More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2274 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA0770  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  65.05 
 
 
546 aa  736    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2274  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  100 
 
 
542 aa  1132    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0531449  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2986  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  56.67 
 
 
552 aa  645    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.144587 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4108  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  58.69 
 
 
543 aa  638    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  0.00112813  normal  0.10156 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5234  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  57.41 
 
 
558 aa  617  1e-175  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.542472  normal  0.83486 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4866  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  56.85 
 
 
559 aa  611  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4955  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  56.85 
 
 
559 aa  611  9.999999999999999e-175  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2152  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  53.39 
 
 
571 aa  601  1e-170  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000764519 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2184  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  55.92 
 
 
541 aa  598  1e-170  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.544077  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2358  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  51.05 
 
 
544 aa  529  1e-149  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.660626  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0703  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  49.34 
 
 
543 aa  499  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2319  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  35.35 
 
 
578 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.00000648814  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0696  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.39 
 
 
577 aa  317  5e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0130  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.58 
 
 
578 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000213386  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0038  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.6 
 
 
578 aa  309  8e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.093726  normal  0.0842207 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0031  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.2 
 
 
578 aa  309  9e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.43195 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1954  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  33.33 
 
 
579 aa  302  1e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.151886  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1855  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.61 
 
 
579 aa  292  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0230589  normal  0.0943361 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0473  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.95 
 
 
996 aa  290  4e-77  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0658  glutamate synthase beta chain-related oxidoreductase, containing 2Fe-2S and 4Fe-4S clusters  36.38 
 
 
688 aa  285  1.0000000000000001e-75  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2037  hydrogenase, Fe-only  36.23 
 
 
1150 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.163812  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0824  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.57 
 
 
1126 aa  282  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.633226 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0418  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  37.96 
 
 
653 aa  271  2e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0344  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  35.54 
 
 
658 aa  270  4e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2477  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.87 
 
 
653 aa  269  1e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2193  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.32 
 
 
648 aa  269  1e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.119268  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1194  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  34.21 
 
 
1487 aa  265  2e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0455  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  34.63 
 
 
653 aa  262  8.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.374087  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0977  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase  34.57 
 
 
1105 aa  262  1e-68  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  unclonable  0.00000028046  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1327  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.42 
 
 
1481 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2158  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  34.11 
 
 
585 aa  260  6e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.625717  normal  0.662886 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1737  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.57 
 
 
654 aa  258  2e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.0256396 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0580  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  32.12 
 
 
653 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000307705  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1661  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.52 
 
 
648 aa  255  1.0000000000000001e-66  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.950377  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0413  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.33 
 
 
659 aa  255  2.0000000000000002e-66  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.933547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1350  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.4 
 
 
1480 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.933284 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1959  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.59 
 
 
647 aa  253  6e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1249  molybdopterin oxidoreductase Fe4S4 region  33.52 
 
 
1073 aa  251  2e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0309731 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1151  putative oxidoreductase  38.28 
 
 
468 aa  249  1e-64  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1304  putative oxidoreductase  38.28 
 
 
468 aa  249  1e-64  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0550  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  36.67 
 
 
463 aa  248  3e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2825  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  34.91 
 
 
699 aa  247  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2411  putative oxidoreductase  38.41 
 
 
471 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000146466  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06362  oxidoreductase  32.19 
 
 
1412 aa  241  2e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2314  respiratory-chain NADH dehydrogenase, 51 kDa subunit  35.25 
 
 
707 aa  239  5.999999999999999e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0653639  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1517  putative oxidoreductase  38.16 
 
 
463 aa  239  8e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1932  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  31.84 
 
 
895 aa  238  2e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0418716  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001399  formate dehydrogenase-O major subunit  34.74 
 
 
1387 aa  238  3e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1607  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  37.09 
 
 
467 aa  237  4e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1564  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.93 
 
 
891 aa  236  6e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3004  ferredoxin  38.5 
 
 
493 aa  236  8e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.4 
 
 
1426 aa  234  3e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0423  selenate reductase YgfK  33.54 
 
 
1075 aa  234  4.0000000000000004e-60  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06470  glutamate synthase (NADPH) small subunit  36.17 
 
 
476 aa  233  7.000000000000001e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000571005  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.49 
 
 
1410 aa  233  8.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2545  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.11 
 
 
464 aa  232  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000029955  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0372  sulfide dehydrogenase (flavoprotein) subunit SudA  34.54 
 
 
464 aa  232  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.63559  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0752  putative oxidoreductase  36.65 
 
 
470 aa  231  2e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000025302  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0240  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  29.11 
 
 
652 aa  231  3e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.931627 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0084  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.92 
 
 
476 aa  231  3e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25290  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  32.29 
 
 
612 aa  231  3e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.126958 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0447  putative NADPH-dependent glutamate synthase small subunit  33.63 
 
 
656 aa  231  3e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.595012  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16540  putative glutamate synthase (NADPH) small subunit  31.87 
 
 
612 aa  231  3e-59  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.0000430303  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0651  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.18 
 
 
466 aa  230  4e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.990694  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2748  putative trifunctional 2-polyprenylphenol hydroxylase/glutamate synthase subunit beta/ferritin domain-containing protein  33.14 
 
 
1005 aa  230  5e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.036886  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0227  putative oxidoreductase  37.68 
 
 
469 aa  228  2e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.967797 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1328  putative oxidoreductase  36.01 
 
 
455 aa  228  2e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.100001  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  31.88 
 
 
1385 aa  228  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2596  putative oxidoreductase  36.87 
 
 
469 aa  227  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.712045  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1457  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.66 
 
 
646 aa  227  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0551  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.9 
 
 
479 aa  227  5.0000000000000005e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1071  putative oxidoreductase  36.84 
 
 
468 aa  227  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.188657  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6307  putative 2-ketoglutarate  30.24 
 
 
599 aa  226  6e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.747625  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.35 
 
 
555 aa  226  8e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.590347 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3057  putative oxidoreductase  36.78 
 
 
470 aa  226  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0283  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.76 
 
 
464 aa  225  2e-57  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.45 
 
 
1424 aa  225  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.68 
 
 
1428 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1552  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.32 
 
 
646 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1136  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  28.95 
 
 
598 aa  224  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2167  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase family protein  30.34 
 
 
914 aa  224  4e-57  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0644  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  36.49 
 
 
474 aa  224  4e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000739676  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2406  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  28.98 
 
 
648 aa  223  6e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0287125  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0820  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.75 
 
 
466 aa  223  6e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  31.79 
 
 
1440 aa  223  7e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2002  putative oxidoreductase  35.89 
 
 
480 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.14117  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2118  FAD dependent oxidoreductase  30.03 
 
 
615 aa  222  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.62 
 
 
1432 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2830  putative oxidoreductase  36.32 
 
 
469 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00165731  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0167  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.34 
 
 
465 aa  220  3.9999999999999997e-56  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.609581  normal  0.315729 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1828  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  35.37 
 
 
448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.756124 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1067  putative glutamate synthase (NADPH)  29.77 
 
 
597 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.62 
 
 
1432 aa  220  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.09 
 
 
1432 aa  220  5e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1693  putative oxidoreductase  35.81 
 
 
483 aa  220  6e-56  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.195871  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  32.39 
 
 
1425 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0510  Fe(III) reductase, beta subunit  33.4 
 
 
672 aa  219  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_36  glutamate synthase (NADPH), homotetrameric  34.45 
 
 
465 aa  219  1e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.800256  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0659  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.54 
 
 
670 aa  219  1e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2600  glutamate synthase, alpha subunit-like  31.09 
 
 
771 aa  218  2e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>