More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4072 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.42 
 
 		 925 aa  1234    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.79 
 
 		 988 aa  1121    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.01 
 
 		 917 aa  687    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.9 
 
 		 893 aa  676    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.48 
 
 		 937 aa  1296    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3470  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.84 
 
 		 963 aa  1519    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.873157  normal  0.153183 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.35 
 
 		 933 aa  1038    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.91 
 
 		 989 aa  1126    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.27 
 
 		 988 aa  1127    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  41.85 
 
 		 899 aa  710    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.52 
 
 		 900 aa  660    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.91 
 
 		 989 aa  1132    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.79 
 
 		 988 aa  1122    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.23 
 
 		 898 aa  667    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3269  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.27 
 
 		 942 aa  1487    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.964291  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  64.2 
 
 		 945 aa  1290    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.65 
 
 		 879 aa  703    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.02 
 
 		 953 aa  1081    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  55.67 
 
 		 924 aa  1056    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  53.08 
 
 		 924 aa  988    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2797  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.73 
 
 		 961 aa  1521    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.265518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2427  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.59 
 
 		 929 aa  1068    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  79.31 
 
 		 963 aa  1638    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0337  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.22 
 
 		 955 aa  1098    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 		 957 aa  1986    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  62.58 
 
 		 927 aa  1142    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6354  putative formate dehydrogenase alpha subunit  46.65 
 
 		 909 aa  834    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353316 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0293  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.43 
 
 		 989 aa  1145    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.36 
 
 		 900 aa  667    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.91 
 
 		 886 aa  671    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.64 
 
 		 893 aa  669    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.27 
 
 		 905 aa  654    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  58.91 
 
 		 989 aa  1125    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.54 
 
 		 904 aa  696    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2823  formate dehydrogenase, alpha subunit  57.53 
 
 		 949 aa  1066    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.156592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.15 
 
 		 893 aa  632  1e-180  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.72 
 
 		 911 aa  619  1e-176  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.19 
 
 		 920 aa  622  1e-176  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.12 
 
 		 901 aa  617  1e-175  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.34 
 
 		 906 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.48 
 
 		 677 aa  592  1e-167  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  41.13 
 
 		 1385 aa  585  1.0000000000000001e-165  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.18 
 
 		 947 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.81 
 
 		 903 aa  571  1e-161  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.93 
 
 		 1406 aa  568  1e-160  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.68 
 
 		 1440 aa  567  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  39.66 
 
 		 1412 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.94 
 
 		 1440 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.46 
 
 		 951 aa  563  1.0000000000000001e-159  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  39.63 
 
 		 1387 aa  564  1.0000000000000001e-159  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.03 
 
 		 1421 aa  558  1e-157  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0641  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.37 
 
 		 979 aa  553  1e-156  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.68 
 
 		 944 aa  555  1e-156  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.72 
 
 		 960 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.72 
 
 		 967 aa  555  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.91 
 
 		 956 aa  553  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.4 
 
 		 960 aa  552  1e-156  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.33 
 
 		 952 aa  555  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 949 aa  555  1e-156  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.58 
 
 		 688 aa  553  1e-156  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.72 
 
 		 1428 aa  552  1e-155  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.89 
 
 		 948 aa  552  1e-155  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.62 
 
 		 960 aa  552  1e-155  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  33.75 
 
 		 977 aa  552  1e-155  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.49 
 
 		 946 aa  552  1e-155  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.75 
 
 		 983 aa  551  1e-155  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.68 
 
 		 959 aa  551  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.58 
 
 		 959 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.04 
 
 		 982 aa  546  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.64 
 
 		 983 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  41.58 
 
 		 695 aa  547  1e-154  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.93 
 
 		 948 aa  548  1e-154  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.76 
 
 		 952 aa  548  1e-154  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.22 
 
 		 1425 aa  548  1e-154  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.86 
 
 		 1425 aa  547  1e-154  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.17 
 
 		 674 aa  546  1e-154  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.89 
 
 		 688 aa  548  1e-154  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.9 
 
 		 983 aa  545  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.1 
 
 		 1425 aa  545  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.88 
 
 		 984 aa  543  1e-153  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.69 
 
 		 676 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.94 
 
 		 979 aa  542  9.999999999999999e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  40.31 
 
 		 689 aa  542  9.999999999999999e-153  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.85 
 
 		 1424 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.61 
 
 		 1410 aa  542  9.999999999999999e-153  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.32 
 
 		 674 aa  542  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.44 
 
 		 946 aa  542  9.999999999999999e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  33.72 
 
 		 982 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  34.52 
 
 		 957 aa  541  9.999999999999999e-153  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.36 
 
 		 984 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.6 
 
 		 1432 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.51 
 
 		 950 aa  541  9.999999999999999e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  33.13 
 
 		 959 aa  539  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.32 
 
 		 674 aa  541  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.46 
 
 		 674 aa  542  9.999999999999999e-153  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>