.57 
 
 		 688 aa  642    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  47.87 
 
 		 688 aa  646    Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.19 
 
 		 893 aa  711    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 1440 aa  3000    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.96 
 
 		 900 aa  684    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.41 
 
 		 905 aa  693    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  66.17 
 
 		 1432 aa  1980    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.56 
 
 		 904 aa  734    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  46.91 
 
 		 686 aa  633  1e-180  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  46.56 
 
 		 687 aa  632  1e-179  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  45.86 
 
 		 695 aa  627  1e-178  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.71 
 
 		 688 aa  627  1e-178  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.18 
 
 		 920 aa  627  1e-178  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.48 
 
 		 903 aa  624  1e-177  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  45.53 
 
 		 677 aa  623  1e-177  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.97 
 
 		 945 aa  619  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.19 
 
 		 937 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.66 
 
 		 911 aa  612  1e-173  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.5 
 
 		 925 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.75 
 
 		 674 aa  601  1e-170  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.69 
 
 		 906 aa  602  1e-170  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.3 
 
 		 927 aa  599  1e-169  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.17 
 
 		 674 aa  593  1e-168  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.2 
 
 		 674 aa  594  1e-168  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.03 
 
 		 674 aa  590  1e-167  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.61 
 
 		 989 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  42.56 
 
 		 745 aa  584  1.0000000000000001e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.35 
 
 		 989 aa  584  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2427  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.69 
 
 		 929 aa  580  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.09 
 
 		 933 aa  582  1e-164  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 989 aa  579  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.75 
 
 		 988 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 989 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.67 
 
 		 953 aa  579  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.77 
 
 		 676 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4746  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.72 
 
 		 1111 aa  575  1.0000000000000001e-162  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.879601  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.44 
 
 		 988 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.44 
 
 		 988 aa  576  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4160  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.29 
 
 		 1110 aa  575  1.0000000000000001e-162  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.129392  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.51 
 
 		 924 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.49 
 
 		 676 aa  572  1e-161  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0337  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.68 
 
 		 955 aa  568  1e-160  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.05 
 
 		 676 aa  568  1e-160  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.49 
 
 		 688 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.94 
 
 		 957 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.36 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  35.36 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.68 
 
 		 963 aa  560  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.36 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.36 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.36 
 
 		 984 aa  561  1e-158  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.24 
 
 		 984 aa  563  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.69 
 
 		 947 aa  556  1e-157  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.28 
 
 		 689 aa  558  1e-157  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.71 
 
 		 983 aa  556  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 983 aa  557  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0464  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.34 
 
 		 987 aa  556  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3269  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.73 
 
 		 942 aa  558  1e-157  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.38 
 
 		 924 aa  558  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1341  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.45 
 
 		 987 aa  553  1e-156  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2823  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.25 
 
 		 949 aa  555  1e-156  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.156592  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.41 
 
 		 956 aa  555  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 984 aa  556  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 983 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.48 
 
 		 983 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.36 
 
 		 966 aa  551  1e-155  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1038  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.66 
 
 		 1130 aa  551  1e-155  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.44 
 
 		 983 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.21 
 
 		 967 aa  549  1e-154  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.24 
 
 		 994 aa  548  1e-154  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4119  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.14 
 
 		 754 aa  548  1e-154  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3470  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.13 
 
 		 963 aa  547  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.873157  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.32 
 
 		 983 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>